Во главе всего духовно-учебного управления в том же году была поставлена заменившая комитет комиссия духовных училищ из высших духовных и частью светских сановников (тех же, которые заседали и в комитете), составившая при Св. Синоде первое центральное учреждение для этой важной отрасли церковной администрации, так как до сих пор все духовное образование находилось в ведомстве одних епархиальных архиереев и даже их консисторий и, если не считать недолго существовавшей при Петре I (1721-1726) синодальной конторы школ и типографий, вовсе не имело общего высшего центра при Синоде. Окружными органами комиссии были сделаны духовные академии, для чего при них были учреждены ученые конференции, составленные из местных ученых лиц — профессоров каждой академии и посторонних из местного духовенства; конференциям этим предоставлены по их округам цензура духовных книг, производство в ученые степени и управление духовными школами чрез особое внешнее и окружное правление каждой академии. Ближайшее попечение о школах по-прежнему предоставлено было местным архиереям, но самим лично, без участия в нем консисторий. Новый капитал для содержания духовных школ и церковных причтов был создан комитетом, можно сказать, из ничего и без особого отягощения государства и народа. В основу его были положены: а) экономические суммы всех церквей (до 5600000 руб. ассигн.), которые назначено было поместить в банк для приращения, б) ежегодный свечной доход церквей (до 3  000 000 рублей), тоже назначенный к помещению в банке, и в) ежегодное пособие из казны в 1  353 000 руб. в течение только 6 лет. В эти 6 лет все означенные суммы, с приращениями в 5% и за исключением расходов по преобразованию академических учебных округов, по исчислению комитета, должны были составить капитал в 24949000 руб. ассигн. с доходом в 1  247450 руб., который вместе с ежегодным свечным доходом должен был давать Св. Синоду ежегодную сумму в 4  247 450. При внимательной экономии, сбережениях и новых пособиях от казны комитет надеялся довести эту сумму со временем до 8 1/2 миллионов, какая действительно требовалась на полное обеспечение как духовных школ, так и всех церковных причтов (от 300 до 1000 руб. на каждый). Но все эти грандиозные расчеты расстроились в самом непродолжительном времени частью вследствие утаек приходами экономических и свечных сумм, частью вследствие вскоре постигших Россию бедствий 1812 года, при нашествии Наполеона.
   Бедствия эти вместе с Россией разделяла и Православная Русская Церковь. Среди необычайного подъема религиозных и патриотических чувств при нашествии грозного врага, как будто снова воротилось то время нашей истории когда вера и церковь стояли на страже православной Руси и выручали ее из всех бед, выпадавших на ее долю. Архиереи и монастыри, как в старину, жертвовали на ее спасение свои многолетние сбережения. Из своего нового капитала Св. Синод пожертвовал 1 1/2 миллиона. Затем, когда вражеские полчища двунадесяти язык были уже сметены с лица земли Русской, по всему пути их нашествия осталась широкая полоса страшного опустошения; опустошена была и сама Москва с ее вековыми святынями. Как в ней, так и повсюду, где побывал неприятель, приходилось восстановлять множество храмов и монастырей и помогать разоренному духовенству. На удовлетворение этих нужд Св. Синод должен был отпустить из своих сумм еще 3 1/2миллиона. Было много и других пожертвований из новообразованного капитала. Все это, вместе с недоборами при самом его составлении, повело к тому, что в 1815 г., когда он должен был возрасти до 24 миллионов, он едва дорос до 15 — т. е. такой суммы, на проценты с которой можно было содержать только одни духовные школы. На пособие из казны было тоже нечего рассчитывать; во внимание к затруднительному ее положению после тяжелой войны комиссия духовных училищ в 1816 г. решилась отказаться от получения даже обещанной уже ей казенной суммы. После этого новый капитал получил значение исключительно капитала учебного; от выдачи из него окладов на причты пришлось отказаться, и эта часть проекта 1808 г. так и осталась без исполнения.
   События отечественной войны имели и другое весьма важное влияние на состояние церкви и высшего церковного управления. Страшные бедствия были для России горнилом очищения от ее недавних галломанских увлечений. В своем благодарственном молебствии о спасении от врагов она выразила горькое сознание: «О их же ревновахом наставлениях, сих имеяхом врагов буйных и зверонравных». И начался период реакции против либерального движения XVIII в. К несчастью нашего образованного общества, живя целое столетие чужим умом, оно совсем отстало от своей русской жизни, оттого и реакцию свою стало выражать в чужих же, иностранных формах: отставая от чужого, французского вольнодумства, оно обратилось за религией не к своему русскому православию, а к чужому же, протестантскому мистицизму разных методистов, квакеров, гернгутеров и т. п. западных сектантов и учителей. Настало время библейских обществ, стремившихся заменить руководство церкви непосредственным самопросвещением христианина по Библии и с помощью целой массы мистических книжек, распространявшихся по всей России. Во главе этого движения встал сам кн. Голицын, окруживший себя целым штатом библейцев (члены библейского общества — прим. ред.) и всевозможных мистиков. Поставив себе задачей распространение царствия Божия на земле, все эти деятели нового христианства стали действовать со всем обычным фанатизмом наших общественных увлечений и причинили церкви едва ли не более скорби, чем даже деятели XVIII в. С 1813 г. сменен был весь личный состав Св. Синода, кроме митр. Амвросия; — прежние члены оказались не соответствовавшими требованиям нового времени. И самому митрополиту стоило немалого труда удержаться на месте без нарушения своих архипастырских обязанностей. Самым дорогим его помощником и поддержкой в это время после Евгения (назначенного в 1808 г. на вологодскую кафедру) был Филарет Дроздов, новое яркое светило церкви.
   Он был сын небогатого коломенского дьякона (после — священника), родился в 1782 г., учился в коломенской и лаврской семинарии и по окончании курса остался в последней учителем; здесь его заметил, как отличного проповедника, митр. Платон и в 1808 г. склонил к принятию монашества. К величайшему огорчению престарелого святителя, молодой вития в следующем же году был отнят у него в наставники преобразованной петербургской академии. В Петербурге митр. Амвросий принял Филарета под свое особое покровительство и не ошибся, найдя в нем еще более дорогую для себя опору, чем бывший викарий Евгений. Не так встретил юного инока другой сильный член Синода, соперник Амвросия, Феофилакт, забравший тогда в свои руки и комиссию духовных училищ, и всю академию; он целый год не допускал Филарета до учительства, потом, когда Филарет сделался известен в столице своим проповедническим талантом, в 1811 г. за одну проповедь (на день Св. Троицы о дарах Св. Духа) чуть не обвинил его в пантеизме. Дело доходило до самого государя и кончилось Высочайшей наградой проповеднику и возведением его в сан архимандрита. В 1812 г. Филарет был определен ректором академии и получил возможность вытеснить из нее тяжелое и неприятное митрополиту преобладание Феофилакта. Вскоре после этого Феофилакт начал быстро терять свое значение. В 1813 г. он был уволен на епархию (в Рязань), а в 1817 г. почетным образом удален в Грузию экзархом, где и оставался до смерти. Самым видным членом в комиссии после него сделался Филарет, возведенный в 1814 г. на степень доктора богословия. При открытии нового религиозного движения молодой архимандрит радостно приветствовал его, находя в нем много доброго для веры и увлекательного для своего возвышенного богословского ума, и сделался деятельным членом библейского общества. Оттого он был в постоянно добрых отношениях и к Амвросию, и к кн. Голицыну, и долго служил между ними полезным связующим звеном, с одной стороны, служа поддержкой перед могущественным князем своего архипастыря, а с другой — силой своего богословского ума умеряя по возможности мистические увлечения Голицына. В 1817 г. он был рукоположен в сан епископа Ревельского — викария митрополита. Но это был уже последний год, до которого еще поддерживалось кое-какое согласие ревнителей мистицизма с церковной иерархией.
   Манифестом 24 октября 1817 г. было создано обширное двойное министерство духовных дел и народного просвещения с кн. Голицыным во главе, наполненное библейцами и мистиками. В первом из двух его департаментов — духовном — выражение современных воззрений на церковь доведено было до последней крайности: Св. Синод был поставлен в его ведомстве совершенно в таком же положении и значении, как евангелическая консистория, католическая коллегия, духовные управления армян, евреев и других иноверцев. В довершение всего Голицын передал свою обер-прокурорскую должность другому лицу, кн. Мещерскому, поставив его в прямое себе подчинение, так что обер-прокурор стал представлять в Синоде лицо не государя, а только министра. Долготерпение Амвросия наконец истощилось, и он высказался против министра. После этого он найден был не соответствовавшим своему посту и в марте 1818 г. уволен из Петербурга в Новгород с оставлением при одной Новгородской епархии. Через 2 месяца он скончался. На место его назначен черниговский архиепископ Михаил Десницкий, добрый и кроткий святитель, известный своим проповедничеством еще с того времени, как он служил священником (до 1796 г.) при московской церкви Иоанна Воина. Партия министра при назначении его немало, вероятно, рассчитывала на его несколько мистическое направление, но соблазн и гнет мистицизма так усилились, что в 1821 г. довели до столкновения с министром и этого кроткого митрополита. Он обратился к государю с убедительным посланием, умоляя его спасти церковь Божию «от слепотствующего министра». Письмо это поразило императора, тем более, что всего через 2 недели после его отправки митрополит скончался. С этого времени начался заметный поворот дел против Голицына, поддержанный между прочим другим сильным любимцем Александра, соперником Голицына, графом Аракчеевым. Митрополитом был назначен Серафим (Глаголевский)Московский, известный в кругу иерархов своим строго консервативным направлением. Он с самого же начала высказался против библейского общества и вступил с ним в борьбу.
   В качестве передового бойца в этой борьбе явился Юрьевский архимандрит Фотий Спасский, из недоучившихся студентов Петербургской академии, человек с сильной волей, пренебрегавший всякими страхами человеческими, успевший приобрести себе много поклонников в высшем обществе своим строгим аскетизмом, странным, полу юродивым поведением, и ни перед чем не стеснявшимся обличительным красноречием. Его почитал сам Аракчеев. Богатейшая графиня, благотворительница монастырей, особенно Юрьева, А. А. Орлова-Чесменскаябыла его благоговейной духовной дочерью и держалась в отношении к нему, как самая раболепная послушница. Борьба его против мистицизма началась еще раньше, когда он был законоучителем кадетского корпуса в Петербурге; в 1820 г. его удалили из Петербурга в настоятели Деревяницкого монастыря, где с ним и познакомился граф Аракчеев, посодействовавший его переводу в Юрьев монастырь. С 1822 г., вызванный в Петербург, он с успехом проповедовал против мистиков в разных петербургских гостиных, был у самого государя, заинтересовавшегося его личностью, и своей проповедью об опасностях, грозящих церкви, произвел на него сильное впечатление. Другим деятельным членом противоголицынской партии, которого прочили на место Голицына, был президент Российской академии адмирал Шишков, автор «Рассуждения о старом и новом слоге», горячий порицатель перевода Библии на «простонародное», как он выражался, наречие. Весной 1824 г., когда все было подготовлено к решительным действиям против министра, Фотий сделал на него открытое и грубое нападение в доме графини Орловой: встретив его здесь перед аналоем, на котором лежали крест, Евангелие и дароносица, ревнитель-архимандрит потребовал у него немедленного отречения от лживых пророков и покаяния во вреде, нанесенном церкви. Голицын убежал из дома взбешенный, а Фотий кричал ему вслед: «Анафема». После этого Фотий подал государю одно за другим два донесения, в которых резкими чертами описывал весь вред, угрожающий от мистицизма не только России, но и всем царствам земным, законам и религиям, и настаивал на немедленном свержении министра. Донесения эти поддержал на особой аудиенции и митрополит. Государь уступил, и Голицын был уволен как от председательства в библейском обществе, так и от министерства. Само библейское общество закрылось уже по кончине Александра при Николае I. Министром был сделан Шишков, но принял на себя управление делами одних инославных вероисповеданий; православная часть министерства снова передана была обер-прокурору Синода на прежних основаниях. Личный состав Синода снова изменился; голицынские члены его были уволены на епархии, а на место их вызваны новые, в том числе на место Филарета Евгений, тогда уже митрополит Киевский (с 1822 г.). Гонение против всего голицынского сильно задело Филарета. Шишков с Аракчеевым потребовали запрещения его катехизисов (полного и краткого) на том основании, что в них не только тексты Св. Писания, но даже «молитвы Верую и Отче наш и заповеди» переведены были на «простонародное наречие». Взволнованный этим нападением, московский святитель в письме к митр. Серафиму с силой указывал на то, что катехизисы его были торжественно признаны самим Синодом, и что такое нападение на их достоинство не призванных людей с сбивчивыми понятиями о церковных делах, которые символ веры называют молитвой, касается самого Синода и может потрясти иерархию. Но продажа и издание катехизисов были все-таки остановлены; новое издание их (уже с славянскими текстами) последовало в 1827 г.
    Св. Синод с царствования Николая I.
   Император Николай I отнесся к московскому святителю с большим уважением, и в день своей коронации (26 августа 1826 г.) возвел его в сан митрополита. После этого до 1842 г. Филарет постоянно лично участвовал в делах Св. Синода. Другими постоянными членами Синода, кроме Серафима, были киевские митрополиты Евгений и после него († 1837) Филарет Амфитеатров. Последний начал свою службу с учительства в родной севской семинарии (род. в 1779 г.), потом был ректором семинарий орловской, оренбургской и тобольской, инспектором преобразованной Петербургской академии, где в 1814 г. вместе с ректором Филаретом удостоен степени доктора богословия, затем ректором академии Московской, в 1819 г. рукоположен епископом в Калугу, потом последовательно святительствовал в епархиях Рязанской, Казанской, Ярославской и Киевской; это был святитель-подвижник, не столько ученый, сколько непоколебимый в православии, и строго консервативного направления во всех церковных делах. Все синодальные дела велись главным образом этими членами. Первенствующий член митр. Серафим, по преклонности лет, работал не много. Всех членов, по штату 1819 г., было семь вместе с присутствующими по вызову из епархий. Устройство Св. Синода оставалось без существенных перемен до второй половины 1830-х годов, когда обер-прокурором сделался весьма памятный по синодальным реформам граф Н. А. Протасов(1836-1855). По вступлении в должность он остался недоволен канцелярской частью в устройстве Синода, которая до того времени устроена была действительно слабо и бедно. Вся она состояла только из двух небольших отделений с двумя обер-секретарями. Кроме них, нечто вроде особого отделения при Синоде составляла еще комиссия духовных училищ, состоявшая в большинстве из синодальных же членов. По инициативе графа, состав канцелярских отделений был расширен и преобразован по образцу канцелярий министерств; из них организованы были целые управления наподобие министерских департаментов, каждое с особым директором и несколькими обер-секретарями и секретарями: так появились две канцелярии — синодальная и обер-прокурорская, хозяйственное управление и заменившее (в 1839 г.) комиссию духовных училищ духовно-учебное управление. Последняя замена всеми уважаемой ученой коллегии канцелярским учреждением составляла самую неудачную часть Протасовской реформы, будучи неуместным проявлением современных увлечений графа канцелярским бюрократизмом. В общем своем составе реформа Протасова принесла синодальному управлению немало пользы, сообщив ему большую стройность и полноту, и сохранилась в главных своих чертах на долгие годы; но впечатление ее на духовное ведомство в свое время было вконец испорчено заносчивостью и властолюбием ее виновника, который старался воспользоваться ею, как средством к собственному преобладанию над членами Синода. Преобладание это чувствовалось особенно тяжело, когда властительный сановник вмешивался в чисто духовные дела, в решение которых, как человек полу-иезуитского воспитания, способен был, хотя, может быть, и бессознательно, вносить дух, чуждый православной церкви. Например, в конце 1830-х годов он, как прежде Шишков, поднял дело об исправлении катехизиса Филарета, в котором усмотрел якобы протестантский оттенок в понятии о церковном предании, в отсутствии помещенного в «Православном Исповедании» П. Могилы и заимствованного у католиков учения о 9 церковных заповедях и в изложении статьи о естественном богопознании из созерцания видимого мира; книгу П. Могилы он во всем предпочитал катехизису, ввел изучение ее во все семинарии и упорно настаивал на том, чтобы она зачем-то объявлена была «символической» книгой православной церкви. В 1839 г. катехизис, по определению Св. Синода, был дополнен и исправлен, но не по мыслям графа, а в том чисто православном виде, в каком существует доселе: например, вместо учения о церковных заповедях в него вставлено было учение о блаженствах Евангельских. В 1840-х годах граф поднял новое дело о русском переводе нашей славянской Библии, причем проводил католическую мысль о том, что народу не следует давать свободного доступа к чтению Свящ. Писания, кроме того, входил в Синод с предложением объявить славянский перевод Свящ. Писания единственно достоверным и каноническим для Русской церкви, таким же, каким латинская церковь признает свою Вульгату. Мудрая осторожность и твердость митрополита московского избавила Русскую церковь от таких вредных определений. Но в 1842 г. оба Филарета, более всех мешавшие графу Протасову, были удалены из Св. Синода на свои епархии.
   По удалении на епархию Филарет киевский уже не принимал участия в делах высшего церковного управления; он скончался в 1857 г., лет за 10 до кончины приняв тайно схиму с именем Феодосия. Но митр. Филарет московский и в удалении от Петербурга, не выезжая из своей епархии, продолжал оставаться, можно сказать, главным средоточием всей русской церковной жизни. Искушенный тяжкими испытаниями, он сделался мудрым и надежным руководителем почти всех русских иерархов его времени. Каждый из них при всяком удобном случае считал полезнейшим своим долгом посетить его в Москве, чтобы воспользоваться его опытными указаниями и советами в трудных делах, а в случае невозможности личного с ним общения испросить у него руководительных назиданий письменно. Его суждения в церковных делах имели решающее значение; к мнениям его невольно прислушивался и сам граф Протасов. С 1850-х годов его руководительно административное значение проявлялось в изумительно широких размерах, которые не ограничивались пределами одного церковного ведомства, а захватывали чуть не всю русскую жизнь. При взгляде на многотомное издание его писем, мнений и отзывов по самым разнородным делам становится даже непонятным, когда этот крепкий и многосторонний ум успевал все это обдумывать. К нему, как к последней инстанции, для решения всяких недоумений обращались с вопросами и Св. Синод, и разные государственные ведомства, и сама верховная власть. В тревожное время разнообразных реформ 1860-х годов осторожная и осмотрительная консервативность московского святителя спасала русскую жизнь от многих лишних увлечений преобразовательного движения и оказала услуги, которые еще трудно пока и оценить. Знаменитый святитель скончался 19 ноября 1867 г.
   Из последних перемен в устройстве Св. Синода замечательны: учреждение при нем в 1867 г. контрольного отделения, учреждение в том же году вместо духовно-учебного управления, нового средоточия для духовно-учебного ведомства — учебного комитета, вроде прежней комиссии духовных училищ, в 1872 г. издание для синодальных учреждения новых штатов и, наконец, в 1885 г. учреждение училищного совета для заведования церковноприходскими школами.
    Перемены в епархиальном управлении.
   В епархиальном управлении за описываемое время прежде всего обращают на себя внимание перемены в числе епархий. При открытии Синода было 18 епархий и 2 викариатства. Потом с переделами губерний это число постепенно увеличивалось. При имп. Елизавете оно увеличилось открытием епархий Московской и Петербургской и через выделение из бывшей патриаршей области нескольких новых епархий, и к 1764 г. дошло до 29. После Екатерининского Учреждения для управления губерний (1775 г.) и новых приобретениях России по польским разделам к началу XIX в. всех епархий, кроме грузинских, стало 36. В XIX столетии при имп. Николае I, число это еще увеличилось, и дошло в настоящее время до 65 с несколькими викариатствами. Старинные степени епархий по старшинству со времени Петра I потеряли значение. После отмены патриаршества он перестал жаловать архиереев титулом митрополита, отбирал иногда этот титул и у старых митрополитов (Сильвестра Нижегородского, Игнатия Крутицкого), белый клобук заменял черным, а митрополичий саккос усвоил всем архиереям без различия. Новые митрополиты начинают появляться только при имп. Елизавете. По Екатерининским штатам епархии опять разделены были по степеням на три класса и архиереям первых двух классов усвоен титул архиепископов; но потом три епархии I класса стали управляться и управляются митрополитами. С 1867 г. классы епархий снова были отменены и титулы архиереев обращены в их личное преимущество, без отношения к достоинству епархий. Замещение архиерейских вакансий постоянно производилось по избранию Св. Синода, который представлял избранных кандидатов (в XVIII в. двоих, а с 1822 г. троих) на высочайшее усмотрение для окончательного избрания и утверждения одного из них к поставлению.
    Органы епархиального управления.
   Долгое время они оставались прежние. Коллегиальная форма, которая придана была Петром высшему церковному управлению, в епархиальное управление была перенесена только с 1744 г, когда вместо архиерейских приказов в епархиях велено было учредить консистории, существовавшие раньше только в южнорусских епархиях. С этого же времени коллегиальные учреждения стали заводиться и в епархиальных округах под именем духовных правлений (с 1840 года правления эти стали постепенно упраздняться и теперь упразднены почти все). Прежние поповские старосты оставались в епархиях до отмены в 1764 г. архиерейских сборов с духовенства, сохраняя постоянно одно финансовое значение и выборный характер. Благочиннические обязанности со времени Петра стали поручаться особым лицам, уже не выборным, а определяемым на должность самими архиереями — заказчикам. При Елизавете они получили название благочинных. В 1775 г. Платон Московский написал для них инструкцию. С конца XVIII столетия появилась новая должность благочинных над монастырями из почетнейших настоятелей монастырей. В личном составе епархиального управления до Екатерины II, как и в составе высшего управления, обращает на себя внимание преобладание малороссов, которые при архиереях из малороссов завладевали обыкновенно всеми епархиальными должностями, к великому неудовольствию местного духовенства. Все эти пришлые начальства, гордясь своим образованием, обращались с местным духовенством пренебрежительно и сурово. Старая суровая система епархиальной администрации, основанная на страхе и проявлявшаяся в «жестоких» наказаниях за вины плетьми, киями, розгами, заключением в консисторские и монастырские тюрьмы, тяжелыми работами на архиерейских дворах, по монастырям и в духовных школах, при этих чужих начальствах казалась еще тяжелее. Жаловались на черкасцов и члены приходских причтов, и учителя по школам, и монастырские настоятели, так как от обычных мер тогдашнего начальственного «смирения» подчиненных никто не был свободен. При Екатерине II господство малороссов пало; кроме того, с учреждением штатов в 1764 г. духовенство было освобождено от старого архиерейского тягла, которое само по себе портило и огрубляло отношения начальствующих к подчиненным. С падением в епархиальной администрации тягловой системы и с занятием начальственных постов новыми, своими, а не пришлыми людьми, повсюду почувствовалось облегчение прежних тяжестей. В 1766 г. сам Св. Синод принял участие в смягчении административных нравов и издал указ об отмене по духовному ведомству телесных наказаний для всех священнослужителей и белого и черного духовенства. На архиерейских кафедрах все чаще стали появляться архиереи нового, гуманного типа, старавшиеся поднять духовенство из его принижения. Таков был святитель Тихон Воронежский (1763-1767), отменивший телесные наказания в своей епархии еще раньше синодского указа и требовавший от своих консистористов, чтобы они обращались с священнослужителями с уважением, подобающим священному сану; таковы же были знаменитые иерархи екатерининского века Гавриил и Платон. Платон старался внушать духовным лицам правила самоуважения и сановитости и сам говорил о себе, что застал свое духовенство в лаптях, но успел обуть его в сапоги и ввести в гостиные. Более успешному усовершенствованию епархиальной администрации долго мешало крайне бедное обеспечение ее органов материальными средствами. Нищенские оклады ее штатных служащих, начиная с секретарей консистории, и существование разных епархиальных должностей, остававшихся без вознаграждения, на целое столетие поддержали в ней старое зло административной продажности и поборов. Зло это стало ослабевать только с конца 1860-х годов, с увеличением консисторских окладов. С царствования Александра II, даровавшего широкую свободу самоуправления всем сословиям, весьма важное значение в епархиальной жизни получили повременные съезды духовенства для совещания по сословным и епархиальным делам, оказывающие благотворное влияние на все отрасли этой жизни, особенно со стороны изыскания для них материальных средств.