Никон, когда узнал об этом Соборе (самые акты соборные кем-то сообщены были Никону), отнесся к нему с крайнею неприязнию и называл его не иначе как синагогою иудейскою, а действия его антиканоническими, во-первых, потому, что он, Никон, не был приглашен на Собор для оправдания и осужден заочно; во-вторых, потому, что был судим теми, которые от него же получили рукоположение, словно отец детьми; в-третьих, потому, что Собор созван был одним царем без участия патриарха . Впоследствии Никон выражался даже, что Собор этот должно назвать не только сонмищем иудейским, но и бесовским, потому будто бы, что он созван был не по правилам и все соборование на нем происходило по царскому указу: что хотел царь, то и делали. Неудивительно, если так отнесся к Собору Никон, - удивительно, что и царь не оказал к соборному решению надлежащего внимания. Поколебался ли он в доверии к Собору ввиду происходивших на нем разногласий и побоялся, как бы не погрешить против церковных правил, или опасался новых смятений со стороны Никона, только к избранию нового патриарха, как определено было Собором, царь вовсе не приступал и не делал никаких распоряжений. Все труды Собора, продолжавшиеся около полугода, не привели теперь ни к чему, хотя впоследствии, как увидим, они послужили важнейшим пособием для Восточных патриархов, вместе с новым Собором судивших Никона.
   Между царем и бывшим патриархом вскоре после Собора возобновились было добрые отношения. В Воскресенский монастырь прибыл окольничий Иван Михайлович Милославский и от имени царя говорил Никону, что боярин Борис Иванович Морозов (свояк и бывший воспитатель царя) изнемогает и что если была от него патриарху какая-либо досада, то простил бы его. Никон письменно отвечал царю: "Досады от него нам мы не ведаем, кроме любви и милости, а хотя бы и было что, мы, как подражатели Христовы, прощаем ему все, в чем яко человек согрешил пред нами, а когда Господь пошлет по душу его, мы напишем ему, если угодно Вашему благородию, и разрешительную грамоту. Много работал он тебе, великому государю, - поболезнуй же и ты о нем ныне, а отходящим от мира сего ничто столько не пользует, как милостыня и приношение жертв. Мы же, богомольцы твои, оскудели ныне всем в созидании церкви Воскресения Христова и св" Голгофы и св. Живоносного Гроба Христова, и потому молим твою кротость о милостыне на создание храма и на пропитание нам, бедным, и мы, пока жив боярин Борис Иванович, будем молиться о спасении его, а по кончине его не перестанем поминать его... Не грех будет, если и вотчинку пожалуешь на вечное пропитание служащим в церкви и пенязи... А всего полезнее было бы для души боярина, если бы он по смерти и положен был в дому Живоносного Воскресения при св. Голгофе, против великих врат: тогда память великого боярина не престала бы вовек, и Бог упокоил бы душу его по нашим смиренным молитвам со святыми". Не знаем, пожаловал ли что-либо государь Никону по этой просьбе, но другую его просьбу уважил. В генваре 1661 г. последовал царский указ взять с монастырей Никонова строения (как и с других монастырей) даточных людей не только за этот, но и за два предшествовавшие года. Никон написал челобитную, в которой, перечисляя, сколько прежде доставлял он с своих монастырей даточных людей на службу государя, умолял его не брать ныне даточных людей с тех монастырей, по крайней мере за два предшествовавшие года. К Никону прислан был Родион Стрешнев известить, что царь его пожаловал и брать даточных людей с его монастырей за прошлые два года не указал. Из той же челобитной Никона видно, что со всех вотчин Воскресенского монастыря по милости государя не брались даточные люди и за все прежние годы "ради монастырского строения". В ноябре того же 1661 г., 1-го числа, государь прислал Никону с Григорием Никифоровичем Собакиным три тысячи рублей и просил, чтобы Никон написал разрешительную молитву для скончавшегося боярина Ильи Ивановича. Никон благодарил письмом государя за присланную милостыню, выражаясь, что "вложит" ее в церковь Живоносного Воскресения Господня, тогда строившуюся, и послал разрешительную грамоту, с тем чтобы она прочитана была духовником умершего боярина над его телом и вложена в его руки.
   Но вскоре же, после бывшего Собора на Никона и после возвращения его из Крестной в Воскресенскую обитель, начались у него столкновения с соседями по земельным владениям, снова нарушившие мир между ним и государем. Какой-то Иван Сытин подал царю челобитную, что крестьяне Воскресенского монастыря скосили сено на его земле более трехсот копен, стреляли в него самого и покушались разорить его жилище. Царь прислал эту челобитную 15 декабря 1660 г. самому Никону, чтобы он послал произвести по ней расследование. Никон поручил своему боярскому сыну Ражейскому произвесть сыск и сыскные речи отослал к государю. Дело на этот раз обошлось спокойно. Другой сосед по имениям, окольничий Роман Боборыкин, у которого Никон и купил вотчину под свой Воскресенский монастырь, завладел кочеваровскою землею и ивановскими лугами, которые монастырь считал своими. Архимандрит и наместник монастыря били челом государю о праведном сыске по писцовым книгам. Указ государев почему-то позамедлил, а между тем пришло время снимать на спорной земле хлеб и сено, и Никон, не дождавшись царского указа, велел своим крестьянам сжать хлеб и скосить сено на той земле. Боборыкин принес жалобу. От царя присланы были сыщик и подьячий, которые и произвели сыск и хотели, как им было велено, дать суд и Воскресенским властям, но получили от них сказку, что "простому человеку нельзя судить людей Божиих, особенно освященных", которую и отвезли в Москву. Не дождавшись решения по произведенному сыску и царского указа, Никон приказал свезти спорное сено своим людям. Боборыкин снова принес жалобу, и 3 декабря 1661 г. присланы были по царскому указу те же сыщик и подьячий произвести новый сыск и взять монастырских крестьян в Москву для расспросов. Никон, который не мог не сознавать по совести, что поступил самовольно, вышел из себя и написал к государю следующее до крайности неприличное письмо: "Начинаю письмо к твоему благоразумию словами, без которых никто из нас, богомольцев ваших, не смеет писать к вам, государям: Бога молю, челом бою. И словом и делом исполняем мы это по долгу своему и по заповеди апостола Павла, но щедрот твоих умолить не можем. Не как святители или как рабы, но как рабичища мы отвсюду изобижены, отвсюду гонимы, отвсюду утесняемы. Видя св. Церковь гонимою, послушав слова Божия: Аще гонят вы во граде, бегите во ин град, удалился я и водворился в пустыне, но и здесь не обрел покоя... За Церковь Божию страждем ныне по заповеди: Больши сея любве никто же имать, да аще кто душу свою положит за други своя. И мы, видев братию нашу биенными, жаловались твоему благородию, но, не получив ничего, кроме укоризны и уничижения, по слову Господа: Остави Мне месть, Аз мщу, оставили ее и удалились в место пусто. Но злоначальный змий нигде нас не оставляет и наветует на нас сосудом своим избранным, Романом Боборыкиным, смущая твое благородие". Сказав затем, как Боборыкин завладел монастырскою землею и как производились сыски по его жалобам, будто бы ложным, Никон продолжал: "Роман, враг Божий, враждует на дом Божий и на нас, Ваших смиренных богомольцев, и то все лжет. Посему молим Вашу кротость перестать от гнева, оставить ярость и не слушать лукавнующих. Откуда ты принял такое дерзновение сыскивать о нас и судить нас? Какие тебе законы Божии велят обладать нами, рабами Божиими? Не довольно ли тебе судить в правду людей царствия мира сего, о чем ты мало заботишься? В наказе написано твое повеление взять крестьян Воскресенского монастыря - по каким это уставам? Надеюсь, если и поищешь, то не найдешь здесь ничего, кроме беззакония и насилия. Послушай Господа ради, что было древле за такую дерзость над фараоном в Египте, над содомлянами, над царями Ахавом, Навуходоносором и другими... Если не умилишься и этими напоминаниями, то хотя бы предложить тебе и все Писание, ты не поверишь... Не довольно ли того, что я бежал и оставил все, еще ли угодно твоему благородию, чтобы я бежал, отрясая прах ног своих ко свидетельству в день Судный? Уже не зовусь великим государем и какое тебе прекословие творю? Всем архиерейским обладает рука твоя судом и достоянием. Страшно молвить, но терпеть невозможно - мы слышим, что по твоему указу и владык посвящают, и архимандритов, и игуменов, и попов поставляют и в ставленых грамотах пишут тебя равночестным Святому Духу так: "По благодати Святого Духа и по указу великого государя". Недостаточно Святого Духа, чтобы посвятить без твоего указа. Но кто на Духа Святого хулит, не получит прощения ни в сей век, ни в будущий... К тому же повсюду: по св. митрополиям, и епископиям, и монастырям - без всякого совета и благословения берешь насилием нещадно вещи движимые и недвижимые, и все законы св. отцов и благочестивых царей и князей, греческих и русских, ты обратил в ничто, даже грамоты твоего отца и твои собственные. Уложенная книга хотя и по страсти написана, но и там написано: в Монастырском приказе сидеть от всех чинов архимандритам, игуменам, протопопам, священникам и честным старцам, и ты все то упразднил; судят и насилуют мирские судьи архиереев, архимандритов и все духовенство, и ты собрал великий Собор вопиющих о неправдах твоих в день Судный. Тогда восстанут на тебя и Св. Дух, Которого ты обесчестил, будто благодать бессильна без твоего указу, и св. апостолы, и св. отцы всех Соборов, и благочестивые цари и князья, которых повеления, правила, узаконения на пользу Церкви ты нарушил и все грамоты упразднил. Данное Церкви Божией и св. монастырям в наследие вечное, недвижимые вещи: слободы, села, озера, леса - ты поотнял и Бога себе причастником не сотворил. За то и Бог тебя оставил и оставит, если не покаешься, и не возвратишь взятое от Божиих Церквей и монастырей, и не утвердишь грамот, прежде им данных. Послушай, как вопиет на тебя св. Церковь за восхищенные тобою вещи... Ты что ни совершил с Божиею помощию не воздал за то хвалы Богу. Прежние цари за всякую победу воздавали хвалу Богу, иные построили церкви, другие - монастыри, а ты ничего такого не сотворил, но и прежние церкви и монастыри обнищил и ограбил и не Бога прежде прославил, но сам себя выше меры превознес. Потому и отринул тебя Бог и посрамил, и сделались мы поношением для соседей наших... Ты всем проповедуешь поститься, а ныне неведомо, кто не постится; во многих местах и до смерти постятся, потому что есть нечего и нет никого, кто бы был помилован. Нищие и маломощные, слепые, хромые, вдовицы, чернецы и черницы все обложены тяжкими данями. Везде плач и сокрушение, везде стенание и воздыхание, и нет никого веселящегося в наши дни. Хотим еще поведать тебе нехитрою речью, от Бога ли то было или нет, следующее: 12 генваря 1661 г. был я у заутрени в церкви Св. Воскресения; по прочтении первой кафизмы я сел на место и немного вздремнул. Вдруг вижу себя в Москве, в соборной церкви. Церковь полна пламенного огня, из людей я никого в ней не видел, но увидел, что все прежние архиереи встали из своих гробов в святительских облачениях и как бы совершали великий вход в алтарь; пред ними несен был твой большой царский венец и положен на краю престола; к ним присоединился и я. Тогда встал из своего гроба Петр митрополит, подошел к престолу и, протянув руку свою чрез царский венец, положил ее на Евангелие, то же сделали и все прочие архиереи и я, и начал говорить: "Брат Никон! Скажи царю, зачем он преобидел св. великую Церковь, собранные нами св. недвижимые вещи бесстрашно восхитил; это ему не в пользу. Скажи ему, чтоб возвратил, ибо чрез то навел на себя великий гнев Божий: дважды был мор, сколько тысяч перемерло, все запустело, и не с кем ему теперь стоять против врагов". Я отвечал: "Не послушает меня, хорошо бы, если бы один из вас ему явился". Петр продолжал: "Судьбы Божии не повелели тому быть, но скажи ты, а если тебя не послушает, то если бы кто и из нас явился, и того не послушает. И вот ему знамение, - и, указывая рукою от престола на запад, сказал: Смотри". Вижу, западной стены церковной нет, виден царский дворец, и огонь, бывший в церкви, собрался, устремился на царский двор, и тот запылал". Если этим не уцеломудрится, - прибавил Петр, - то приложатся казни Божии, большие прежних". А еще один из тех седых мужей сказал: "Вот теперь двор, который ты купил для церковников, царь хочет взять и сделать в нем торжище мамоны ради своей, но не порадуется о своем прибытке - псы будут рождать там своих щенков". Все это было так, от Бога или мечтанием, не знаю, но только так было. Если же кто подумает человечески, что я это сам собою замыслил, то сожжет меня тот огонь, который видел. Об этом словесно сказано было окольничему Родиону Матвеевичу Стрешневу, но сказал ли он твоему благородию или нет, не знаю... Мы столько терпим поруганий от твоих синклитиков! Один из них, ругаясь над тем, как мы по примеру Христа благословляем двумя руками, вздумал и сам благословлять своими проклятыми руками, как архиерей, и, беснуясь, называет себя патриархом по научению от сатаны. И не только сам благословляет, но и пса своего некоего научил действом отца своего сатаны также благословлять передними ногами. Если ты, ведая это, потерпишь такому проклятому и не отомстишь, то гнев Божий не укоснит прийти на тебя. А мы ради Христа не только принять поношения и укорения, но и умереть готовы". При чтении этого письма нельзя не подивиться озлоблению или ослеплению Никона. Сколько преувеличений, неосновательности, неправды в его словах! Как будто в самом деле он удалился с своей кафедры потому, что видел Церковь гонимою и желая положить душу свою за братию свою! Как будто он отовсюду был гоним, отовсюду утесняем! Как будто царь не имел права судить духовных лиц даже по гражданским делам, касавшимся их вотчин и земельных владений, не имел права требовать для допросов даже монастырских крестьян! Как будто царь Алексей Михайлович нарушил все правила св. отцов, уничтожил все грамоты, данные церквам и монастырям, отнял все их имения! Как будто он за одержанные победы не воздавал хвалы Богу! Как будто и прежде Алексея Михайловича наши владыки ставились не по утверждению и не по указу великого государя! И выводить из этого, будто бы царь приравнивался Святому Духу, поставляющему епископов, видеть в этом хулу на Святого Духа, заключать, что царь сам ставит и архиереев, и архимандритов, и попов, - это уже слишком много и произвольно. Утверждать, будто в Уложении написано, чтобы в Монастырском приказе заседали архимандриты, игумены, протопопы и попы, тогда как там этого вовсе не написано, и будто в Монастырском приказе мирские судьи вообще судят и насилуют архиереев и других духовных особ, тогда как они и их крестьяне судились там только по одним исковым на них делам, - это совершенно несправедливо. А страшные угрозы царю казнями Божиими и особенно на всемирном Суде? А это мечтательное сновидение, которым также думал устрашить царя и которому, как сам сознавался в письме к Зюзину, в Москве только посмеялись?
   Высказав свое озлобление против царя, Никон не замедлил высказать еще более резко озлобление свое против архиереев. В 1662 г., в неделю православия, он совершал литургию в своем Воскресенском монастыре и во время обряда православия торжественно проклял, или анафематствовал, стоявшего тогда во главе русской иерархии Крутицкого митрополита Питирима, - проклял за три будто бы вины: "За действо ваия (шествие на осляти), за поставление Мефодия, епископа Мстиславского, и за досадительное и поносительное к себе слово". Эта анафема возмутила всех в Москве. Царь потребовал мнения по этому делу от архиереев. Известны письменные ответы к царю митрополитов - Новгородского Макария и Ростовского Ионы, архиепископа Рязанского Ионы, епископов - Вятского Александра и Полоцкого Каллиста. Все они единогласно признали поступок Никона несправедливым и противоканоническим. "Я думаю, - писал, например. Каллист, - что клятва эта суетна и не может вмениться в клятву, потому что из трех вин, ради которых она произнесена, ни одна к тому недостаточна. Действие ваия никем не узаконено из св. отцов, равно и не запрещено не только митрополитам, но и никому из священных лиц: где правило, дозволяющее это действие митрополиту Новгородскому и запрещающее Сарскому и Подонскому? Вторая вина поставление Мефодия, епископа Мстиславского, - неблагословная вина: преосвящ. Питирим, будучи наместником патриаршим, поставил его на кафедру праздную и по единогласному избранию и совету всех архиереев Великой и Малой и Белой России, а если поставил без воли старейшего архиерея, святейшего Никона патриарха, то потому, что Никон оставил свой престол с клятвою на него не возвращаться и отставлен от него Собором, так что ныне он не есть старейшина архиереям и не есть патриарх Московский, а только архиерей беспрестольный и безобластный. Третья вина - досадительные и поносительные слова - если и подлежит суду, то суду судей, правильно установленных, и по тщательном изыскании, а епископ, по правилам, может быть судим не одним или двумя епископами, но только всем Собором епископов, и Никон не вправе был поставить вопреки правил одного себя судиею и мстителем в этом деле, желая воздать месть за свою досаду. Но если бы даже вины, взведенные на Питирима, были достойны клятвы, клятва, произнесенная на него Никоном, суетна и не может вмениться, потому что по оставлении им кафедры и по соборном отставлении его от кафедры он, Никон, не пастырь и не кормчий Русской Церкви, не может управлять и наказывать. Отчуждился он от паствы российской, отчуждил от себя престол с премногою клятвою - чужды стали и они ему. Зачем же творить правление в чужой ему области; зачем хочет наказывать тех, которых пасти вознегодовал? Если ныне он у нас уже не пастырь, то мы не должны слушать гласа его. И если он возопил гласом клятвенным на преосвящ. Питирима, этот глас нам незнаем, мы не принимаем его, и он для нас нимало не вреден". Когда получены были отзывы архипастырей, равно осудивших анафему, произнесенную Никоном на митрополита Питирима, последний подал царю 13 октября 1662 г. челобитную на Никона за эту незаконную клятву.
   В этом-то году, когда раздражение Никона против царя и духовенства достигло, казалось, последней степени, явился в Москве Газский митрополит Паисий Лигарид, которому суждено было принять важное участие в несчастном деле Никона. Паисий, в мире Панталион, Лигарид родился на острове Хиосе, воспитывался в Риме под руководством иезуитов в тамошней коллегии, основанной для греков. По окончании учения возвратился было на родину с мыслию о распространении римской веры, но вскоре переселился в Молдовлахию и сделался дидаскалом ясского училища. Здесь умел понравиться Иерусалимскому патриарху Паисию, поступил в его свиту и в 1650 г. принимал участие в известном "Прении о вере с греки" старца Арсения Суханова. По возвращении в Иерусалим патриарх Паисий постриг Лигаридия, или Гордия, 16 ноября 1651 г. в храме Воскресения Христова в монашество, назвав Паисием, и отдал его под начало находившемуся тогда в Иерусалиме старцу Арсению Суханову. Тот же патриарх не замедлил возвести своего соименника Лигарида в сан митрополита Газского, который, однако же, недолго оставался в своей разоренной епархии и в 1656 г. опять очутился в земле Волошской, где и познакомился с ним Антиохийский патриарх Макарий, возвращавшийся из Москвы. Из Валахии Паисий Лигарид написал письмо к соотечественнику своему Арсению Греку, служившему при патриархе Никоне, и выражал желание побывать в Москве и видеть Никона. Никон в 1-й день декабря 1656 г. отвечал Лигариду: "Слышахом о любомудрии твоем от монаха Арсения и яко желаеши видети нас, великаго государя, тем и мы тебе яко чадо наше, по духу возлюбленное, с любовию прияти хощем; точию, прием сия наша письмена, к царствующему граду Москве путешествовати усердствуй". И в тот же день написал еще четыре письма: к воеводе молдавскому Стефану, к воеводе мутьянскому Константину и к митрополитам - Молдавскому Гедеону и Угровлахийскому Стефану, чтобы они отпустили Паисия Лигарида в Москву с любовию и снабдили всем потребным на дорогу. Неизвестно, почему не состоялась тогда поездка к нам Лигарида; она состоялась только спустя более шести лет, когда Никон не был уже великим государем. В 12-й день февраля 1662 г. прибыл в Путивль, как извещали царя местные воеводы, "из Иерусалима газского Предтечева монастыря митрополит Паисий, а с ним архимандрит его Леонтий, успенский игумен Пахомий, архидиакон Неофит, Троицкого монастыря келаря Арсения (т. е. Суханова), что живет на Москве, племянник его греченин Юрья, да толмач Христофор, да митрополичьих спевак четыре человека". С митрополитом приехали также четверо русских пленных, из которых двух выкупил он сам в Яссах у татар, заплатив тысячу ефимков. Паисий объявил, что идет бить челом о милостыне по царскому указу. Паисий со всею своею свитою был пропущен в Москву и 9 апреля представлялся государю, поднес ему модель Гроба Господня, иорданскую воду, иерусалимские свечи и получил от него жалованья: кубок серебряный, камку, 40 соболей и тридцать рублей деньгами. Вскоре Паисий подал челобитную, в которой говорил, что его небольшая епархия Газская терпит крайние притеснения от турок и что он, не желая более переносить эти насилия, договорился давать выкупу за своих христиан ежегодно по 500 ефимков с условием, чтобы турки не теснили тех христиан и не обращали их в свою веру, а его самого не выгоняли из епархии. Государь приказал выдать Паисию еще сто рублей деньгами да на 50 рублей соболями из Сибирского приказа. Услышал о приезде Лигарида и патриарх Никон и прислал к нему Арсения Грека с следующим приветствием: "Приезду митрополита Газского и брата своего по духу бывший патриарх Никон очень и очень радуется; он уповает, что тобою все придет к глубочайшему миру и рушится средостение, возникшее между царем и патриархом". Паисий принял с удовольствием эти приветственные слова и в вежливых выражениях отвечал патриаршему послу.