Все последующие заседания Собора происходили в патриаршей крестовой палате, и на них присутствовало только духовенство, но время этих заседаний, к сожалению, с точностию не обозначено в деяниях Собора. С третьего заседания начался суд над лицами, которые подозревались в противлении Церкви и принадлежности к расколу. И первым приглашен был и предстал пред лицо Собора епископ Вятский Александр, который потому-то как подозреваемый и не участвовал в двух предшествовавших заседаниях. Его вопросили: признает ли своим писание, в котором похулил исправление святого Символа, новопечатные книги и иные чины церковные? Александр не отрекся от своего писания, но только молил удостоверить его, что новоисправленные книги и Символ чужды погрешностей. При этом, вероятно, он и представил на разрешение Собора свои вопросы, написанные еще прежде, о которых мы упоминали. Бывшие на Соборе пастыри и учители разрешили все недоумения Александра и "изъяснили ему истину многими книгами, древними, харатейными, и твердыми доказательствами", на что, без сомнения, потребовалось немало времени. И он, просвещенный благодатию Божиею, тотчас же написал покаянный свиток и вручил Собору. В свитке этом епископ Александр сначала по примеру других архиереев высказал свое исповедание, что признает всех Восточных патриархов православными, книги их греческие, печатные и рукописные, приемлет без всякого сомнения и Московский Собор 1654 г. во всем приемлет и лобызает, а затем продолжал: "Приемлю также и лобызаю и новоисправленные книги, особенно же Символ веры, который ради удостоверения я подписал своею рукою и подаю ныне свящ. Собору; равно без всякого сомнения приемлю и о сложении перстов и прочие исправления. А что прежде сего я как человек смущался о вышеписанном, наиболее о прилагательном имени истинного в св. Символе, те все мои сомнения совершенно отвергаю, потому что во всем том ныне истинно уверился истинным уверением от древних рукописных книг и от греческих, особенно же в том, что св. соборная, апостольская, Восточная Церковь, мать наша, означенного прилагательного имени в Символе веры никогда не имела и не имеет. Посему отныне и я, без всякого сомнения, так держу и от сердца моего исповедую. И ради достоверного свидетельства это исповедание мое подписую моею рукою". По прочтении на Соборе свитка, поданного епископом Александром, он "абие прощения сподобися, и к тому не по мятежницех, но по истине побораше". Александр, очевидно, если восставал прежде против новопечатных книг, то по одному лишь недоразумению, а не по слепому фанатизму, не считал казавшихся ему погрешностей в этих книгах ересями и имел настолько здравого смысла и христианского смирения, что способен был понять и принять вразумления других архипастырей, сознать свое заблуждение и покориться Церкви. Он подал добрый пример бывшим своим единомышленникам, среди которых пользовался уважением по самому своему сану, и некоторые из них действительно последовали его примеру, но не все.
   В четвертом заседании, на котором вместе с другими русскими святителями присутствовал и Вятский епископ Александр, предстал пред лицо Собора протопоп Аввакум. Он еще прежде, недель за десять, привезен был из Мезени в Москву и после напрасных увещаний, сделанных ему Крутицким митрополитом Павлом, отослан в Пафнутиев монастырь под начало. Сюда также несколько раз присылали архиереи убеждать его, но безуспешно, и Аввакум даже написал в ответ им, как сам сознается, "с большою бранью" свою сказку. На Соборе его допрашивали о тех хулах, которые написал он на исправленный Символ веры, на троеперстие в крестном знамении, на новоисправленные книги и исправителей, и о клеветах его на московских священников, будто они не веруют во Христа вочеловечившегося, не исповедуют Его Воскресения, не исповедуют Духа Святого истинным, и пр. и пр. Аввакум вступил в состязание с отцами Собора, упорно отстаивал свои мысли, оставался глух ко всем доказательствам и убеждениям и дерзко "укори в лице весь освященный Собор, вся неправославными нарицая". Ввиду такой нераскаянности и ожесточения Собор определил лишить Аввакума священства и предать анафеме. Определение Собора исполнено 13 мая в соборной церкви Мшения Пресвятой Богородицы. Но Аввакум и при этом остался себе верен. "Власти стригли меня, - говорит он, - потом и проклинали, а я их проклинал сопротив; зело было мятежно в обедню ту тут". Далее рассказывает еще, будто за него сильно заступилась царица Марья Ильинишна пред своим супругом: "Как стригли (меня), в то время велико нестроение вверху у них бысть с царицею покойницею; она за нас стояла тогда, миленькая, напоследок и от казни отпросила меня". Лишенный сана и отлученный от Церкви, Аввакум сослан был в Угрешский монастырь и заключен здесь в темницу, в которой и содержался под стражею до сентября, а в сентябре перемещен опять в боровский Пафнутиев монастырь, где содержался прежде.
   На пятом заседании Собора читана была челобитная суздальского попа Никиты "на книгу "Скрижаль" и на новоисправленные церковные книги", при чем находился и сам Никита. Во время чтения присутствовавшие замечали, что в своей челобитной Никита похулил святых отцов, Дионисия Ареопагита, Василия Великого, Кирилла Александрийского, Григория Богослова, называя изречения их, приведенные в "Скрижали", еретическими; похулил патриарха Никона, утверждая, что он "совершенно оставил христианскую веру, и принял зловерие жидовское и ереси Ариеву, Несториеву, Македониеву, Диоскорову, Аполлинариеву, Маркионову, и совершенно возлюбил богоотметную ересь римскую"; похулил всех греческих патриархов, архиереев, иереев и весь греческий народ, будто бы они не имеют истинного крещения и все их священные книги полны разных ересей и повреждений, потому что печатаются в типографиях венецианской, парижской и других латинских; похулил и новоисправленные славянские книги. Когда чтение челобитной кончилось, Никиту спросили: "Твой ли это свиток?" Отвечал: "Мой". Еще спросили: "Так ли ты содержишь и веруешь, как написал в свитке?" Отвечал: "Не иначе". Тогда архиереи начали вразумлять его, объяснять и обличать его заблуждения от Божественного Писания, но Никита не хотел и слушать, говоря, что сам знает Писание лучше всех архиереев, и резко порицал их. Архиереи, не обращая внимания на все эти нестерпимые укоризны и ругательства, не переставали убеждать и умолять его к обращению - все было напрасно. Как упорного и ожесточенного в своей злобе, попа Никиту, который уже около семи лет находился в запрещении, Собор определил совсем лишить священства и отлучить от Церкви. По исполнении этого приговора 10 мая в соборной церкви Успения Пресвятой Богородицы Никита сослан был вслед за Аввакумом в Угрешский монастырь и заключен там в темницу, но не захотел страдать, подобно Аввакуму, за свои убеждения и скоро, хотя притворно, как показали последствия, начал каяться. Уже 2 июня он заявил угрешскому игумену Викентию, приходившему испытать его в темнице, что сознает свою вину пред государем, просит прощения у священного Собора и готов во всем последовать святой соборной Церкви. А затем написал челобитную к самому государю и две челобитные, из которых одна помечена 21 июня, к священному Собору. У государя просил милости и прощения за то, что оскорбил его и подвиг на гнев своим невежеством, а пред священным Собором приносил полное покаяние и излагал свое исповедание, что признает православными всех греческих патриархов и их книги, печатные и рукописные, всех русских архиереев и самого бывшего патриарха Никона, которого прежде называл еретиком, и все новоисправленные при нем книги, которые по безумию называл никонианскою ересью; приемлет новоисправленный Символ веры, троеперстие для крестного знамения, книгу "Скрижаль" и обещается быть сыном святой Восточной Церкви, всегда единомысленным с нею. По прочтении этого исповедания на Соборе все возрадовались духом о раскаявшемся грешнике и благодарили за него Бога, но не решились тотчас разрешить Никиту и воссоединить с Церковию, а положили подвергнуть его на некоторое время искусу, чтобы удостовериться, не притворно ли он кается.
   В шестое заседание Собора приведен был для допроса диакон московского Благовещенского собора Федор Иванов. Его спрашивали (II мая): признает ли греческих патриархов православными? И он отвечал: патриархи неправославны, потому что содержат обливательное крещение и сложение трех перстов для крестного знамения, как видно из "Прения" старца Арсения Суханова "с греки", и подал список этого "Прения" за своею печатью архиереям. Спрашивали потом: признает ли русских архиереев православными? Федор сказал: "Бог-де вас, архиереев, знает, потому что нудите и учите вопреки церковным догматам о св. Символе, об аллилуйе и о сложении перстов мерзко, нечестиво и хульно, по прельщению от сатаны" - и подал Собору свое письмо, в котором изложил свидетельства из книг в защиту сугубой аллилуйи, двуперстия и Символа веры до его исправления. Напрасно архиереи старались показать Федору, что все исправления в новопечатных книгах согласны с преданием святых отцов, - он еще более упорствовал и ожесточался. Чрез два дня (13 мая) Собор изрек свой приговор на диакона Федора о лишении его сана и отлучении от Церкви. И в тот же день Федор вместе с протопопом Аввакумом был расстрижен в соборной церкви и предан анафеме. Когда же выведен был из церкви, то, подняв руку и сложив два перста для крестного знамения, громко кричал к собравшемуся народу: "За сию истину стражду и умираю, братия, и за прочие догматы церковные". На третий день, ранним утром, повезли Федора под охраною вооруженных стрельцов в Угрешский монастырь не прямою дорогою, а по болотам, позади также везли и Аввакума, и, привезши в монастырь, рассадили обоих в особые темницы, и сторожить их поставили стрельцов. Недели через три, сделавшись очень больным, Федор просил себе духовника. Власти приказали из Москвы исповедать его и приобщить, если покоряется Церкви. И 2 июня, когда угрешский игумен Викентий спрашивал Федора, покоряется ли он святой Церкви, он дал сказку, что винится пред государем, просит прощения у освященного Собора и дает обещание не возвращаться на прежнее, а во всем следовать святой Церкви и освященному Собору. Чрез несколько времени написал и послал в Москву другое такое же покаянное письмо. И 26 августа государь, обрадованный рождением ему сына, царевича Ивана Алексеевича, приказал освободить Федора и бывшего попа Никиту из темницы и привезти в Москву. А на следующий день, 27 августа, Федор дал сказку в Патриаршем приказе, что приносит Господу Богу чистое покаяние и просит у великого государя милости, а у освященного Собора прощения и разрешения, что отныне во всем повинуется этому Собору, приемлет Символ веры и верует о кресте, сложении перстов, трегубой аллилуйе и о всех церковных догматах точно так, как напечатано в "Скрижали" и новоисправленных церковных книгах, и ни в чем впредь освященному Собору прекословить не будет. Архиереи поверили раскаянию Федора и велели ему побыть на некоторое время в Покровском монастыре на Убогих "ради совершенного покаяния и исправления". Но он тайно бежал оттуда и, взяв из дому жену и детей, скрылся. Когда же услышал, что его везде прилежно разыскивают и других из-за него хватают и допрашивают, то сам явился и, забыв о своем покаянии, начал по-прежнему изрыгать хулы на Церковь и новоисправленные книги.
   В седьмом своем заседании отцы Собора были свидетелями трогательного зрелища. Пред ними предстал привезенный из далеких лесов ветлужских старец Ефрем Потемкин. Его спрашивали: "Правда ли, что ты многих людей прельстил и отвлек от св. православно-кафолической Церкви; дерзаешь хулить Символ веры и все новоисправленные книги; проповедуешь пришествие антихриста, лжепророчествуешь о семилетнем голоде, превратно толкуя евангельские, апостольские и пророческие слова; называешь троеперстие в крестном знамении зловерием и уничижаешь архиерейское благословение?" Ефрем, как только услышал этот вопрос, весь затрепетал, начал горько плакать и рыдать и, обливаясь слезами, начал сам обличать свое прежнее безумие и заблуждения. Затем написал на бумаге свое покаяние и подал святителям. Здесь он заявлял, что покоряется во всем освященному Собору и верует во святую соборную и апостольскую Церковь; что прежде заблуждался "неведением книжного разума, не зная чину московских обычаев, будучи воспитан от юности в земле Польской" (оттуда же, как мы упоминали, был и старец Спиридон Потемкин, вероятно родственник, если не брат Ефрема); просил прощения, что прежде хулил безумно новоисправленные книги, Символ веры, троеперстие, проповедовал о пришествии антихриста и о семилетнем голоде, не умея истолковать пророчества Даниилова. Каялся также и просил прощения и в том, что когда был строителем в Болдине монастыре, то прочитал среди церкви в день Пятидесятницы только одну молитву, и в том, что несколько уже лет, живя в лесу и не выходя из него, не причащался Пречистых Тайн и не имел духовника. Отцы Собора поверили искренности раскаяния старца Ефрема Потемкина, но пожелали, чтобы он объехал те места, города и веси, где прежде сеял раскол и многих прельстил, чтобы пред всеми обличил свое прежнее лжеучение и прочел свое покаянное писание везде: в Балахне, в Нижнем Новгороде, в Макарьевском желтоводском монастыре - и всех увещевал обратиться к святой православной Церкви. В спутники Ефрему в качестве свидетелей назначили старца Знаменского монастыря Филарета и диакона Василия. Мать Ефрема и сестра, бывшие старицами в Новодевичьем монастыре, подали челобитную освященному Собору, чтобы Ефрема не посылали и не подвергали такому всенародному посрамлению. Но сам Ефрем отверг эту челобитную и охотно отправился в путь с назначенными спутниками, везде читал покаянное свое воззвание и умолял всех, кого прежде прельстил, обратиться к святой православной Церкви. По возвращении в Москву ездившие с Ефремом представили Собору отчет о совершенном путешествии, и Собор, выслушав отчет, с радостию удостоверился в истинном покаянии старца Ефрема и признал его достойным прощения. В назначенный день старец прочел в соборной церкви во время литургии пред всем народом свое "покаянное писание", обливаясь слезами, и весь архиерейский Собор также всенародно изрек покаявшемуся старцу разрешение и прощение. На житье послан был Ефрем в Новоспасский монастырь.
   Восьмое соборное заседание было также радостным для присутствовавших. На нем принесли покаяние один за другим два расколоучителя: старец иеромонах Бизюкова монастыря Сергий Салтыков и старец уставщик Симонова монастыря Серапион, бывший смоленский протопоп. Старец Сергий, тот самый, которого протопоп Аввакум рекомендовал царю в кандидаты архиерейства, своею волею явился на Собор и, горько рыдая о своем прегрешении, подал "покаянное писание", в котором говорил, что прежде находился в великом смущении о святом Символе веры, о сложении перстов и о прочем новоисправленном, но теперь уверился во всем из древних рукописных славянских книг, а особенно из греческих, и радостно приемлет и лобызает новоисправленный Символ и все другие исправления в церковных книгах как правые и истинные, и за это свое исповедание готов пострадать даже до смерти. Вслед за тем Сергий дал письменный ответ на те три вопроса, на которые отвечали друг пред другом на первом заседании Собора сами архиереи, т. е. что признает православными греческих патриархов, греческие книги, печатные и рукописные, и Московский Собор 1654 г. Видя непритворное раскаяние Сергия, святители простили его и разрешили и отпустили на его обещание в дорогобужский Бизюков монастырь.
   Старца Серапиона, симоновского уставщика, предварительно призывал к себе 15 мая митрополит Сарский и Подонский Павел и допрашивал: когда находился в Симоновом монастыре под началом Иконийский митрополит Афанасий (выдававший себя за племянника Цареградского патриарха), спрашивал ли ты его, как у греков крестят младенцев, как читают Символ веры и как слагают персты для крестного знамения? Серапион сказал: спрашивал, и Афанасий мне отвечал, что у них крестят чрез обливание, читают Символ, как в новоисправленных церковных книгах, и в крестном знамении употребляют троеперстие, а двумя перстами крестятся армяне. А через два дня, 17 мая, будучи позван для допроса на Собор, Серапион подал здесь следующее писание: "Святейших четырех патриархов признаю благочестивыми и православными, и веру их, и греческие книги их старые, печатные и писаные, и церковную службу, и Символ православной веры, и сложение перстов во образ Св. Троицы похваляю, и Собору властей Московского государства, митрополитов, архиепископов и епископов во всем покоряюсь и ни в чем не прекословлю. А что прежде имел под сомнением или считал неверным по своему неразумию или кого из православных христиан в чем соблазнил, во всем том каюся пред Собором и прошу прощения". Серапион был прощен, но для совершенного исправления послан в Макарьевский желтоводский монастырь.
   В девятое заседание Собора читан был пред всеми свиток суздальского попа Лазаря, наполненный самыми возмутительными хулами на патриарха Никона и всех русских архиереев, на новоисправленные книги и на всю православную Церковь с ее учением и таинствами. Лазарь стоял тут же и, сколько ни старались его вразумить, обличить, убедить в истине, остался непреклонен и "не только не пришел в покаяние и не просил прощения, но весь священный Собор укори и неправославными нарече". Надобно заметить, что это заседание Собора могло происходить лишь в конце сентября или даже в октябре, потому что хотя еще 14 мая государь подписал указ пустозерскому воеводе Дикову о немедленной высылке попа Лазаря в Москву и в июле повторил этот указ, но Лазаря тогда еще не было в Пустозерске, и только 2 августа Лазарь с Мезени был доставлен в Пустозерский острог, а 31 августа отправлен отсюда в Москву. Отцы Собора, вероятно, потому, что им пришлось судить попа Лазаря так поздно, незадолго пред прибытием в Москву Восточных патриархов, не произнесли окончательного приговора по делу Лазаря, а отложили это дело на решение Восточных патриархов, ожидая, что, может быть, до того времени и сам Лазарь одумается и сознает свое заблуждение.
   В десятое заседание Собора являлись на суд один за другим несколько раскольников, и прежде всех явился первый виновник раскола, старец иеромонах Григорий Неронов, бывший протопоп Казанского собора в Москве, человек непостоянный в своих религиозных убеждениях. Он уже покаялся было еще во дни патриаршества Никона и, получив прощение, убеждал даже своих единомышленников последовать его примеру. Но по оставлении Никоном кафедры снова обратился в раскол и сделался его проповедником. Теперь, призванный на суд Собора, Неронов в другой раз "отрекся от своего учения и во свидетельство истинности своего обращения дал свое рукописание" - это было 1 июля - и был опять прощен. Но, верно, не замедлил и теперь изменить своему слову и данному рукописанию, потому что 31 августа по указу государя и по приговору всего освященного Собора послан был в Иосифов волоколамский монастырь "за церковный мятеж и к освященному Собору за непокорение", и ведено было отдать его под начало старцу доброму и искусному, и "началить, как новоначальных старцев началят, и во все дни приводить в церковь и ставить на месте, где ставят новоначальных старцев, и смотреть, чтобы в алтарь не входил, в ризы не облачался, людей не учил и не благословлял и ничего священнического не действовал, потому что он от священного Собора в запрещении".
   Вслед за Нероновым предстал пред лицо Собора и называвшийся учеником Неронова старец Феоктист, бывший элатоустовский игумен. Он также подал свое покаянное писание, в котором со всею искренностию объяснял, почему доселе держался раскольнических мнений, просил прощения и уверял, что теперь уже приемлет, и лобызает, и содержит новоисправленные книги, как держит святая соборная Восточная Церковь. Отцы Собора не решились вдруг простить Феоктиста, а хотели еще испытать, и он по указу государя от 16 июля отправлен был под начало в Песношский монастырь. Но чрез несколько времени прислал оттуда к архиереям другое молебное писание, в котором умолял не сомневаться в искренности его обращения, изрекал анафему на прежнее свое мудрование и вновь просил себе прощения. Вследствие этого по указу государеву от 25 октября был вызван в Москву и, получив прощение от освященного Собора, отпущен был 5 ноября в Покровский монастырь, что на Убогих, где, "пожив нечто времене, с миром ко Господу отыде".
   После Феоктиста на Соборе допрашивали (1 июля) старца Соловецкого монастыря Герасима Фирсова. И он сказал, что в Соловецком монастыре по новым Служебникам доселе не служат и наречного пения не поют, потому что не было о том повеления от архимандрита; что он, Герасим, о крестном знамении держит так, как напечатано в "Скрижали", а если прежде о том соблазнялся по неведению, то просит прощения; что Символ веры исповедует, как напечатано в новоисправленных книгах. И когда Герасима спросили: истинно ли и не из страха ли только он, написавши многие письма на новоисправленные книги, так скоро обещается теперь содержать все по этим книгам, он отвечал: ей, истинно и не из страха, а на те письма обещаюсь написать обличения. И так как Собор, выслушав Герасима, не положил теперь никакого решения, то 12 июля он опять явился в заседание Собора и со слезами просил себе прощения и тогда послан был "наставления ради" в Иосифов волоколамский монастырь. В августе, 18-го числа, велено было спросить Герасима, пишет ли он обличение на свои прежние письма, как обещался пред властями. И он отвечал, что доселе еще не писал, да и книг у себя не имеет, а как получит милость от государя и прощение от освященного Собора, то не отказывается исполнить свое обещание. Но скоро Герасим тяжко заболел, и архимандрит иосифовский Савватий с братиею, донося об этом государю, спрашивал, можно ли Герасима исповедать и приобщить Святых Тайн. По решению Собора приказано было предварительно допросить Герасима, истинное ли и неложное покаяние приносит он Церкви Божией и освященному Собору, и если скажет, что истинное и неложное, то исповедать его и причастить Христовых Тайн и погребсти в Иосифовом монастыре. Указ этот был дан 21 сентября, и старец Герасим "в мире уснув и почи о Господе".