Были созданы десятки приказов. Наряду с отраслевыми были созданы и территориальные приказы, ведавшие определенными областями государства. Большинство приказов размещалось в Московском Кремле на Ивановской площади, в приказных палатах и избах. Обычно приказ помещался в просторной избе из двух-трех срубов. Изба отапливалась глиняными печами, а двери и слюдяные окна для тепла были обиты сукном и войлоком. В избе находились простые столы и скамейки. Дела хранились в лубяных и осиновых коробах. Судьи и дьяки сидели в хорошо обставленной горнице, просители стояли и сидели в сенях или на крыльце.
   Делопроизводство в приказах велось чрезвычайно запутанными способами. Рабочий день в них продолжался почти половину суток, часто работали и в праздники. Несмотря на это, приказы были завалены нерешенными государственными делами. До частных дел руки вообще не доходили. Их приходилось «решать» просителям. Контроль за работой приказов вели с помощью жалоб и доносов приказных служащих. Исполнение работы и решение дел зависело от служебных качеств судей, дьяков, подьячих, приставов, переводчиков, даже сторожей. Приказов было множество – Аптекарский, Астраханских дел, Большого дворца, Большого прихода, Большой казны, Бронный, Великого княжества Литовского, Великой России, Верхней типографии, Владимирской четверти, Галицкой четверти, Городового дела, Денежного и хлебного сбора, Денежной раздачи, Доимочный, Житный, Записной, Земский, Золотых дел, Иконный, Иноземный, Казанского дворца, Казачий, Казенный, Калмыцких дел, Княжества Смоленского, Конюшенный, Костромской четверти, Купецких дел, Ловчий, Мещанского суда, Монастырский, Мушкетного дела, Новгородской четверти, Оружейной палаты, Панский, Печатный, Полковых дел, Полоняничный, Посольский, Постельничий, Приказных дел, Пушкарский, Разбойный, Разрядный, Розыскных дел, Ратных дел, Рудного сыска, Семеновский, Серебряный, Сибирский, Сокольничий, Стрелецкий, Судный, Сыскной, Тайных дел, Устюжской четверти, Хлебный, Челобитный, Ямской.
   Одним из главных приказов был Разрядный. Он вел «разряд» – войсковую роспись ратных людей, в которой указывались занимаемые ими должности. Разряд ведал службой ратных людей, вел разрядные книги, назначал воевод, контролировал выплату поместного и денежного жалованья. Он проводил особые смотры дворян и детей боярских для определения их в воинскую службу, повышал или понижал в чине, увеличивал или уменьшал размер поместья, судил проворовавшихся воевод, приказных, ратных людей. Разрядный приказ быстро стал важнейшим органом управления государства. Ему подчинялись областные разряды – военные округа.
   В 1577 году был создан Поместный приказ. Он ведал государственными землями, раздаваемыми в качестве земельного жалованья, поместья, служилым людям. Поместный приказ выдавал акты на право владения землей, жалованные грамоты, решал земельные споры, вел «даточные книги» с указанием размеров всех поместий. Он вел переписи населения – в 1533 году в Московском государстве жили девять миллионов человек.
   Оружейная палата, арсенал, ведал изготовлением и хранением оружия, боеприпасов и военного снаряжения. Палатой заведовал Оружейный приказ.
 
   Со времен Ивана IV большую роль в управлении государством стали играть воеводы, руководившие войсками Московского царства. Конница состояла из дворян и детей боярских, служилых татар и царского полка. В артиллерию входили полевой и крепостной «наряды». Наряд обслуживали воротники, затинщики, кузнецы, плотники. Большую роль в победах русского войска играл «гуляй-город» – передвижная деревянная крепость.
   Гуляй-город принимал на себя ожесточенные атаки противника, потом из-за него атаковала русская конница. Пехота состояла из пеших городовых казаков, московских пеших и стременных стрельцов и пеших «даточных людей». Во второй половине в семидесятитысячное русское войско входили 35 000 всадников поместной конницы, 12 000 стрельцов, 6 000 городовых казаков, 10 000 служилых татар, 4 000 наемных иностранцев, пушечный наряд из 3 000 человек. В военный поход обычно ходила половина войска. Оно состояло из большого полка, полков правой и левой руки, передового, сторожевого и ертаульного полков, «наряда» и «гуляй-города». Конный ертаульный полк вел разведку и охранял войско. Царский полк состоял из служилых московских людей, охранял царя, участвовал во всех придворных церемониях, сопровождал государя во всех походах. В боевых действиях царский полк участвовал только вместе с царем. В 1550 году Иван IV учредил и особый конный отряд – «Избранную тысячу», личную охрану.
   Стрельцы были только пехотинцами, вооруженными огнестрельным оружием. Этот род войск создал царь – «учинил у себя выборных стрельцов из пищалей три тысячи человек, а велел им жить в Воробьевой слободе». Из московских стрельцов был образован особый царский отряд, стоявший в караулах во дворце. Ивана IV охраняли Избранная тысяча, Государев и Стремянной полки.
   Пять тысяч стрельцов постоянно находились в Москве, семь тысяч служили в пограничных городах. Стрельцы служили не только в своих полках, но и в приказах. Они служили пожизненно, служба передавалась по наследству. За службу стрельцы получали не земельное, а хлебное и денежное жалованье, при Иване IV четыре рубля в год. Стрельцы получали в слободах участки земли и денежное пособие для строительства дома, не платили налоги, получали льготы при торговле, особенно своим товаром, производимым в слободах. Руководил стрельцами свой приказ.
   В войско входили особые отряды опричников, созданные Иваном IV для борьбы с боярами в 1564 году. Первый опричный отряд насчитывал тысячу дворян и детей боярских. Вскоре он был увеличен до шести тысяч человек, а потом еще и еще. Основной обязанностью опричников являлась защита царской власти. Опричное войско, прославившееся трусостью, подлостью, издевательствами над беззащитными людьми, полной несостоятельностью во время боевых действий, в 1572 году было ликвидировано самим царем.
 
   Все русские войска назывались ратями, в каждую из которых входило от трех до семи полков разной численности. Полки делились на сотни, пятидесятки и десятки. Во главе рати стоял «большой воевода» с заместителями – «товарищами». Большому воеводе подчинялись полковые воеводы, воеводы у «наряда», гулевой и ертаульный воевода, головы, сотники, пятидесятники и десятники. Для управления войсками воеводы при себе имели небольшие медные барабаны, привязанные к седлам. Большой воевода имел большой барабан-«набат», в которых били сразу восемь человек. При воеводах находились дьяки и подьячие, писавшие приказы, хранившие полковую казну и ведшие журналы боевых действий. Все свои приказы воеводы должны были согласовывать с инструкциями Разрядного приказа. Они писали туда подробные отчеты о состоянии войск и укреплений, количестве военных запасов и продовольствия.
   Традиционный боевой порядок русских войск в полевом сражении сформировался очень быстро. В центре на удобной позиции выстраивалась пехота, прикрытая «гуляй-городом». На флангах и впереди пехоты находилась конница, первой вступавшая в бой. Артиллерийский «наряд» находился или в гуляй-городе, или в боевых порядках пехоты. Большой отряд всегда находился в резерве или в засаде. От монголо-татар русские переняли и активно использовали прием заманивания противника ложным отступлением в бою и вывод его на засаду. От монгольского «урранх» произошел и русский боевой клич «ура».
   В XVI веке не существовало отдельной военной и гражданской службы Воеводой мог быть назначен приказной дьяк. Разрядным приказом всегда руководил думный дьяк – организатор русского войска, имевший мало военной практики. Перед военным походом воеводы получали подробные приказы и инструкции о порядке движения и ведения боевых действий из гражданского Разрядного приказа. Все полки имели знамена с изображением Спаса или Святого Георгия. Знамя и знаменосцев охраняли особые воеводы и головы, входившие в состав свиты царя и больших воевод. Развертывание боевых знамен служило сигналом для начала полевого сражения или осады вражеской крепости. Для подачи команд и сигналов, для воодушевления войск воеводы использовали трубы, сурны, гобои, барабаны.
 
   С середины XVI века появились городовые воеводы, возглавлявшие военное и гражданское управление города с уездом. Первые воеводы появились в пограничных городах, потом и во внутренних районах страны. Они заменили наместников и городовых приказчиков, представителей администрации великого князя.
   Воеводы назначались по воле и усмотрению царя Разрядным приказом и утверждались Боярской Думой. Они подчинялись территориальному приказу, ведавшему городом. В большие города назначались два воеводы, один из которых являлся старшим. Воеводами назначались в основном дворяне из «московского списка». Чины и звания воевод соответствовали политическому, военному и экономическому статусу города – от детей боярских в небольших крепостях до бояр в крупных городах. Воеводская служба продолжалась три года, на окраинах и в Сибири дольше. Жалованье выдавалось в Москве, в территориальных приказах, четях. Воеводы ведали обороной и хозяйством городов и уездов, четом и распределением земли, полицейским надзором. Отношения с московскими приказами были запутанными. Эта неопределенность сильно увеличивала права воевод и вела к их злоупотреблениям. В руках воевод постепенно сосредоточилась вся административная, полицейская и судебная власть в уездах.
 
   Лучший период царствования Ивана IV связан с деятельностью «Избранной рады» в 1550 – 1560 годах. В 1552 году было завоевано Казанское, в 1556 году занято Астраханское ханство, в стране были проведены серьезные реформы.
   Казанское ханство, в котором воцарились крымские Гиреи, попыталось стать наследницей Золотой Орды. Его войска ежегодно разоряли русские земли, доходя до Владимира, Костромы, Вологды. Русских пленных продавали в Астрахани, Крыму, Средней Азии. Казань была взята с третьего раза. Ожесточенно защищавшийся город был взят благодаря таланту воевод А. Горбатого и А. Курбского. В 1556 году без боя была взята Астрахань. Все течение Волги теперь контролировалось Московским царством. Русские вышли к Каспийскому морю и Кавказу.
   В 1550 году был реформирован Судебник 1497 года. Он ликвидировал судебные привилегии удельных князей, регламентировал положение домашних рабов-холопов. По настоянию «Избранной рады» была отменена система кормлений, тормозившая развитие государства. Однако введение местного самоуправления натолкнулось на сопротивление царя. Второй конфликт Ивана IV с «Избранной радой» произошел в 1558 году из-за желания царя начать Ливонскую войну. Зная положение в государстве, его советники прекрасно понимали, что война не будет выиграна. Иван IV необоснованно обвинил «Избранную раду» в смерти своей жены Анастасии и сослан. Царь начал править сам.
   В начавшейся в 1558 году Ливонской войне после первых успехов русские войска были разбиты армиями польского короля Стефана Батория, с трудом остановленного под Псковом. По Ям-Запольскому мирному договору 1582 года Россия потеряла завоеванные западные земли. Швеция получила устье Невы и побережье Балтийского моря, издавна принадлежавшее русским князьям. Виновником поражения был Иван IV, которого из-за непомерной жестокости в Европе стали называть Ужасным.
 
   Воспитанный на презрении к человеческой жизни, Иван IV любил издеваться над людьми. После того, как он сжег бороды пришедшим к нему челобитчикам, в Москве началось восстание. Вооруженные москвичи ворвались в Кремль и перепуганный царь с трудом сбежал в подмосковное село Воробьево. Разъяренная боярскими и царскими грабежами толпа двинулась и туда, и ее появление повергло царя в ужас. Используя веру народа в высшую власть, бояре обманом успокоили горожан, а потом жестоко подавили восстание. Бояре не предвидели, что скоро их начнут убивать. Блестящая гвардия Ивана III Великого сошла с исторической сцены, а внуки талантливых сподвижников создателя Русского государства не захотели подняться до уровня своих дедов. Бояре-холопы А. Д. Басманов и А. Вяземский предложили царю создать особый отряд дворцовой охраны.
   В декабре 1564 года Иван Ужасный забрал у московских церквей самые почитаемые иконы и на сотнях нагруженных подвод с государственной казной уехал в Александрову слободу. Оттуда царь потребовал у Боярской Думы чрезвычайные полномочия. Дети великих отцов ответили Ивану покорным согласием и выдали царю лидера думы князя Александра Горбатого.
   В феврале 1565 года был обнародован указ об опричнине, по которому территория царства подлежала разделу на две части. В государевом уделе опричнине царь стал полным властелином и хозяином. Земщина осталась под управлением Боярской Думы. Царь забрал в опричнину лучшие земли. Началось переселение населения из одной части государства в другую, что изменило русский национальный характер. Как можно создавать свою жизнь и род, осваивать пашню, строить дом, сажать сады, зная, что очередной садист на троне прикажет зимой, в мороз, переехать из Коломны в Вологду, оставив за собой могилы прадедов и погубив при переезде половину семьи.
   Неограниченные полномочия позволяли царю без совета с думой подвергать опалам и казням всех, кого он хотел, с обязательной конфискацией в пользу Ивана их имущества и земель. Для реализации программы по разгрому государства был создан особый корпус опричников, ставший новой личной гвардией Ивана Ужасного. В опричнину принимали провинциальных дворян, кто не имел родственных связей с земскими людьми. Опричник давал клятву, что впредь он не будет вступать ни в какие связи с земщиной. Для опричников вводились особые знаки различия – собачья голова и метла. Опричное войско безнаказанных убийц быстро выросло до шести тысяч человек. В состав опричников из карьерных соображений нередко входили представители знатных княжеско-боярских родов. Позже их с удовольствием казнили в первую очередь. В опричном руководстве всегда доминировали худородные провинциалы.
   Руководители опричнины составили свой двор и думу, структуры которых совпадали со структурами Государева двора и Боярской Думы. Параллельно с земскими были созданы опричные приказы. «Для обеспечения хозяйственных потребностей» в опричнину были включены богаты города и уезды – Двина, Каргополь, Вологда, Белоозеро, Великий Устюг, Старая Русса, Галич, Подмосковье и часть Москвы. На опричных землях земские бояре и дворяне выводились со своих вотчин и поместий. На это царь взял с земщины огромную сумму в десять тысяч рублей. Столицей опричнины стала Александрова Слобода.
   Иван Ужасный начал казнить всех, кто ему противоречил, доказательно возражал, был уважаемым в народе и был талантливее его. Сотням бояр и их малолетним детям рубили головы и везли их к царю, людей сажали на кол, вешали, ссылали. Земли казненных Ужасный тут же присваивал. Возможно, это и было главной целью опричнины. Княжеское землевладение было уничтожено, боярская оппозиция царю подавлена. Только по сфальсифицированному делу двоюродного брата царя Владимира Старицкого опричники убили более трех тысяч невиновных людей.
   Митрополит Русской церкви Филипп попытался остановить террор. Он долго говорил с царем наедине и после разговора в кремлевском Успенском соборе лишил Ужасного благословения и на проповеди говорил о необходимости упразднить опричнину. Митрополита поддержало большое количество народа. Царь тут же объявил: «Я был слишком мягок к вам, но теперь вы завоете». Престиж царя, и до этого невысокий, упал ниже нижнего предела и Ужасный начал большую резню. Окружение Филиппа на глазах всей Москвы забили палками, самому митрополиту царь прислал отрубленную голову его брата. О сотнях убитых без суда и следствия царю ежедневно докладывали: «сегодня отделано столько-то человек».
   Митрополита Филиппа судили на царском совете. Лживые показания против него дал его ученик соловецкий игумен, которому обещали сан епископа. Суд холопов Ужасного вынес ему обвинительный приговор. С митрополита содрали мантию и клобук и увезли в Богоявленский монастырь. На страну опустилась опричная ночь. Выдающийся русский историк Лев Гумилев писал:
   «Опричнина была создана Иваном Грозным в припадке сумасшествия и официально просуществовала семь лет. Задачей опричников было «изводить государеву измену», причем определять «измену» должны были те же самые опричники. Они могли убить любого человека, объявив его изменником. Одного обвинения было совершенно достаточно для того, чтобы привести в исполнение любой приговор. Самыми мягкими были обезглавливание и повешение, но, кроме того, опричники жгли на кострах, четвертовали, сдирали с людей кожу, замораживали на снегу, травили псами, сажали на кол. Грозный создал совершенно особую концепцию царской власти. Он полагал царское величие равным Божьему и потому лишил подданных права как-либо обсуждать его поступки.
   Добро и зло меняется местами. Старинное русское слово «оприч», то есть «кроме», дало современникам повод называть соратников Грозного кромешниками. Ад – «тьма кромешная», «небытие», самая суть зла. Значит, кромешники – это люди, одержимые ненавистью к миру, слуги абсолютного зла. Наши предки хорошо умели осмысливать суть вещей.
   Главным содержанием опричнины стали совершенно беспрецедентные и бессмысленные убийства ради убийства».
   Со времен Ивана III, собиравшего все документы в удельных княжествах, все архивы хранились в Кремле, в больших деревянных ящиках с большими свитками внутри. Архивы находились в подземных каменных подвалах, защищенных от пожаров – Москва часто горела. При Иване IV архивы исчезли. Царь лично исправлял официальную летописную историю своего правления. Это ему не помогло – рукописи не горят. Правда о правлении Ужасного дошла до нашего времени.
 
   В Московском царстве началось «великое разорение». Упадок экономики, сельского хозяйства, голод, чума в тридцати русских городах привели к гибели сотен тысяч людей. Некоторые исследователи пишут, что Иван Ужасный казнил меньше людей, чем было убито во Франции в Варфоломеевскую ночь, забывая добавить к казненным заваленную трупами Россию. Крестьяне массами бежали в «дикое поле», необжитые окраины государства. Опричники резали, Убивали, грабили страну, не делая исключений даже для монастырей. В 1571 году войска крымского хана без особых усилий взяли Москву и сожгли столицу царства. Перепуганный царь убежал в Ростов и предложил татарам Астрахань. Поддержанное турками Крымское ханство вместо Астрахани решило покорить все Московское царство. Только возможная гибель государства смогла остановить опричный террор.
 
   Народ считал опричников страшнее татар. Все суды государства получили распоряжение Ивана IV: «Судите праведно, наши виноваты бы не были». Опричники отнимали имущество и земли, процветали наветы, подменные доносы без подписи. Кровавые погромы и убийства беззащитных людей были доведены в ранг государственной политики. Сам царь плясал под псалмы, казнил казанских мусульман, не принимавших православие, после взятия Полоцка утопил всех местных евреев, устроил ужасающую резню в Новгороде. 1572 год стал концом опричнины.
   Крымская орда пошла на Москву с целью захвата всего царства. Царь опять убежал из столицы на север. Его обоз в 450 подвод охраняли опричники. Судьбу государства решили земские войска. В битве при Молодях земские войска под командованием князей Ивана Воротьянского и Дмитрия Хворостинина полностью разгромили татар.
 
   Русские войска прикрывали Москву со стороны Рязани. Большой полк из 8 000 воинов под началом князя Михаила Воротынского стоял в Коломне. При большом полку находился гуляй-город и весь наряд с воеводами князьями С. Коркодиновым и З. Сугорским. Полк правой руки из 4 000 воинов с воеводой князем Никитой Одоевским стоял в Тарусе, полк левой руки из 2 000 воинов с князем Никитой Репниным находился в Лопасне.
   Сторожевой полк из 2 000 воинов князя Ивана Шуйского стоял в Кашире Передовой полк с воеводами князьями Алексеем Хованским и Дмитрием Хворостининым стоял в Калуге. При нем находился передвижной отряд из 900 человек на стругах.
   23 июля 1572 года стотысячное крымское войско во главе с ханом Девлет Гиреем встало у Оки. Хан уже «расписал всю русскую землю кому что дать, как при Батые». При хане находились несколько турок – представителей султана, которому Девлет Гирей хвалился захватить все Московское царство в течение года.
   Двадцатитысячное войско прикрывало Оку от стотысячного войска Девлет Гирея на протяжении пятидесяти километров. В местах возможных переправ на московском берегу были сделаны два частокола из заостренных вверху бревен высотой до полутора метров. За частоколами были сделаны рвы.
   Крымская орда переправилась в трех местах, отбросив в кровопролитных сшибках русские заслоны. По Серпуховской дороге хан двинулся на Москву. В случае полевого сражения у Серпухова у Воротынского победить Девлет Гирея не было никаких шансов и выдающийся полководец князь Михаил Воротынский не сделал роковой ошибки. Он пошел вдогон за ордой, совершенно не ожидавшей этого.
   28 июля авангард князя Дмитрия Хворостинина ударил по арьергарду татар, которым командовали сыновья хана с отборной конницей. Яростные атаки русских удержать было невозможно и Девлет Гирей отправил на помощь сыновьям 12 000 воинов главной орды.
   В пятидесяти километрах от Москвы у Молодей втрое больший арьергард начал теснить передовой полк Хворостинина. Отчаянно отбиваясь русские медленно пятились и в критический момент боя внезапно расступились по флангам. Перед татарами стоял весь «наряд» русского войска, за которым в боевом порядке выстроилось все войско Михаила Воротынского. Пушки ахнули раз и другой и арьергарда у Девлет Гирея не стало. Хан прекратил наступление на Москву и развернул орду на Воротынского. 30 июля у Молодей, между Подольском и Серпуховым началось пятидневное сражение, решавшее судьбу Русского государства.
   Деревянная передвижная крепость гуляй-город с большим полком стояла на холме, вокруг которого были вырыты рвы. У подножья холма за рекой Рожай встали три тысячи стрельцов с пищалями. Остальные войска прикрывали фланг и тыл большого полка. Утром 30 июля войско Девлет Гирея атаковало русских. Заслон из стрельцов выдержал атаку полчищ Гирея и лег на месте. Вес день шел штурм большого полка. Русские стояли насмерть и весь следующий день, 31 июля, когда воды реки Рожай «смешались с кровью». Потеряв множество воинов вместе с ногайским полководцем Теребердей-мурзой, крымская орда к вечеру второго дня боя отошла в обоз.
   1 августа Воротынского атаковал военный министр Девлет Гирея Дивей-мурза. Десятки тысяч татар несколько раз пытались неудачно разорвать боевые порядки русских и захватить гуляй-город с нарядом. Во время одной из атак Дивей-мурзу захватил суздальский дворянин Темир-Иван Шибаев. Татары откатились по всему фронту.
   2 августа отбивать Дивей-мурзу орду повел сам Девлет Гирей. Перед гуляй-городом в сумасшедшей битве рубились полки левой и правой руки. Когда вся татарская орда втянулась в сражение, в котором одного русского воина атаковали три татарских, Воротынский скрытно вывел большой полк из гуляй-города. По оврагу за холмом русские вышли в тыл татарам. По особому сигналу русские во главе с Дмитрием Хворостининым оставили гуляй-города и по всему фронту атаковали татарскую орду. Когда герои Хворостинина уже рубились в полном окружении, в тыл татарского войска ударил большой полк Воротынского и орды не стало. В бешеной рубке погибли сын и внук Гирея, все турки, русские захватили даже личное оружие хана. Весь следующий день остатки татар гнали Гирея, который привел за Перекоп только каждого седьмого воина, вышедшего с ним в поход.
   Победой при Молодях Москва была спасена от нового разгрома, никто уже больше не претендовал на Казань и Астрахань, южные границы на долгое время были защищены от набегов.
   Через полгода Иван IV обвинил героя Молодей Михаила Воротынского в измене. Царь лично пытал князя, умершего от ран. Именно после этой дикой расправы герой взятия Казани князь Андрей Курбский и принял решение уйти в Литву.