В 1489 году скончался митрополит Геронтий, человек несомненно православный но своим убеждениям, но дававший потачку еретикам: быть может, ненавидя Геннадия, он неохотно принимался за дело, поднятое последним, и не доверял справедливости всего, что выставлял новгородский владыка. Еретики до того взяли верх при дворе Ивана Васильевича, что своим ходатайством могли доставить митрополичью кафедру такому лицу, какое им было нужно. Протопоп Алексий, взятый Иваном Васильевичем из Новгорода в Москву, скончался. Незадолго до своей смерти он указывал на архимандрита Симоновского монастыря Зосиму, как на самого достойного быть преемником Геронтия. Великий князь очень любил Алексия и поддался его внушениям. В сентябре 1490 года состоялся выбор: духовные власти избрали митрополитом Зосиму, зная, что этого хочет «державный», как они величали великого князя. Геннадия не пригласили на собор: он хотел ехать, но великий князь приказал ему оставаться на месте: от него потребовали только письменного согласия, так называемой «повольной» грамоты. Геннадий не противился выбору Зосимы, потому что еще не имел ничего сказать против него, но сильно оскорбился тем, что его не пустили лично присутствовать на выборе.
   Как только Зосима уселся на митрополичьем столе, тотчас потребовал от Геннадия исповедания веры. Это значило, что Геннадия подозревают в неправоверии. Геннадий ясно видел, что к нему придираются, что враги составляют против него козни: враги эти — еретики, и главным из них считал он Захара, — и новгородский владыка усилил против них свою ревность. Геннадий не послал Зосиме исповедания, объяснивши, что он уже дал его, по обычаю, при своем поставлении в архиерейский сан, а со своей стороны настоятельно требовал приняться немедленно за строжайший обыск над еретиками и казнить их без милосердия. Геннадий напоминал митрополиту, что он обязан настаивать перед великим князем на преследовании еретиков: «Если великий князь того не обыщет и не казнит этих людей, то как нам тогда свести срам с своей земли! Вон фряги какую крепость держат по своей вере; сказывал мне цезарский посол про шпанского короля, как он свою землю-то очистил!» Геннадий указывал на государева дьяка и любимца Феодора Курицына, как на корень всего зла: «От него вся беда стала; он отъявленный еретик и заступник еретиков перед государем». Геннадий этим не ограничивался: он смело обличал распоряжения самого великого князя, касающиеся церкви. По поводу перестроек в Москве были разобраны ветхие церкви и перенесены на другие места; кости мертвых свезены были на Дорогомилово, а на месте церковной ограды, служившей для погребения, разведен был сад. Этот поступок Геннадий называл «бедою земскою» и «нечестью государскою» и сообщал свои рассуждения, очень любопытные как образчик умствований того времени. «Кости мертвых, — писал Геннадий, — вынесены, а тела остались на прежнем месте, рассыпавшись в прах: и на них сад посажен: а Моисей во Второзаконии не велел садить садов и деревьев подле требника Господа Бога. Гробокопателям какова казнь писана: а ведь это оттого, что будет воскресенье мертвых; не велено мертвых с места двигать, опричь тех великих святых, коих Бог чудесами прославил. Где столько лет стояли Божьи церкви, где стоял престол и жертвенник, — эти места не огорожены: собаки ходят по ним и всякий скот!..» Зосима требовал от Геннадия согласия па поставление коломенского владыки, но не сообщал ему имени того, кто будет этим владыкою. Геннадий догадывался, что могут на это место посадить такое лицо, которое станет мирволить еретикам, и наотрез отказал. «Не управивши дела еретического, писал он, нельзя ставить владыку; не из иной земли добывать нам человека на владычество, а тутошним нашим нужно обыск учинить и тем, что с еретиками служили или с ними были в общении, назначить разные эпитимии, кому отлучение, а кому до конца извержение».
   Настойчивые требования Геннадия, обращаемые к митрополиту, могли остаться без внимания, так как и прежде того Геннадий не раз уже писал в Москву, присылал разные доносы и улики на еретиков, а им в Москве не давали ходу: очевидно, люди, принадлежавшие к ереси и приближенные к государю, представляли Геннадия вздорным, беспокойным человеком. Но Геннадий, защищая православие, защищал разом и самого себя от подкопа, который вели против него враги. Вслед за письмом к митрополиту разразился он посланием, обращенным к русским архиереям: ростовскому, суздальскому, тверскому и пермскому; он убеждал их всех не соглашаться на поставление коломенского владыки, требовать немедленного созвания собора и суда над еретиками, и притом суда самого строгого. По мнению Геннадия, современных ему еретиков следовало наказывать строже, чем наказывали проклятием прежних еретиков на соборах. «От явного еретика человек бережется, — писал он, — а от сих еретиков как уберечься, если они зовутся христианами. Человеку разумному они не объявятся, а глупого как раз съедят!» Геннадий давал своим товарищам владыкам совет ни под каким видом не допускать на предстоящем соборе прений о вере. «Люди у нас просты, — писал он, — не умеют по обычным книгам говорить, так лучше о вере никаких речей не плодить, только для того и собор учинить, чтобы еретиков казнить, жечь и вешать. Они, еретики, взяли у меня было покаяние и эпитимию, а потом убежали: надобно их пытать накрепко, чтоб дознаться: кого они прельстили, чтобы искоренить их совсем и отрасли их не оставить». Уликами для еретиков должны были служить показания, отобранные Геннадием под пыткою у тех, которых прежде выслали к нему из Москвы. Уже он посылал эти показания в Москву, но им не верили, говорили, что они вынуждены были муками; и на это недоверие горько жаловался Геннадий архиереям. «При допросе, — писал он, — был я, святитель, двое бояр великого князя, да мой боярин, да опричь того несколько детей боярских, да игумены и священники, и все-таки тому не верят, да еще и на меня со лжою. Говорят, что я Самсонка мучил; не я его мучил, а сын боярский великого князя; мои сторожи только стояли, чтоб кто-нибудь посула не взял. Самсонко объявил, как он бывал у Федора Курицына, как приходили к нему Алексий протопоп, да Истома, да Сверчок, да Ивашка Черный, что книги пишет, и ругались над православием. Как бы тот смерд Самсонко знал, что у Курицына делается, если бы к Курицыну не ходил? Вот он знает, что у Курицына живет венгерец Мартынка, что из угорской земли с ним приехал: почем бы Самсонко знал это, если бы не был вхож в дом к Курицыну?» Геннадий убеждал архиереев стараться, чтобы великий князь непременно послал за новгородским архиепископом, и убеждал их без него не начинать никакого дела.
   В показаниях Самсонка и других были признания в том, что еретики изрекали хулу на Христа, Пречистую Богородицу и всех Святых, ругались над иконами и над другими священными вещами. Сам Самсонко сознавался, что он с попом Наумом расщепляли святые иконы, а Наум, проходя мимо иконы Богородицы, показал ей кукиш. Другой еретик, Алексей Костев, вытащивши из часовни икону Успения, бросил на землю и начал поливать скверною водою. Третий, Юрка, бросил икону в лохань. Иные спали на иконах, другие мылись на них. Макар дьяк, который ел в пост мясо, плевал на икону, а Самсонко вырезывал из просфор кресты и бросал кошкам и собакам и пр.
   Геннадиево послание оказало немедленное действие. Зосима не хотел собирать собора, но не мог противиться общему требованию архиереев и большинства духовенства, которое единогласно домогалось суда над еретиками. Собор открылся 17-го октября. Геннадия опять не пригласили, и архиереи решились приступить к делу без Геннадия, хотя он просил их добиваться, чтоб его непременно пригласили на собор. Кроме архиереев здесь было несколько монастырских настоятелей, священников и старцев, и между ними знаменитый в свое время Нил Сорский. До нас, к сожалению, не дошли подробные известия о ходе дел на этом соборе; мы знаем только его приговор. Основываясь на показаниях, присланных Геннадием, и на некоторых свидетельствах, собранных в Москве, собор обвинил новгородского протопопа Гавриила, священников: Дениса, Максима (ивановского), Василия (покровского), дьякона Макара, зятя Денисова Васюка, чернеца Захара и дьяков Гридю и Самсона в том, что они не поклонялись иконам, ругались над ними, называя их, зауряд с идолами, делами рук человеческих, признавали тело и кровь Христову простым хлебом и вином с водою. Уличили ли их при этом в прямом «жидовстве» — мы не знаем. Еретики упорно отпирались от обвинений, а в том, в чем нельзя было отпереться, каялись и просили прощения. Собор лишил их духовного сана, предал проклятию и осудил на заточение. Некоторых из них — неизвестно кого именно, но, вероятно, тех, которые были из Новгорода, — отправили к Геннадию в Новгород. Архиепископ приказал встретить их за 40 верст от города, надеть на них вывороченную одежду, посадить на вьючных лошадей лицом к хвосту, в берестовых шлемах с мочальными кистями, в соломенных венцах с надписью: се есть сатанино воинство. В таком виде ввезли их в город. Со связанными руками, они сидели, обращенные лицом на запад, по выражению Иосифа Волоцкого, смотря в ту сторону, где их ожидал вечный огонь. Владыка велел народу плевать на них, ругаться над ними и кричать: вот враги Божии, хулители христианские! После такого обряда на головах их зажжены были берестовые шлемы. По известию Иосифа, Денис скоро умер, за месяц перед смертью лишившись рассудка. Подобная участь постигла и Захара.
   Но для искоренения еретического духа этим еще сделано было немного. Соборное осуждение постигло указанных нами лиц собственно не за жидовскую или какую-нибудь определенную ересь, а за противные церкви поступки и выражения, которые могли одинаково быть последствием разных заблуждений и даже просто беспутной жизни и пьянства. Важные еретики оставались без преследования и жили в Москве, пользуясь покровительством властей. Таковы были Федор Курицын, брат его Волк, Сверчок, Семен Кленов, Максимов и другие. Иван Максимов нашел возможность совратить в ересь невестку великого князя вдову Елену. Распространению всякого рода безверия, а тем самым и всяких еретических толкований, способствовало то обстоятельство, что в это время окончилась седьмая тысяча лет, считаемая от сотворения мира. Уже долгое время было в ходу верование, не только на Руси, но и на православном Востоке, что миру должно существовать только 7000 лет. Верование это чрезвычайно древнее и исходит еще от первых веков христианства: один из ранних отцов церкви, Ириней, конца II века писал, что во сколько дней создан мир, через столько тысяч лет последует его конец: с тех еще пор это мнение повторялось многими и в различных видах. Сообразно с этим мнением, пасхалия, которою руководствовались для преходящих праздников, составлена была на 7000 лет, и русские сроднились с мыслью, что конец пасхалии согласуется с концом мира. Но пасхалия была на исходе, конец мира не приходил, и надобно было составлять дальнейшую пасхалию. Митрополит Зосима изложил пасхалию только на следующие двадцать лет, но в то же время поручил Геннадию, приехавшему для того в Москву, составить свою пасхалию, чтобы согласие между тою и другою послужило мерилом истины. Геннадий написал пасхалию на семьдесят лет. Она оказалась дословно сходною в тех годах, на которые составил пасхалию Зосима, и Геннадиева пасхалия была разослана по всей Руси с предисловием, где объяснялся процесс составления пасхалии и проводилась мысль, что нельзя человеку знать времени кончины мира. «Мы написали это для простых людей, говорит Геннадий, думающих о скончании мира; пугаться его не должно, а следует ждать пришествия Христова во всякое время, потому что оно никому не ведомо, как установлено. Как седьмая тысяча изошла и пасхалия рядовая окончилась, а тут еще кто-то написал: вот будет страх, скорбь как при распятии Христовом; вот последний год, кончина явится, ожидаем всемирного пришествия Христова; и сделалась тревога не только между простыми, но и не простыми, и многих взяло сомнение. Вот мы и написали это в обхождение временам, поставили круги солнечные и лунные и „рукам числа“: по чем можно знать и лунное течение, и пасху, и мясопусты и все праздники».
   Но составление пасхалии не отняло у еретиков возможности пользоваться для своих целей исходом семитысячных годов. «Как же это, — говорили они, — апостолы написали, что Христос родился в последнее лето, а вот уже 1500 лет проходит по Рождестве Христове, миру же все конца нет, стало быть, апостолы неправду писали. Говорили, что Христос скоро придет, а его все нет! Ефрем Сирин давно уже написал: пророчества и писания скончались и ничего не осталось дожидаться, кроме второго пришествия Господа нашего Иисуса Христа. Но вот уже 1100 лет прошло с тех пор, как писал Ефрем Сирин, а второго пришествия все нет!» Такие замечания вызывали со стороны православных необходимость опровергать их и вдаваться в объяснения как Священного Писания, так и Св. отцов. Геннадий опровергал эти замечания, ходившие в то время в народе, и, кроме книг, признаваемых церковью, ссылался даже на апокрифические или отреченные сочинения, которые были тогда в большом ходу между духовными, не всегда умевшими отличать их от канонических. Страсть к религиозным рассуждениям все более и более усиливалась. Иные, не завлекая людей ни в жидовство, ни в какую-либо другую определенную ересь, возбуждали только в народе сомнение в вере; толковали по-своему места Св. Писания и сочинений Св. отцов и говорили, что в искусстве наблюдать течение звезд и по ним отгадывать судьбу человеческую можно найти более мудрости, нежели в писаниях, признаваемых церковью, которые оказываются ложными, так как их пророчества о скончании мира и втором пришествии Христа не сбылись. Митрополит Зосима явно показывал вид, что защищает православие, а на самом деле был опорою для еретиков.
   Это был человек, преданный обжорству, пьянству, всяким чувственным удовольствиям, и потому склонный к безверию и материализму. В те минуты, когда вино делало его откровенным, он высказывал самые соблазнительные мнения: что Христос сам себя назвал Богом, что евангельские, апостольские и церковные уставы и предания — все вздор; иконы и кресты, все равно что болваны. «Что такое царство небесное, что такое второе пришествие, что такое воскресение мертвых? — говорил он. — Ничего этого нет: кто умер, тот умер, и только; дотоле и был, пока жил на свете». Его причисляли также к последователям жидовства, но едва ли было так на самом деле: отрицание будущей жизни несогласимо было с общепринятыми иудейскими верованиями, и, кажется, Зосима не принадлежал ни к какой ереси, а просто ничему не верил, потому что ни о чем не заботился, кроме чувственных удовольствий. От этого он готов был смотреть сквозь пальцы на всякую ересь и говорил: не следует наказывать еретиков и отыскивать их. В том же духе говорили не только сами еретики, но и православные, побуждаемые добродушием: «Зачем осуждать и истязать еретиков и отступников; Господь сказал: не судите, да не судимы будете; и Св. Иоанн Златоуст говорит: не следует никого ненавидеть и осуждать, ни неверного, ни еретика, а тем более не убивать их, — если же надобно судить их и казнить, то пусть судят их цари, князья и земские судьи, а не иноки и не простые люди; притом же еретик и отступник только тот, кто сам исповедал свою ересь и отступление, а доискиваться: нет ли в ком ереси, и предавать человека пытке из-за этого — не следует». Такие рассуждения направлены были против доносчиков и соглядатаев; хотя и не отымалось у верховной мирской власти право судить еретиков, но отымалась возможность их отыскивать и предавать светскому суду, если они сами будут осторожны. Против таких-то мнений вооружались в то время строгие ревнители православия, и главным из них был неутомимый Геннадий. Он, напротив, доказывал, что не только следует всеми возможными средствами отыскивать еретиков, но даже не верить их покаянию, когда оно приносится поневоле обличенными в ереси. Геннадий требовал, чтобы их жгли и вешали. Тогда вопрос о том, как относиться к еретикам, занимал умы. Геннадий придавал ему огромную важность и для противодействия своим противникам нашел себе деятельного и энергического товарища в игумене волоколамского монастыря Иосифе. Он был сын землевладельца близ Волоколамска, по прозвищу Санина, и происходил из крайне благочестивой семьи. Его дед и бабка, отец и мать окончили жизнь в монашестве. Его все братья были монахами, а двое из них епископами. Сам Иосиф в молодости постригся в Боровском монастыре у знаменитого и уважаемого за свою святую жизнь игумена Пафнутия, а впоследствии, еще при жизни последнего, сделался его преемником. Он хотел ввести в монастыре чрезвычайную строгость, но вооружил против себя всю братию, и потому удалился из Боровска, скитался около года по разным монастырям, наконец, основал собственный монастырь на своей родине, близ Волоколамска. Великий князь лично знал его и уважал за строгое постничество и необыкновенную по тому времени ученость. С Иосифом сошелся Геннадий, знакомый с ним еще прежде и пожертвовавший в волоколамский монастырь свое село Мечевское.
   Зосима недолго мог скрываться. Ревнители благочестия скоро разгадали его, соблазнились его поведением, его двусмысленными выходками, о которых слух расходился в народе, и стали обличать его. Митрополит, прежде проповедовавший милость ко всем, теперь сам стал жаловаться великому князю на своих врагов, и великий князь подверг некоторых заточению; но в 1493 году смело и решительно поднялся против Зосимы Иосиф Волоцкий, написавший в самых резких выражениях послание к суздальскому епископу Нифонту, призывая его со всеми товарищами, русскими иерархами, стать за православную веру против отступника митрополита. «В великой церкви Пречистой Богородицы, на престоле Св. Петра и Алексия, — писал он, — сидит скверный, злобесный волк в пастырской одежде, Иуда Предатель, бесам причастник, злодей, какого не было между древними еретиками и отступниками». Затем, изобразивши развратное поведение митрополита и упомянувши о соблазнительных речах, которые он произносил в кругу приближенных, Иосиф убеждал всех русских иерархов свергнуть отступника и спасти церковь. «Если не искоренится этот второй Иуда, — писал он, — то мало-помалу отступничество утвердится и овладеет всеми людьми. Как ученик учителя, как раб государя, молю тебя: поучай все православное христианство, чтоб не приходили к этому скверному отступнику за благословением, не ели и не пили с ним». Это послание, вероятно, написанное заодно с Геннадием, произвело свое действие. В 1494 году митрополит, увидевши, что вся церковь против него вооружается, добровольно отказался от митрополии, всенародно положил свой омофор на престол в Успенском соборе, объявил, что по немощи не может быть митрополитом, и удалился сначала в Симонов, а потом в Троицкий монастырь. Великий князь не стал его преследовать, быть может, потому, что считал его только пьяницей, но человеком, безвредным для веры по удалении своем от управления делами церкви. Не ранее, как на следующий год, в сентябре следующего года, избран был новый митрополит Симон, бывший игуменом Троицко-Сергиевого монастыря. Геннадий и на этот раз не участвовал в поставлении нового митрополита. Достойно замечания, как вел себя великий князь в этом случае: предшествовавшие события показали ему, что церковь, так сильно содействовавшая усилению верховной мирской власти, способна была, однако, заявлять свою независимость против этой власти. Мысль эта уже тяготила Ивана, и этим-то, должно быть, пользовались приближенные к нему еретики, отклоняя его от слишком ревностного преследования вольнодумцев. Иван был отчасти доволен: охлаждение к духовенству, распространявшееся в народе, могло содействовать видам Ивана. Во-первых, он видел в этом средство поставить свою власть выше всякого противодействия со стороны представителей церкви; во-вторых — возможность осуществить со временем свое тайное желание овладеть церковными имуществами, желание, которое уже давно он выказал своими поступками, отнявши у новгородского владыки и у новгородских монастырей значительную часть их имений: в дополнение к прежнему, он в последнее время запретил Геннадию приобретать куплею новые земли. Чтобы приучать русских к мысли о первенстве государя над церковью, после наречения Симона митрополитом, Иван в Успенском соборе всенародно взял нового митрополита за руку и «предал его епископам», знаменуя тем, что соизволение государя дает церкви первопрестольника. Подобное повторилось и при посвящении: государь громогласно «повелел» митрополиту «принять жезл пастырства и взойти на седалище старейшинства». Это был новый, невиданный до сих пор обряд, имевший тот ясный смысл, что поставление митрополита, а тем самым и всех духовных властей, исходит от воли государя.
   При таком настроении Ивана Васильевича, еретикам удобно было подделываться к нему и пользоваться его покровительством, уверяя, что все обвинения в ереси есть не что иное, как следствие изуверства духовных. Иван Васильевич давно уже не любил Геннадия; Иосифа Волоцкого он уважал, но когда последний начал докучать ему просьбами об отыскании и преследовании еретиков, государь и ему велел замолчать. Еретическое направление в особенности укрепилось тогда, когда государь охладел к своему сыну Василию и оказывал расположение к своей невестке и ее сыну. В это время Курицын вместе со своим братом Волком, назло ненавистному Геннадию, упросили государя послать в Юрьевский новгородский монастырь архимандритом своего единомышленника Кассиана. В Новгороде, благодаря Геннадию, ереси совершенно было замолкли: теперь, после прибытия Кассиана, Юрьев монастырь сделался средоточием всякого рода отступников от церкви. Там происходили еретические совещания и совершались поругания над священными предметами, и Геннадий не в силах был преследовать их. Московские еретики, а вместе с ними и бояре Патрикеевы, благоприятели Елены и ее сына, подстрекали великого князя присвоить себе церковное имущество, что было очень по душе Ивану Васильевичу, и государь начал с имений новгородского владыки: он отнял у Геннадия часть архиепископских земель и отдал своим детям боярским.