Видя, что царь не внял увещеваниям с глазу на глаз, св. Филипп, согласно апостольскому совету, решился публично обличить Иоанна. Митрополит не мог не понимать, чем это чревато для него лично, но долг и совесть архипастыря побуждали его действовать именно так. В одно из воскресений Великого Поста (22 марта 1568 г.) митрополит обратился к царю, пришедшему на богослужение в Успенский собор Кремля. Филипп выступил с речью, в которой были такие слова: «Ты облечен самым высоким саном от Бога и должен чтить Его более всего. Тебе дан скипетр власти земной, чтобы ты соблюдал правду в людях и царствовал над ними по закону: правда — самое драгоценное сокровище для того, кто стяжал ее. По естеству ты подобен всякому человеку, а по власти подобен Богу — как смертный, не превозносись, а как образ Божий, не увлекайся гневом. От века не слыхано, чтобы благочестивые цари волновали свою державу, и при твоих предках не бывало того, что ты творишь, у самих язычников не случалось ничего такого…» Филипп советовал царю прогнать от себя лжецов и льстецов, а приблизить людей достойных. Но реакция Иоанна на речь митрополита, как и следовало ожидать, была гневной. Однако царь пока еще не смел тронуть Первосвятителя.
   В то же время недоброжелатели св. Филиппа поняли, что избранная Филиппом линия неуклонно приведет митрополита к падению. Желая скорее погубить его и одновременно угодить Иоанну, недруги Филиппа стали злоумышлять против него. Печально, но среди этих лиц оказалось несколько архиереев, которые сначала из угождения царю избрали Филиппа на митрополию, а теперь, видя перемену в отношениях государя и Первоиерарха, старались избавиться от неудобного для них митрополита-праведника. Это были: архиепископ Новгородский Пимен, мечтавший занять место Филиппа, епископ Суздальский Пафнутий, епископ Рязанский Филофей. К ним примкнул и духовник царя — Благовещенский протопоп Евстафий, обиженный на митрополита, который запретил его в служении за недостойное поведение.
   Через некоторое время Иоанн в сопровождении опричников вновь пришел на митрополичье богослужение в Успенский собор — царь и его присные были в традиционном черном одеянии опричников, пародировавшем монашеские одежды. Царь трижды просил у митрополита благословения, но Филипп не отвечал. Когда же сопровождавшие Иоанна лица обратили внимание Первосвятителя на то, что государь требует благословения, св. Филипп вновь произнес обличительную речь: «Царь благой, кому поревновал ты, приняв на себя такой вид и изменив свое благолепие? Убойся суда Божия: на других закон ты налагаешь, а сам нарушаешь его. У татар и язычников есть правда — в одной России нет ее; во всем мире можно встречать милосердие, а в России нет сострадания даже к невинным и правым. Здесь мы приносим Богу Бескровную Жертву за спасение мира, а за алтарем безвинно проливается кровь христианская. Ты сам просишь прощения во грехах своих пред Богом, прощай же и других, согрешающих пред тобою…» Филипп, продолжая обличать Иоанна, сказал, что готов принять мучительную смерть. после чего царь пришел в крайний гнев. Недруги Филиппа мгновенно сориентировались в ситуации: здесь же в соборе они подговорили некоего отрока — чтеца домового митрополичьего храма — выступить с обличениями Первосвятителя в содомии. Пимен Новгородский при этом лицемерно заметил: «Царя укоряет, а сам творит такие неистовства». На это Филипп ответствовал архиепископу: «Ты домогаешься восхитить чужой престол, но скоро лишишься и своего». Филипп простил оклеветавшего его отрока, и тот отказался от своих слов. Попытка опорочить святителя не удалась, и тогда по приказу царя были арестованы наиболее приближенные к митрополиту лица, от которых под пыткой стали домогаться сведений, порочащих Филиппа. Однако никто из митрополичьих служителей не оклеветал Первосвятителя.
   Затем последовала еще одна публичная стычка царя с митрополитом. Она произошла 28 июля 1568 г. во время праздничного богослужения в Новодевичьем монастыре, куда царь прибыл вместе с своими опричниками. Филипп совершал после литургии крестный ход. Перед чтением Евангелия, преподавая «Мир всем!», он увидел, что один из опричников стоит в тафье. Филипп сказал на это царю, что Писание подобает слушать с непокрытой головой. Однако, когда Грозный обернулся, чтобы увидеть, о ком идет речь, опричник успел снять головной убор. Тут же царю стали нашептывать о том, что Филипп умышленно лжет, дабы досадить государю. Взбешенный Иоанн поносил Филиппа как мятежника и злодея.
   После этого эпизода Первосвятитель покинул митрополичий двор в Кремле и перебрался в монастырь Николы Старого в Китай-городе. Полный разрыв между царем и митрополитом стал очевидным. Иоанн окончательно укрепился в намерении низложить Филиппа с митрополичьего престола. Однако он не стал сводить его с митрополии сразу. Едва ли причина этого была в том, что царь всерьез оглядывался на мнение народа и хотел сначала убедить всех в том, что Филипп — не праведник, но грешник и преступник. Скорее всего Иоанн, верный своей болезненной привычке к лицедейству, вновь хотел обставить расправу, как очередной глумливый спектакль. Чтобы найти повод к расправе, царь (вероятно, уже в конце зимы 1568 г.) направил специальную комиссию на Соловки, чтобы расследовать на месте обстоятельства жизни бывшего игумена — в Москве все бытие митрополита протекало настолько на виду у всех, что нельзя было найти ничего предосудительного, тем более после неуклюжей первой попытки оклеветать Филиппа. Комиссия состояла из послушных наперсников царя — в нее входили князь Василий Темкин, архимандрит Спасо-Андроникова монастыря Феодосий и др. Во главе ее царь поставил ярого врага святителя Филиппа — Суздальского епископа Пафнутия. Увы, среди соловецкой братии нашлось несколько клеветников, которых разными посулами и угрозами удалось вовлечь в интригу против митрополита. Преемник Филиппа — игумен Паисий, которому обещали епископский сан, также дал показания против Первосвятителя, бывшего его духовным наставником.
   Незадолго до суда над святителем Филиппом Иоанн казнил вместе с Федоровым-Челядниным и рядом других видных бояр также и окольничего М.Колычева и троих его сыновей — родственников митрополита. Голову окольничего царь велел зашить в мешок и прислать святителю в Никольский монастырь. Эта расправа должна была устрашить Филиппа накануне задуманного судилища над ним. Однако, как повествует житие, Филипп с любовью облобызал главу убиенного сродника и передал ее обратно опричнику, принесшему царев «подарок», оставаясь по-прежнему невозмутимым. Святитель прекрасно понимал, что его ждет и, сделав свой нравственный выбор, смиренно ожидал мученического конца.
   После возвращения комиссии в Москву, куда с Соловков были привезены Паисий и 10 других монахов-клеветников, состоялся собор, на котором над митрополитом был учинен суд. В нем помимо архиереев принимали участие и члены Боярской думы. Приговор собора явился позором для русского епископата той поры — все без исключения архиереи, присутствовавшие на соборе, безропотно согласились с заранее вынесенным по указке царя приговором о низложении праведного митрополита. Несмотря на очевидную нелепость обвинений в безнравственности и волховании, которые инкриминировались Филиппу, ни одни иерарх не дерзнул вступиться за оклеветанного святителя. Страх перед жестоким царем заставил епископов забыть о своей архиерейской совести и запятнать себя грехом соучастия в расправе над невинным.
   Еще до вынесения окончательного приговора св. Филипп, полагая, что главная цель суда — его низложение, хотел прервать недостойный спектакль, объявив, что слагает с себя сан. Однако царю этого было недостаточно — он уже придумал сценарий, который должен был надолго запомниться всем и отбить у запуганных преемников митрополита охоту выступать против Опричнины и вообще перечить государю. Иоанн велел святителю совершить богослужение в Успенском соборе 8 ноября — в день св. архистратига Михаила. Едва лишь собрался народ, и митрополит начал богослужение, как в храм ворвались опричники во главе с А. Басмановым и Малютой Скуратовым. Басманов зачитал приговор суда, которым Филипп признавался виновным в «скаредных делах» и объявлялся низложенным. После этого Малюта сорвал с Первоиерарха святительские облачения. С оскорблениями и поруганием опричники бросили митрополита в простые сани и отвезли в «злосмрадную хлевину» — темницу в Богоявленском монастыре. Имеются свидетельства о том, что опричники предлагали казнить Филиппа через сожжение, но принявшие участие в неправедном суде архиереи все же убоялись дойти до такой крайности и упросили царя заменить казнь вечным заточением. Св. Филипп был отправлен отбывать его в тверском Отроче монастыре.
   Уже через неделю после низложения св. Филиппа преемником ему был избран по указанию царя игумен Троице-Сергиева монастыря Кирилл. Митрополит Кирилл уже не решался вслух обличать царя и исправно молчал, несмотря на то, что в период его пребывания на митрополичьем престоле опричный террор в стране достиг невиданного прежде масштаба. Царь Иоанн казнил уже не отдельных подданных, не семьи, а подвергал разорению и казням целые города. Истребляя свою собственную страну, обезумевший от подозрений царь опустошил Коломну, Клин, Тверь, Вышний Волочок, Торжок и, наконец, Великий Новгород. Возможно, что и в этот раз причиной вспышки террора и репрессий стало обострение психическогой болезни царя под влиянием новых тягостных для него известий.
   Прежде всего, на Грозного произвело сильное впечатление сообщение о перевороте в Швеции. Ранее там королевский престол занимал король Эрик XIV — тиран и безумец, который также погрузил свою страну в атмосферу террора и казней. Эрик был до крайности сходен с Иоанном тем, что также чрезвычайно опасался заговоров и даже просил у русского царя убежища, не на шутку решившись бежать из Швеции в Россию. Быть может, именно эти просьбы Эрика о предоставлении ему военной помощи или убежища в России позднее подвигли Иоанна Грозного на то, чтобы обратиться со сходной просьбой к английской королеве Елизавете Тюдор. В конце концов Эрик XIV был свергнут своими братьями и заточен, что было воспринято мнительным Иоанном как еще один повод для опасений и за свою дальнейшую судьбу. Вероятно, окончательно царя подкосил другой удар — в сентябре 1569 г. скончалась Мария Темрюковна, и он опять оказался вдовцом. Грозный считал, что и вторая его супруга стала жертвой бояр-отравителей. Пережитые волнения вновь взвинтили Иоанна до крайности, возбудив в нем еще большие подозрения и стремление предварить возможные удары со стороны врагов, действительных и мнимых. Прежде всего он решает окончательно расправиться со Старицкими. Уже через месяц после смерти царицы Иоанн умертвил князя Владимира Андреевича, его жену и даже 9-летнюю дочь. Вскоре участь сына разделила и старая княгиня Евфросинья Старицкая, ранее постриженная в монахини — ее уморили вместе с несколькими близкими к ней инокинями. Затем последовали казни и множества иных лиц, якобы причастных к заговору Старицких.
   Результатом новой вспышки Иоанновой подозрительности стал опустошительный поход опричников на Новгород. Поводом для него послужил донос на новгородцев, будто бы вновь умысливших податься под власть Польско-Литовского короля. Подобные слухи, разумеется, не имели под собой никакой почвы — Новгород давно и прочно был привязан к Москве, от былого сепаратизма здесь не осталось и следа, да и сами новгородцы со времен Иоанна III почти все были московскими переселенцами. А более послушного — до раболепства — слуги, нежели Новгородский архиепископ Пимен, среди всего русского духовенства у Иоанна, пожалуй, не было. Тем не менее, царь поверил в новгородскую измену и жаждал наказать жителей города. Опричники, выслуживаясь, потакали подозрительности Иоанна, распаляли его мнительность, имея к тому же умысел поживиться за счет этой карательной акции. Есть данные о том, что уверенность Иоанна в новгородской измене укрепилась благодаря сфабрикованной в Польше подложной грамоте, составленной якобы от лица новгородцев, просившихся в подданство короля Сигизмунда II Августа.
   Опричное воинство царя Иоанна выступило в поход на исходе 1569 г. Весь путь до Новгорода был сплошной чередой погромов и казней — опричники уничтожали на своем пути все города, селения и их жителей. Смысл этого кровопролития был в том, чтобы ни одна живая душа не успела предупредить новгородцев о приближении карателей. Была разгромлена и лежавшая на пути опричников Тверь. Здесь царь и его воинство остановились в Отроче монастыре, где уже около года находился в заточении св. Филипп (Колычев). Иоанн послал к низложенному митрополиту Малюту Скуратова за благословением на новгородский поход. Трудно понять, на что рассчитывал Грозный. Вероятно, пребывавший в мятежном состоянии духа царь хотел заручиться в этом предприятии поддержкой Филиппа потому, что теперь Иоанн подозревал в измене архиепископа Пимена — одного из главных врагов Филиппа. Однако низложенный Первосвятитель, разумеется, не стал сводить счеты с Пименом, но вновь обличал опричный произвол. Тогда Малюта задушил святителя подушкой. Выйдя от Филиппа, Скуратов объявил, что бывший митрополит умер от «неуставного келейного зноя». В тот же день — 23 декабря 1569 г. — тело Филиппа было поспешно погребено. Святитель Филипп был прославлен как священномученик в 1591 г., уже при сыне Грозного Феодоре Иоанновиче, который этой канонизацией стремился искупить грех отца. Мощи святителя Филиппа, перенесенные при святом патриархе Иове из Отроча монастыря на Соловки, были в 1652 г. привезены оттуда в Москву будущим патриархом Никоном и положены в Успенском соборе Кремля, откуда святителя некогда с бесчестьем изгнали опричники. Величайшее значение подвига святителя Филиппа заключается прежде всего в том, что он не убоялся обличать бесчеловечность, нечестие и деспотизм, преподносившиеся под видом православной монархии, тогда, когда вокруг царило всеобщее молчание. Митрополит Филипп не побоялся отдать за правду Христову и свою жизнь, и свое доброе имя.
   Святитель Филипп стал отнюдь не единственной жертвой Иоанна Грозного среди духовенства. Во время карательных рейдов опричников погибло множество приходских священников, игуменов и монахов. Убиенных было столь много, что нередко Синодик опальных сообщает о них не поименно, а приводит лишь общее число погибших при совершении той или иной карательной акции. Особенно жестокому разгрому подвергся в январе-феврале 1570 г. Великий Новгород. Население древнего города, который не был разорен даже в страшные годы Батыева нашествия, теперь было почти наполовину истреблено своим же собственным государем. Террор в Новгороде был неслыханным по масштабу. При этом царь не только не пощадил новгородское духовенство, но начал расправу именно с него. Архиепископ Пимен, недавно оклеветавший и погубивший св. Филиппа, теперь должен был испить ту же чашу. Владыка был взят под стражу как изменник (безусловно, при всех своих отвратительных чертах он таковым не был) прямо на пиру, который архиепископ Новгородский давал в честь царя после литургии в Софийском соборе. Пимен по приказу царя был подвергнут публичному поруганию — его нарядили скоморохом и, посадив задом наперед на кобылу, отправили в Александрову Слободу. После расправы над архиепископом было казнено множество владычних бояр, дворян и слуг, обвиненных в заговоре. Были разграблены не только архиепископские казна и двор, но и сам Софийский собор, из которого опричники вывезли утварь, иконы и даже старинные медные врата (они доныне находятся в Троицком храме бывшей опричной столицы — Александровой Слободы).
   Сообщения современников о зверствах, творимых опричниками во время новгородского погрома, леденят кровь. Палачи Грозного топили в водах Волхова даже женщин с грудными младенцами, а разъезжавшие в полыньях на лодках подручные добивали всплывавших топорами и рогатинами. Число казненных новгородских «изменников» исчислялось тысячами (по некоторым оценкам — около 40 тыс.). Опричники ограбили все новгородские монастыри. Несколько сот новгородских игуменов, соборных старцев, иноков и священников было поставлено на правеж. Священнослужителей ежедневно пытали, требуя от них выплаты астрономических сумм в опричную казну: архимандриты должны были внести по 2 тыс. рублей, игумены — по тысяче, простые приходские попы платили по 40 рублей с человека. Многие из клириков при правеже были забиты до смерти. В последние дни погрома Новгорода Иоанн расправился с купцами и простыми жителями. Опричники разгромили посад, уничтожив большую часть городских построек. Ценные товары с купеческих складов были конфискованы, а то, что было трудно увезти — сожжено. Напоследок Иоанн решил кардинально решить вопрос с бродяжничеством. Поскольку по причине морозной и голодной зимы в городе скопилось множество бедноты, царь велел выгнать за пределы Новгорода всех нищих. Большинство их погибло от голода и сильных морозов. Вероятно, имели место случаи каннибализма, так как затем царь обвинил оставшихся в живых бродяг в людоедстве и велел утопить их в водах Волхова.
   Участь Новгорода разделили и другие города Новгородского края: Ладога, Ивангород, Орешек, Корела, а также села и деревни, монастыри и поместья северо-западного края. Никто не смел противиться безумной воле самодержца. Запуганное и затерроризированное духовенство после смерти св. Филиппа надолго замолчало и не решалось обличать Опричнину. В это страшное время свой голос в защиту невинно страждущего от своего царя народа могли возвысить лишь юродивые. Не случайно, именно эта эпоха — II половина XVI в. — дала небывалое доселе количество блаженных. Это время, когда подвизались свв. Василий Блаженный, Иоанн Большой Колпак, Николай Салос и множество иных Христа ради юродивых. Подвиг юродства становится единственным в условиях того времени способом уйти из не умещавшегося в православном сознании кровавого кошмара, в который превратил христианскую монархию царь Иоанн IV. Юродство было единственно возможной формой обличения опричного произвола. И царь Иоанн Грозный, сотнями истреблявший священников и монахов, не убоявшийся поднять руку даже на святого митрополита, не смел казнить юродивых, которые обвиняли его. Так, например, царь не решился тронуть псковского юродивого — святого Николая Салоса, обличившего Иоанна, когда государь намеревался учинить в Пскове такой же погром, как в Новгороде. Встречая царя, Николай предложил ему кусок сырого мяса. Когда Иоанн в ответ заметил ему, что идет Великий Пост, юродивый спросил его, можно ли в Пост пить кровь человеческую? После этого устрашенный царь не дерзнул учинить во Пскове такой же тотальный погром, как в Новгороде. Правда, несколько десятков псковичей все же было убито, а монастыри и храмы ограблены. Царь Иоанн собственноручно убил преподобного Корнилия, игумена Псково-Печерского монастыря и еще нескольких иноков этой обители, так как не мог простить им близости к князю Андрею Курбскому.
   По возвращении царя в Москву в столице также прошла серия новых казней. В том числе были зверски казнены казначей Никита Фуников и знаменитый дьяк Иван Висковатый. На соборе по указке царя русские епископы во главе с митрополитом Кириллом вновь столь же послушно, как и ранее в истории со святым Филиппом, постановили лишить сана врагов убиенного святителя — архиепископа Новгородского Пимена и епископа Рязанского Филофея. Пимен был сослан в Никольский Веневский монастырь, где через год скончался — сбылось пророчество св. Филиппа.
   К учиненным царем погромам скоро добавилась еще одна беда. Пока русские войска воевали в Ливонии, на ослабевшую от войны и опричного террора страну решил напасть крымский хан Девлет-Гирей. Объявив джихад русским, хан в 1571 году вторгся в пределы Московского государства. Первоначально он не имел намерения идти на Москву, но перебежчики донесли ему, сколь разорена Русь своим собственным монархом, который уже и не живет в Белокаменной. Тогда Гирей пошел на Москву, уничтожая города и села, грабя, истребляя и пленяя их жителей. Характерно, что в эту войну как никогда много перебежчиков переметнулось к крымчакам от отчаяния, вызванного опричным террором. Позднее, в Смутное время, в сознании многих русских сработает сходный психологический комплекс, и они станут на сторону самозванцев и интервентов. Девлет-Гирей совершил обманный маневр и вышел в тыл русским. Иоанн пришел в состояние паники и покинул свое войско. Царь убежал в Ростов, надеясь оттуда в случае дальнейшей опасности идти на Вологду. Русское войско отступило в Москву, но татары преследовали его по пятам. 24 мая 1571 г. татары, грабившие окрестности столицы, подожгли московские окраины. В короткий срок огонь распространился на Земляной город, Китай-город и Кремль. Москва выгорела дотла. Пожар бушевал с такой силой, что татары даже не смогли овладеть Москвой и разграбить ее. Большая часть жителей города и воинов погибли в пожаре. На следующий день татары отступили от сожженной Москвы.
   Набег Девлет-Гирея причинил Московскому государству огромные бедствия — его южная часть была почти полностью уничтожена: татары сожгли здесь 36 городов, истребили и увели в плен десятки тысяч жителей. Это было как будто предупреждение Иоанну свыше. Но царь не внял. Опять началось прежнее — поиски виновных (царь прежде всего обвинил воевод, забыв, что сам бросил войско и столицу на произвол судьбы) и расследование мнимых заговоров. Маниакально подозрительный царь готов был обвинить в измене даже своего наследника — царевича Иоанна. Вновь последовали изощренные казни множества людей. Россия в это время настолько ослабела от Ливонской войны, Опричнины, крымского разорения, голода и чумы, что Иоанн Грозный на переговорах с крымчаками готов был уступить им Астрахань (Гирей требовал при этом и Казань). Тем не менее, на фоне всех этих ужасающих бедствий царь вознамерился в третий раз жениться. После долгих и масштабных смотрин он избрал себе в супруги 16-летнюю Марфу Собакину, родственницу Малюты, который и указал на нее царю. Однако Марфа скончалась почти сразу после свадьбы.
   В 1572 г. Девлет-Гирей, стремившийся вновь установить татарское иго над Россией, опять пошел войной на Московское государство. Однако в кровопролитном сражении близ подмосковного села Молоди татарское войско было разбито благодаря искусным действиям полководцев князей Воротынского и Хворостинина. Царь Иоанн и на этот раз отсиделся вдали от военных действий — в недавно разоренном им Новгороде. Невзирая на новые испытания, постигшие страну, Иоанн снова занят исключительно собой. Он решает еще раз жениться. Однако проблема заключается в том, что четвертый брак в соответствии с канонами Православной Церкви невозможен. Но абсолютно уверовавший в свою безнаказанность и вседозволенность Иоанн 1V этим нимало не смущается. Митрополит Кирилл, скончавшийся 8 февраля 1572 г., был избавлен от тяжелой необходимости выбирать между долгом архипастыря и страхом слуги перед царевым гневом. Однако возможно, что Иоанн успел завести с ним речь о четвертом браке и получить не тот ответ, которого ожидал. Быть может, именно этим объясняется то странное обстоятельство, что почившего митрополита похоронили не в Успенском соборе, рядом с гробами других Предстоятелей Русской Церкви, а отвели для его погребения скромный Новинский монастырь на окраине Москвы.
   Когда в Москву съехались архиереи для избрания нового митрополита, Иоанн призвал их к себе и просил их простить и разрешить его за противный канонам четвертый брак, на который он уже вполне самовольно решился. Грозный избрал в супруги Анну Колтовскую. Иерархи не посмели отказать в том царю, застращавшему своими казнями всю Россию. Однако покаянный тон царя все же воодушевил епископов наложить на самодержца 3-летнюю епитимью. В первый год царь, которого приравняли к оглашенным древней Церкви, не должен был входить в храм (по этой причине Иоанн велел сделать пристройку к Благовещенскому собору в Кремле, из которой в оконце наблюдал за богослужением). На второй год — на Пасху — царю разрешалось войти в храм, вкусить пасху и после этого стоять на богослужениях в храме, но с кающимися. После второй Пасхи, за которой царю уже давали вкусить антидор, он мог стоять в храме с верными, но не имел права причащаться. И лишь после третьей Пасхи Иоанн мог вновь приступать к Святым Тайнам. Правда, при этом делалась оговорка, которая давала Иоанну надежду на то, что епитимья не будет продолжительной: в случае войны с неверными царь освобождался от несения епитимьи, которую принимал в таком случае на себя Освященный собор (правда, непонятно, как архиереи могли понести такое прещение, как отлучение от Причастия). Епископы также сугубо оговаривали, что разрешение дается царю в виде исключения, и никто из простых смертных не должен дерзать совершить подобное же.