Страница:
В этой же традиции Дэнни Хиллис и Брайен Силверман лаборатории Искусственного интеллекта Массачусетского Технологического института построили специализированный механический компьютер, умеющий играть крестики-нолики. Длиной и шириной в несколько метров, полный вращающихся валов и подвижных рамок, который представляли состояние доски и стратегию игры, он сейчас стоит в Музее компьютеров в Бостоне. Он выглядит во многом подобно большой молекулярной модели из шариков и палочек, поскольку он построен из конструктора Тинкертой.
Медные механизмы и конструктор Тинкертой способствуют появлению больших, медленных компьютеров. Однако с компонентами шириной в несколько атомов, простой механический компьютер поместился бы в 1/100 кубического микрона, т. е. оказался бы во много миллиардов раз более компактным, чем сегодняшняя так называемая микроэлектроника. Даже с миллиардом байт памяти наномеханический компьютер мог бы поместиться в коробочку шириной один микрон, т. е. размером с бактерию. И был бы же он быстрым! Хотя механические сигналы движутся около 100 000 раз медленнее чем электрические сигналы в сегодняшних машинах, им бы требовалось проходить лишь 1/1 000 000 расстояния, поэтому задержка оказалась бы меньше. Поэтому простой механический компьютер будет работать быстрее чем супербыстрые электронные сегодня.
Электронные нанокомпьютеры вероятно будут в тысячи раз быстрее чем электронные микрокомпьютеры, возможно, в сотни тысяч раз быстрее, если схема, предложенная Нобелевским лауреатом, физиком Ричардом Фейнманом себя оправдает. Увеличенная скорость путём уменьшения размера – это старая история в электронике.
Ассемблеры помогут инженерам синтезировать вещи; их родственники, дизассемблеры, помогут ученым, и инженерам анализировать вещи. Что касается ассемблеров, они опираются на способность ферментов и химических реакций формировать связи, и способность машин управлять процессом. Дизассемблеры же опираются на способность ферментов и химических реакций разрушать связи, и машин – управлять процессом. Ферменты, кислоты, окислители, металлы, щелочи, ионы и реагирующие группы атомов, называемых свободными радикалы – все могут разрушать связи и удалять группы атомов. Поскольку нет ничего, что было бы абсолютно невосприимчивым к коррозии, по-видимому, молекулярные инструменты будут способны что-либо разбирать, по нескольким атомам за раз. Что более существенно, наномашина могла бы (в случае необходимости и подходящего случая) также применять и механические силы, в результате освобождая группы атомов.
Наномашина, способная это делать, записывая, что она удаляет слой за слоем, – это дизассемблер. Ассемблеры, дизассемблеры, и нанокомпьютеры будут работать вместе. Например, нанокомпьютерная система будет способна направить разборку объекта, записать его структуру, и потом управлять сборкой идеальной копии. И всё это – ещё только некоторые намёки реальной мощи нанотехнологии.
Чтобы иметь хоть какую-то надежду понять наше будущее, мы должны понять последствия ассемблеров, дизассемблеров, и нанокомпьютеров. Они обещают влечь изменения, столь же глубокие, как индустриальная революция, антибиотики, и ядерные оружие, соединённые в один огромный прорыв. Чтобы понять будущее таких глубоких изменений, имеет смысл поискать принципы изменения, которые пережили величайшие изменения прошлого. Они окажутся полезным руководством.
Глава 2. ПРИНЦИПЫ ИЗМЕНЕНИЙ
МОЛЕКУЛЯРНЫЕ АССЕМБЛЕРЫ сделают такую революцию, какой не было со времён появления рибосом, примитивных ассемблеров в клетке. Получающаяся в результате нанотехнология может помочь распространению жизни вне Земли – шаг, не имеющий аналогов, начиная с распространения жизни вне морей. Это может помочь машинам обрести разум – шаг, не имеющий параллелей, с тех пор как разум появился в приматах. И это может позволять нашим умам обновлять и переделывать наши тела – шаг вообще не имеющий аналогов.
Эти революции принесут опасности и возможности, слишком обширные, чтобы их могло вместить человеческое воображение. Все же принципы изменения, которые выполнялись для молекул, клеток, животных, разума, и машинам, должны продолжать деятельность даже в век биотехнологии, наномашин и искусственного разума. Те же самые принципы, которые приложимы в море, на земле и в воздухе, должны сохраняться, когда мы будем распространять жизнь Земли к звездам. Понимание сохраняющихся принципов изменения поможет нам понять потенциал для хорошего и плохого в новых технологиях.
Этот процесс не включает ни волшебство, ни какие-то специальные свойства молекул и квантово-механических сил. Это даже не требует специальных соответствующих друг другу форм, которые позволяют молекулам белка самостоятельно собираться в машины. Если положить мраморные шарики одинакового размера на поднос и встряхнуть, также выпадают в правильные рисунки.
Кристаллы растут путём проб и удалением ошибок, путём варьирования и селекции. Никакие крошечные руки их не собирают. Кристалл может начинаться со случая молекул, собирающихся в группу: молекулы блуждают, сталкиваются, и собираются в группы случайным образом, но группа держится вместе лучше всего когда она упакована в правильную кристаллическую структуру. Далее в первоначальный маленький кристалл ударяются другие молекулы. Некоторые тыкаются в неправильные места или с неправильной ориентацией; они плохо прилипают и от колебаний вновь отваливаются. Другие по случаю попадают нужным образом; они лучше прилипают и часто остаются. Слой строится на слое, расширяя кристаллическую структуру. Хотя молекулы сталкиваются случайным образом, они не прилипают случайно. Порядок растёт из хаоса путём варьирования и селекции.
В клетках нити ДНК или РНК также могут служить в качестве шаблонов при помощи ферментов, которые действуют как молекулярные копировальные машины. Но элементы, из которых строятся нити нуклеиновых кислот, могут быть устроены во многих различных последовательностях, и нить шаблона может отделиться от копии. И нить, и её копия могут далее снова быть скопированы. Биохимик Сол Спиджельман использовал копировальные машины (белки из вируса) для экспериментов в испытательной пробирке. Говоря просто, безжизненная среда дуплицирует молекулы РНК.
Представьте себе нить РНК, плавающую в испытательной пробирке вместе с копировальными машинами и элементами РНК. Нить кувыркается и изгибается, пока она не наталкивается на копировальную машину в правильном положении, чтобы слипнуться. Элементы толкутся вокруг, пока один нужного вида не встретит копировальную машину в правильном положении, которая соответствует нити шаблона. Как только соответствующие элементы ухитряются попасть в нужное положение, машина захватывает их и привязывает их к растущей копии; хотя элементы сталкиваются случайным образом, машина связывает выборочно. В конце концов машина, шаблон и копия разъединяются.
В терминологии зоолога Ричарда Давкинса из Оксфорда, объекты, которые делают копии себя, называются репликаторами. В этой окружающей среде молекулы РНК подходят под определение: единственная молекула скоро превращается в две, потом четыре, восемь, шестнадцать, тридцать две, и так далее, умножаясь экспоненциально. Далее скорость репликации снижается: постоянный запас белковых машин может производить копии только с какой-то скоростьюРНК, независимо от того, сколько молекул шаблона соперничают друг с другом для их услуг. Ещё позже сырья для созданияРНК молекулы становится недостаточно, и репликация задерживается вплоть до остановки. Быстро растущее число молекул достигает предела росту и останавливает репродуцирование.
Копировальные машины, однако, часто копируют неправильно нить РНК, вставляя, удаляя, или неправильно сопоставив элемент нити. Получающаяся в результате нить с мутациями тогда отличается по последовательности элементов или длине. Такие изменения довольно случайны, и изменения накапливаются по мере того как скопированные с ошибкой молекулы снова копируются с ошибкой. По мере того как молекулы размножаются, они начинают отличаться от своих предшественников и друг от друга. Это может выглядеть как рецепт, приводящий к хаосу.
Биохимики нашли, что различающиеся молекулы РНК копируются с разными скоростями, в зависимости от их длин и структуры элементов. Потомки более быстрых репликаторов естественно становятся более распространёнными. Действительно, если один вид копируется только на 10 процентов быстрее чем его собратья, то после одной сотни поколений, каждый из более быстрого вида даст в 1000 раз большее число потомков. Малые различия в экспоненциальном росте накапливаются экспоненциально.
Когда в испытательной пробирке заканчиваются элементы, экспериментатор может взять пробу его РНК и «заразить» новую пробирку. Процесс начинается снова и молекулы, которые доминировали в первом раунде соревнования начинаются с некоторой форой. Появляются маленькие изменения, по прошествии времени вырастая в большие. Некоторые молекулы размножаются быстрее, и их вид доминирует в смеси. Когда ресурсы исчерпываются, экспериментатор может взять пробу РНК и начать снова (и снова, и снова), сохраняя условия стабильными.
Этот эксперимент показывает естественный процесс: независимо от того, с какой последовательности РНК начинает экспериментатор, кажущийся хаос случайных ошибок и копирование с систематическими ошибками выдвигает вперёд один вид молекул РНК (плюс-минус некоторые ошибки копирования). Его типичная версия имеет известную, четкую последовательность 220 элементов. Это – лучший РНК репликатор в этой среде, так что он перенаселяет другие и остаётся.
Копирование, растянутое во времени, копирование с ошибками и конкуренция всегда дают те же самые результат, независимо от длины или структуры молекулы РНК, с которой начинается процесс. Хотя никто не мог бы предсказать, какая структура выиграет, каждый может видеть, что изменение и конкуренция будут иметь тенденцию выдвигать единственного победителя. В такой простой системе могло бы произойти кое-что ещё. Если эти репликаторы сильно воздействуют друг на друга (возможно, путём выборочных атак или помощи друг другу), то результаты могли бы напоминать более сложную экологию. Но как есть, они просто конкурируют за ресурсы.
Варьирование деталей в этом примере показывает нам кое-что еще: молекулы РНК приспосабливаются по-разному к различным окружающим средам. Молекулярная машина, называемая рибонуклеазой захватывает молекулы РНК, имеющие определённые последовательности элементов, находящихся на поверхности, и режет их пополам. Но молекулы РНК, подобно белкам, сворачиваются в структуры в зависимости от их последовательности, и путём сворачивания нужным образом они могут защищать свои уязвимые места. Экспериментаторы находят, что молекулы РНК развивают в процессе эволюции способность жертвовать быстрым размножением в пользу лучшей защиты, когда вокруг находится рибонуклеаза. Опять же, конкуренция способствует возникновению лучшего.
Заметьте, что в это описание вкрались термины из биологии: так как молекулы копируются, слово «поколение» выглядит правильным; молекулы «происходящие» от общего «предка» – «родственники», а слова «рост», "размножение", «мутация» и «конкуренция» также выглядят подходящими. Почему так? Потому что эти молекулы копируют себя с небольшими изменениями, также как это делают гены живых организмов. Когда различные репликаторы имеют различный успех, наиболее успешные имеют тенденцию накапливаться. Этот процесс, где бы он ни происходил, есть "эволюция".
В этом примере испытательной пробирки мы можем наблюдать эволюцию, раздетую до своих наиболее важных сущностных моментов, и освобождённую от противоречий, окружающих эволюцию жизни. Репликаторы РНК и белковые копировальные машины – это хорошо определённые наборы атомов, подчиняющихся хорошо понимаемым принципам и эволюционирующих в воспроизводимых лабораторных условиях. Биохимики могут делать РНК и белки из химических веществ, взятых "с полки", без помощи жизни.
Биохимики заимствуют эти копировальные машины от какого-либо вида вируса, который инфицирует бактерии и использует РНК как генетический материал. Эти вирусы выживают, входя в бактерию, получая свои копии путём использования её ресурсов, и затем выходя наружу, чтобы инфицировать новый бактерии. Копирование вирусной РНК с ошибками производит вирусы с мутациями, и вирусы, которые копируют себя более успешно, становятся более распространёнными; это – эволюция естественным отбором, очевидно названная «естественной» потому что она включает части природы, не относящиеся к человеку. Но в отличие от РНК из испытательной пробирки, вирусные РНК должны делать нечто большее, чем просто скопировать себя как просто молекулы. Успешные вирусные РНК должны также направлять бактериальные рибосомы для построения белковых устройств, которые, во-первых, позволяют им выбираться из старых бактерий, потом выживать снаружи, и в конце концов входить в новые бактерии. Эта дополнительная информация делает молекулы вирусных РНК длинной около 4500 элементов.
Чтобы копироваться успешно, ДНК больших организмов должны делать даже больше, направляя строительство десятков тысяч различных белковых машин и развитие сложных тканей и органов. Это требует тысяч генов, закодированных в миллионах или даже миллиардах элементов ДНК. Тем не менее принципиально процесс эволюции путём вариации и селекции сохраняется тем же самым и в испытательной пробирке, и в вирусах, и во многих других случаях.
Второй вид объяснения обращается к слову, отчасти вводящему в заблуждение: цель. В сущности молекулы просто случайно изменяются и выборочно копируются. Однако, если отойти несколько в сторону от процесса, можно было описывать результат, представляя, что выживающие молекулы изменялись, чтобы "достичь цель" репликации. Почему молекулы РНК, которые эволюционируют под угрозой со стороны рибонуклеазы, сворачиваются так, как они это делают? Конечно, в результате длительной истории со множеством деталей, но идея, что "они хотят избежать атак и выжить, чтобы размножаться" предсказала бы тот же результат. Язык цели даёт полезное сокращение (попробуйте без него обсуждать действия человека!), но появление цели не обязательно является результатом из функционирования ума. Пример РНК вполне хорошо это показывает.
Третий (и часто лучший) вид объяснения – в терминах эволюции. Он говорит, что порядок появляется путём вариации и селекции репликаторов. Молекула сворачивается определённым образом, потому что это походит на предков, которые размножались более успешно (избегая атаки и т. п.), и оставили потомков, включая себя. Как отметил Ричард Давкин, язык цели (если пользоваться им аккуратно) может быть переведён на язык эволюции.
Эволюция приписывает достижение успеха устранению неудачных изменений. Она таким образом объясняет положительное как результат двойного отрицания – объяснение, смысл которого кажется слегка трудным ухватить. Что хуже, она объясняет что-то видимое (успешные, нужные объекты) в терминах чего-то невидимого (неудачные объекты, которые исчезают). Поскольку только успешные животные производят потомство, кости которого остаются на местности, после неудачно сформированных образчиков прошлого не осталось даже большого количества останков.
Человеческой разум имеет тенденцию сосредотачиваться на видимом, ища положительные причины для положительных результатов, располагая силы позади правильных результатов. Однако после некоторых размышлений мы можем видеть, что этот большой принцип изменил наше прошлое и будет формировать наше будущее: эволюция происходит через вариацию и селекцию репликаторов.
Сама Земля в каменных страницах сделала запись истории жизни. На основаниях озера и морском дне, раковинах, костях, слой за слоем откладывался ил. Иногда движущийся поток или смещение пластов вымывали слои; в ином случае они просто становились глубже. Ранние слои сохранялись глубоко, раздавленные, спёкшиеся, пропитанные минеральными водами и наконец превратившиеся в камень.
В течение столетий геологи изучили камни, чтобы читать прошлое Земли. Уже давно они нашли морские раковины высоко в разрушившейся и рухнувшей скале горных цепей. К 1785 году, за семьдесят четыре года до ненавистной книги Дарвина, Джеймс Хуттон заключил, что грязь с морского дна была спрессована в камень и была поднята к небесам силами, пока ещё не понятными. Что ещё могли думать геологи, если сама природа врала?
Они видели, что окаменевшие кости и раковины отличались в одном слое от другого. Они видели, что раковины в слоях здесь соответствовали раковинам в слоях там, хотя слои могли находиться глубоко под землёй, находящейся между ними. Они назвали слои (A, B, C, D… или осагьяновский, мерамесьяновский, нижний честерианский, верхний честерианский и т. д.) и использовали характерные отложения, чтобы отслеживать слои в скалах. Перемешивание земной коры нигде не оставило полную последовательность слоёв, как она была, но геологи находили A, B, C, D, E в одном месте, C, D, E, F, G, H, I, J в другом и J, K, L где-то ещё и могли видеть, что A предшествовал L. Геологи, занимающиеся нефтяными месторождениями (даже те, кому нет дела до эволюции или её последствий) всё же используют отложения для определения геологического возраста пород и чтобы отслеживать слои, переходящие из одного места бурения в другое.
Ученые пришли к очевидному заключению. Также, как морские виды сегодня живут на широких площадях, жили и виды в прошлые годы. Также, как сегодня откладывается слой на слой, также происходило и тогда. Подобные раковины в подобных слоях отмечают отложения, произошедшие в ту же самую эпоху. Раковины изменяются в от слоя к слою, потому что виды изменялись от эпохи к эпохе. Это – то, что геологи нашли записанным в раковинах и костях на каменных страницах.
Верхние слои скалы содержат кости недавних животных, более глубокие слои содержат кости животных, теперь исчезнувших. Еще более ранние слои не показывают никаких следов любых современных видов. Ниже костей млекопитающих лежат кости динозавра; в более старых слоях находятся кости земноводных, далее идут раковины и кости рыб, ещё далее – вообще нет ни костей, ни раковин. Самые старые породы, несущие останки, содержат микроскопические следы отдельных клеток.
Радиоактивное датирование показывает, что этим самым старым следам несколько миллиардов лет. Клетки, более сложные чем бактерии, датируются временем, несколько больше чем один миллиард лет назад. История червей, рыб, амфибий, рептилий и млекопитающих охватывает сотни миллионов лет. Кости, подобные костям человека датируются несколькими миллионами лет. Остатки цивилизаций датируются несколькими тысячами.
За три миллиарда лет жизнь, развивалась от отдельных клеток, способных впитывать химические вещества, к совокупностям клеток, реализующим разум, способный впитывать идеи. В пределах этого столетия технология развилась от парового локомотива и электрического света до космического корабля и электронно-вычислительной машины, и компьютеры уже учат читать и писать. С разумом и технологией, скорость развития сделала скачок в миллионы раз или больше.
В освещенных лампой храмах и монастырях, поколения писцов переписывали рукописи вновь и вновь. Иногда они делали ошибки в словах и предложениях – случайно ли, нарочно ли, или по приказу местного правителя, и по мере того, как копируемые рукописи копировались, с помощью человеческих копировальных машин, ошибки накапливались. Наихудшие из ошибок могли быть найдены и удалены, и знаменитые отрывки могли продолжать существование в неизменном виде, но различия накапливались.
Древние книги редко существуют в своих первоначальных версиях. Самые старые копии часто на столетия младше потерянных оригиналов. Тем не менее, из различных копий с отличающимися ошибками ученые могут восстанавливать версии, более близкие к оригиналу.
Они сравнивают тексты. Они могут прослеживать нисходящие линии от общих предков, потому что уникальные рисунки ошибок выдают копирование из общего источника. (Школьные учителя это знают: идентичные правильные ответы ни о чём не говорят, кроме как на контрольном сочинении, но горе студентам, сидящим рядом, кто сдал контрольные работы с одинаковыми ошибками!) Там, где все выжившие копии совпадают, учёные предполагают, что оригинал (или по крайней мере последний общий предшественник выживших копий) содержал те же самые слова. Там, где выжившие копии различаются, учёные изучают копии, которые происходили отдельно от отдалённого предка, потому что зоны совпадения тогда будут говорить об общем источнике в версии предка.
Гены походят на рукописи, написанные в четырёх-буквенном алфавите. Во многом также, как сообщение может принимать много форм на обычном языке (выразить идею с использованием совершенно различных слов – не слишком трудно), также различные генетические слова могут направить строительство идентичных белковых молекул. Более того, белковые молекулы с различными особенностями устройства могут выполнять одинаковые функции. Совокупности генов в клетке подобны целой книге, а гены – подобны старым рукописям, они копировались и перекопировались неаккуратными переписчиками.
Подобно ученым, изучающим древние тексты, биологи вообще работают с современными копиями своего материала (увы, нет биологических свитков Мертвого моря ранних дней жизни). Они сравнивают организмы с похожей внешностью (львы и тигры, лошади и зебры, крысы и мыши) и находят, что они дают подобные ответы на вопросы контрольного сочинения в своих генах и белках. Чем больше два организма различаются (львы и ящерицы, люди и подсолнухи), тем более разные ответы различаются, даже у молекулярных машин, выполняющих одинаковые функции. Продолжая в этом же духе, одинаковые животные делают те же самые ошибки, например, все приматы обделены ферментами для производства витамина С, это упущение, которое разделяется всего лишь двумя другими видами – гвинейской свиньёй и фруктовой летучей мышью. Это намёк на то, что мы, приматы, скопировали наши генетические ответы с общего источника много времени назад.
Медные механизмы и конструктор Тинкертой способствуют появлению больших, медленных компьютеров. Однако с компонентами шириной в несколько атомов, простой механический компьютер поместился бы в 1/100 кубического микрона, т. е. оказался бы во много миллиардов раз более компактным, чем сегодняшняя так называемая микроэлектроника. Даже с миллиардом байт памяти наномеханический компьютер мог бы поместиться в коробочку шириной один микрон, т. е. размером с бактерию. И был бы же он быстрым! Хотя механические сигналы движутся около 100 000 раз медленнее чем электрические сигналы в сегодняшних машинах, им бы требовалось проходить лишь 1/1 000 000 расстояния, поэтому задержка оказалась бы меньше. Поэтому простой механический компьютер будет работать быстрее чем супербыстрые электронные сегодня.
Электронные нанокомпьютеры вероятно будут в тысячи раз быстрее чем электронные микрокомпьютеры, возможно, в сотни тысяч раз быстрее, если схема, предложенная Нобелевским лауреатом, физиком Ричардом Фейнманом себя оправдает. Увеличенная скорость путём уменьшения размера – это старая история в электронике.
Дизассемблеры
Молекулярные компьютеры будут управлять молекулярными ассемблерами, обеспечивая быстрый поток инструкций, необходимых, чтобы направить размещение крупных совокупностей атомов. Нанокомпьютеры с молекулярными устройствами памяти будут также хранить данные, произведенные процессом, который является противоположным сборке.Ассемблеры помогут инженерам синтезировать вещи; их родственники, дизассемблеры, помогут ученым, и инженерам анализировать вещи. Что касается ассемблеров, они опираются на способность ферментов и химических реакций формировать связи, и способность машин управлять процессом. Дизассемблеры же опираются на способность ферментов и химических реакций разрушать связи, и машин – управлять процессом. Ферменты, кислоты, окислители, металлы, щелочи, ионы и реагирующие группы атомов, называемых свободными радикалы – все могут разрушать связи и удалять группы атомов. Поскольку нет ничего, что было бы абсолютно невосприимчивым к коррозии, по-видимому, молекулярные инструменты будут способны что-либо разбирать, по нескольким атомам за раз. Что более существенно, наномашина могла бы (в случае необходимости и подходящего случая) также применять и механические силы, в результате освобождая группы атомов.
Наномашина, способная это делать, записывая, что она удаляет слой за слоем, – это дизассемблер. Ассемблеры, дизассемблеры, и нанокомпьютеры будут работать вместе. Например, нанокомпьютерная система будет способна направить разборку объекта, записать его структуру, и потом управлять сборкой идеальной копии. И всё это – ещё только некоторые намёки реальной мощи нанотехнологии.
Обновлённый мир
Пройдут годы, пока появятся ассемблеры, но их появление кажется почти неизбежным: хотя путь к ассемблерам имеет много шагов, каждый шаг сделает следующий досягаемым, и каждый принесет непосредственный выигрыш. Первые шаги под названием "генная инженерия" и «биотехнология» уже предприняты. Кажутся возможными и другие пути к получению ассемблеров. Исключая разрушение мира или мировое господство, гонка технологий будет продолжаться вне зависимости, хотим мы этого или нет. И по мере того, как успехи в проектировании с помощью ЭВМ ускоряют развитие молекулярных инструментов, продвижение к ассемблерам будет ускоряться.Чтобы иметь хоть какую-то надежду понять наше будущее, мы должны понять последствия ассемблеров, дизассемблеров, и нанокомпьютеров. Они обещают влечь изменения, столь же глубокие, как индустриальная революция, антибиотики, и ядерные оружие, соединённые в один огромный прорыв. Чтобы понять будущее таких глубоких изменений, имеет смысл поискать принципы изменения, которые пережили величайшие изменения прошлого. Они окажутся полезным руководством.
Глава 2. ПРИНЦИПЫ ИЗМЕНЕНИЙ
Вы можете представить себе процесс проектирования как, во-первых, генерирование альтернатив, а затем испытание этих альтернатив против целого ряда требований и ограничений.
ГЕРБЕРТ А. САЙМОН
МОЛЕКУЛЯРНЫЕ АССЕМБЛЕРЫ сделают такую революцию, какой не было со времён появления рибосом, примитивных ассемблеров в клетке. Получающаяся в результате нанотехнология может помочь распространению жизни вне Земли – шаг, не имеющий аналогов, начиная с распространения жизни вне морей. Это может помочь машинам обрести разум – шаг, не имеющий параллелей, с тех пор как разум появился в приматах. И это может позволять нашим умам обновлять и переделывать наши тела – шаг вообще не имеющий аналогов.
Эти революции принесут опасности и возможности, слишком обширные, чтобы их могло вместить человеческое воображение. Все же принципы изменения, которые выполнялись для молекул, клеток, животных, разума, и машинам, должны продолжать деятельность даже в век биотехнологии, наномашин и искусственного разума. Те же самые принципы, которые приложимы в море, на земле и в воздухе, должны сохраняться, когда мы будем распространять жизнь Земли к звездам. Понимание сохраняющихся принципов изменения поможет нам понять потенциал для хорошего и плохого в новых технологиях.
Порядок из хаоса
Порядок может появляться из хаоса без чьих-либо распоряжений: хорошо организованные кристаллы конденсировались из бесформенного межзвездного газа намного раньше Солнца, Земли, или появления жизни. Из хаоса также появляется кристаллический порядок и при более знакомых обстоятельствах. Вообразите молекулу, возможно правильную по форме, а, возможно, неравномерную и узловатую как корень имбири. Теперь вообразите большое число таких молекул, перемещающихся беспорядочно в жидкости, переворачиваясь и толкаясь как алкоголики в невесомости и темноте. Вообразите испаряющуюся и охлаждающуюся жидкость, что заставляет молекулы быть ближе друг к другу и замеляя их движения. Будут ли эти беспорядочно перемещающиеся, молекулы странной формы просто собираться в беспорядочных «кучах»? В общем случае – нет. Обычно они будут устанавливаться в кристаллическую структуру, каждый аккуратно устраиваясь напротив своих соседей, формируя строки и столбцы, такие же совершенные, как шахматная доска, хотя часто более сложные.Этот процесс не включает ни волшебство, ни какие-то специальные свойства молекул и квантово-механических сил. Это даже не требует специальных соответствующих друг другу форм, которые позволяют молекулам белка самостоятельно собираться в машины. Если положить мраморные шарики одинакового размера на поднос и встряхнуть, также выпадают в правильные рисунки.
Кристаллы растут путём проб и удалением ошибок, путём варьирования и селекции. Никакие крошечные руки их не собирают. Кристалл может начинаться со случая молекул, собирающихся в группу: молекулы блуждают, сталкиваются, и собираются в группы случайным образом, но группа держится вместе лучше всего когда она упакована в правильную кристаллическую структуру. Далее в первоначальный маленький кристалл ударяются другие молекулы. Некоторые тыкаются в неправильные места или с неправильной ориентацией; они плохо прилипают и от колебаний вновь отваливаются. Другие по случаю попадают нужным образом; они лучше прилипают и часто остаются. Слой строится на слое, расширяя кристаллическую структуру. Хотя молекулы сталкиваются случайным образом, они не прилипают случайно. Порядок растёт из хаоса путём варьирования и селекции.
Эволюционирующие молекулы
В росте кристаллов, каждый слой образует шаблон для следующего. Однородные слои накапливаются и формируют твердый блок.В клетках нити ДНК или РНК также могут служить в качестве шаблонов при помощи ферментов, которые действуют как молекулярные копировальные машины. Но элементы, из которых строятся нити нуклеиновых кислот, могут быть устроены во многих различных последовательностях, и нить шаблона может отделиться от копии. И нить, и её копия могут далее снова быть скопированы. Биохимик Сол Спиджельман использовал копировальные машины (белки из вируса) для экспериментов в испытательной пробирке. Говоря просто, безжизненная среда дуплицирует молекулы РНК.
Представьте себе нить РНК, плавающую в испытательной пробирке вместе с копировальными машинами и элементами РНК. Нить кувыркается и изгибается, пока она не наталкивается на копировальную машину в правильном положении, чтобы слипнуться. Элементы толкутся вокруг, пока один нужного вида не встретит копировальную машину в правильном положении, которая соответствует нити шаблона. Как только соответствующие элементы ухитряются попасть в нужное положение, машина захватывает их и привязывает их к растущей копии; хотя элементы сталкиваются случайным образом, машина связывает выборочно. В конце концов машина, шаблон и копия разъединяются.
В терминологии зоолога Ричарда Давкинса из Оксфорда, объекты, которые делают копии себя, называются репликаторами. В этой окружающей среде молекулы РНК подходят под определение: единственная молекула скоро превращается в две, потом четыре, восемь, шестнадцать, тридцать две, и так далее, умножаясь экспоненциально. Далее скорость репликации снижается: постоянный запас белковых машин может производить копии только с какой-то скоростьюРНК, независимо от того, сколько молекул шаблона соперничают друг с другом для их услуг. Ещё позже сырья для созданияРНК молекулы становится недостаточно, и репликация задерживается вплоть до остановки. Быстро растущее число молекул достигает предела росту и останавливает репродуцирование.
Копировальные машины, однако, часто копируют неправильно нить РНК, вставляя, удаляя, или неправильно сопоставив элемент нити. Получающаяся в результате нить с мутациями тогда отличается по последовательности элементов или длине. Такие изменения довольно случайны, и изменения накапливаются по мере того как скопированные с ошибкой молекулы снова копируются с ошибкой. По мере того как молекулы размножаются, они начинают отличаться от своих предшественников и друг от друга. Это может выглядеть как рецепт, приводящий к хаосу.
Биохимики нашли, что различающиеся молекулы РНК копируются с разными скоростями, в зависимости от их длин и структуры элементов. Потомки более быстрых репликаторов естественно становятся более распространёнными. Действительно, если один вид копируется только на 10 процентов быстрее чем его собратья, то после одной сотни поколений, каждый из более быстрого вида даст в 1000 раз большее число потомков. Малые различия в экспоненциальном росте накапливаются экспоненциально.
Когда в испытательной пробирке заканчиваются элементы, экспериментатор может взять пробу его РНК и «заразить» новую пробирку. Процесс начинается снова и молекулы, которые доминировали в первом раунде соревнования начинаются с некоторой форой. Появляются маленькие изменения, по прошествии времени вырастая в большие. Некоторые молекулы размножаются быстрее, и их вид доминирует в смеси. Когда ресурсы исчерпываются, экспериментатор может взять пробу РНК и начать снова (и снова, и снова), сохраняя условия стабильными.
Этот эксперимент показывает естественный процесс: независимо от того, с какой последовательности РНК начинает экспериментатор, кажущийся хаос случайных ошибок и копирование с систематическими ошибками выдвигает вперёд один вид молекул РНК (плюс-минус некоторые ошибки копирования). Его типичная версия имеет известную, четкую последовательность 220 элементов. Это – лучший РНК репликатор в этой среде, так что он перенаселяет другие и остаётся.
Копирование, растянутое во времени, копирование с ошибками и конкуренция всегда дают те же самые результат, независимо от длины или структуры молекулы РНК, с которой начинается процесс. Хотя никто не мог бы предсказать, какая структура выиграет, каждый может видеть, что изменение и конкуренция будут иметь тенденцию выдвигать единственного победителя. В такой простой системе могло бы произойти кое-что ещё. Если эти репликаторы сильно воздействуют друг на друга (возможно, путём выборочных атак или помощи друг другу), то результаты могли бы напоминать более сложную экологию. Но как есть, они просто конкурируют за ресурсы.
Варьирование деталей в этом примере показывает нам кое-что еще: молекулы РНК приспосабливаются по-разному к различным окружающим средам. Молекулярная машина, называемая рибонуклеазой захватывает молекулы РНК, имеющие определённые последовательности элементов, находящихся на поверхности, и режет их пополам. Но молекулы РНК, подобно белкам, сворачиваются в структуры в зависимости от их последовательности, и путём сворачивания нужным образом они могут защищать свои уязвимые места. Экспериментаторы находят, что молекулы РНК развивают в процессе эволюции способность жертвовать быстрым размножением в пользу лучшей защиты, когда вокруг находится рибонуклеаза. Опять же, конкуренция способствует возникновению лучшего.
Заметьте, что в это описание вкрались термины из биологии: так как молекулы копируются, слово «поколение» выглядит правильным; молекулы «происходящие» от общего «предка» – «родственники», а слова «рост», "размножение", «мутация» и «конкуренция» также выглядят подходящими. Почему так? Потому что эти молекулы копируют себя с небольшими изменениями, также как это делают гены живых организмов. Когда различные репликаторы имеют различный успех, наиболее успешные имеют тенденцию накапливаться. Этот процесс, где бы он ни происходил, есть "эволюция".
В этом примере испытательной пробирки мы можем наблюдать эволюцию, раздетую до своих наиболее важных сущностных моментов, и освобождённую от противоречий, окружающих эволюцию жизни. Репликаторы РНК и белковые копировальные машины – это хорошо определённые наборы атомов, подчиняющихся хорошо понимаемым принципам и эволюционирующих в воспроизводимых лабораторных условиях. Биохимики могут делать РНК и белки из химических веществ, взятых "с полки", без помощи жизни.
Биохимики заимствуют эти копировальные машины от какого-либо вида вируса, который инфицирует бактерии и использует РНК как генетический материал. Эти вирусы выживают, входя в бактерию, получая свои копии путём использования её ресурсов, и затем выходя наружу, чтобы инфицировать новый бактерии. Копирование вирусной РНК с ошибками производит вирусы с мутациями, и вирусы, которые копируют себя более успешно, становятся более распространёнными; это – эволюция естественным отбором, очевидно названная «естественной» потому что она включает части природы, не относящиеся к человеку. Но в отличие от РНК из испытательной пробирки, вирусные РНК должны делать нечто большее, чем просто скопировать себя как просто молекулы. Успешные вирусные РНК должны также направлять бактериальные рибосомы для построения белковых устройств, которые, во-первых, позволяют им выбираться из старых бактерий, потом выживать снаружи, и в конце концов входить в новые бактерии. Эта дополнительная информация делает молекулы вирусных РНК длинной около 4500 элементов.
Чтобы копироваться успешно, ДНК больших организмов должны делать даже больше, направляя строительство десятков тысяч различных белковых машин и развитие сложных тканей и органов. Это требует тысяч генов, закодированных в миллионах или даже миллиардах элементов ДНК. Тем не менее принципиально процесс эволюции путём вариации и селекции сохраняется тем же самым и в испытательной пробирке, и в вирусах, и во многих других случаях.
Объяснение порядка
Имеется по крайней мере три способа объяснить структуру населения молекулярных репликаторов, появившуюся в ходе эволюции, будь то РНК испытательной пробирки, вирусные гены, или человеческие гены. Первый вид объяснения – методичное прослеживание их историй: насколько специфические мутации происходили и как они распространялись. Это невозможно без записи всех молекулярных событий, а такие записи каждого события были ли бы чрезвычайно утомительными.Второй вид объяснения обращается к слову, отчасти вводящему в заблуждение: цель. В сущности молекулы просто случайно изменяются и выборочно копируются. Однако, если отойти несколько в сторону от процесса, можно было описывать результат, представляя, что выживающие молекулы изменялись, чтобы "достичь цель" репликации. Почему молекулы РНК, которые эволюционируют под угрозой со стороны рибонуклеазы, сворачиваются так, как они это делают? Конечно, в результате длительной истории со множеством деталей, но идея, что "они хотят избежать атак и выжить, чтобы размножаться" предсказала бы тот же результат. Язык цели даёт полезное сокращение (попробуйте без него обсуждать действия человека!), но появление цели не обязательно является результатом из функционирования ума. Пример РНК вполне хорошо это показывает.
Третий (и часто лучший) вид объяснения – в терминах эволюции. Он говорит, что порядок появляется путём вариации и селекции репликаторов. Молекула сворачивается определённым образом, потому что это походит на предков, которые размножались более успешно (избегая атаки и т. п.), и оставили потомков, включая себя. Как отметил Ричард Давкин, язык цели (если пользоваться им аккуратно) может быть переведён на язык эволюции.
Эволюция приписывает достижение успеха устранению неудачных изменений. Она таким образом объясняет положительное как результат двойного отрицания – объяснение, смысл которого кажется слегка трудным ухватить. Что хуже, она объясняет что-то видимое (успешные, нужные объекты) в терминах чего-то невидимого (неудачные объекты, которые исчезают). Поскольку только успешные животные производят потомство, кости которого остаются на местности, после неудачно сформированных образчиков прошлого не осталось даже большого количества останков.
Человеческой разум имеет тенденцию сосредотачиваться на видимом, ища положительные причины для положительных результатов, располагая силы позади правильных результатов. Однако после некоторых размышлений мы можем видеть, что этот большой принцип изменил наше прошлое и будет формировать наше будущее: эволюция происходит через вариацию и селекцию репликаторов.
Эволюционирующие организмы
История жизни – история гонки вооружения на базе молекулярных машин. Сегодня, в то время как эта гонка подходит к новой и более быстрой стадии, мы должны убедиться, что мы понимаем только, насколько глубокие корни имеет эволюция. Во времена, когда идеей биологической эволюции часто пренебрегают в школах и которая иногда подвергается нападкам, мы должны помнить, что доказательства её прочны как скала и также распространены как клетки.Сама Земля в каменных страницах сделала запись истории жизни. На основаниях озера и морском дне, раковинах, костях, слой за слоем откладывался ил. Иногда движущийся поток или смещение пластов вымывали слои; в ином случае они просто становились глубже. Ранние слои сохранялись глубоко, раздавленные, спёкшиеся, пропитанные минеральными водами и наконец превратившиеся в камень.
В течение столетий геологи изучили камни, чтобы читать прошлое Земли. Уже давно они нашли морские раковины высоко в разрушившейся и рухнувшей скале горных цепей. К 1785 году, за семьдесят четыре года до ненавистной книги Дарвина, Джеймс Хуттон заключил, что грязь с морского дна была спрессована в камень и была поднята к небесам силами, пока ещё не понятными. Что ещё могли думать геологи, если сама природа врала?
Они видели, что окаменевшие кости и раковины отличались в одном слое от другого. Они видели, что раковины в слоях здесь соответствовали раковинам в слоях там, хотя слои могли находиться глубоко под землёй, находящейся между ними. Они назвали слои (A, B, C, D… или осагьяновский, мерамесьяновский, нижний честерианский, верхний честерианский и т. д.) и использовали характерные отложения, чтобы отслеживать слои в скалах. Перемешивание земной коры нигде не оставило полную последовательность слоёв, как она была, но геологи находили A, B, C, D, E в одном месте, C, D, E, F, G, H, I, J в другом и J, K, L где-то ещё и могли видеть, что A предшествовал L. Геологи, занимающиеся нефтяными месторождениями (даже те, кому нет дела до эволюции или её последствий) всё же используют отложения для определения геологического возраста пород и чтобы отслеживать слои, переходящие из одного места бурения в другое.
Ученые пришли к очевидному заключению. Также, как морские виды сегодня живут на широких площадях, жили и виды в прошлые годы. Также, как сегодня откладывается слой на слой, также происходило и тогда. Подобные раковины в подобных слоях отмечают отложения, произошедшие в ту же самую эпоху. Раковины изменяются в от слоя к слою, потому что виды изменялись от эпохи к эпохе. Это – то, что геологи нашли записанным в раковинах и костях на каменных страницах.
Верхние слои скалы содержат кости недавних животных, более глубокие слои содержат кости животных, теперь исчезнувших. Еще более ранние слои не показывают никаких следов любых современных видов. Ниже костей млекопитающих лежат кости динозавра; в более старых слоях находятся кости земноводных, далее идут раковины и кости рыб, ещё далее – вообще нет ни костей, ни раковин. Самые старые породы, несущие останки, содержат микроскопические следы отдельных клеток.
Радиоактивное датирование показывает, что этим самым старым следам несколько миллиардов лет. Клетки, более сложные чем бактерии, датируются временем, несколько больше чем один миллиард лет назад. История червей, рыб, амфибий, рептилий и млекопитающих охватывает сотни миллионов лет. Кости, подобные костям человека датируются несколькими миллионами лет. Остатки цивилизаций датируются несколькими тысячами.
За три миллиарда лет жизнь, развивалась от отдельных клеток, способных впитывать химические вещества, к совокупностям клеток, реализующим разум, способный впитывать идеи. В пределах этого столетия технология развилась от парового локомотива и электрического света до космического корабля и электронно-вычислительной машины, и компьютеры уже учат читать и писать. С разумом и технологией, скорость развития сделала скачок в миллионы раз или больше.
Другой путь назад
Каменная книга делает запись форм давно умерших организмов, однако живые клетки также несут записи, генетические тексты, которые только теперь могут быть прочитаны. Также как с идеями о геологии, наиболее важные идеи относительно эволюции были известны прежде, чем Дарвин взял в руки перо.В освещенных лампой храмах и монастырях, поколения писцов переписывали рукописи вновь и вновь. Иногда они делали ошибки в словах и предложениях – случайно ли, нарочно ли, или по приказу местного правителя, и по мере того, как копируемые рукописи копировались, с помощью человеческих копировальных машин, ошибки накапливались. Наихудшие из ошибок могли быть найдены и удалены, и знаменитые отрывки могли продолжать существование в неизменном виде, но различия накапливались.
Древние книги редко существуют в своих первоначальных версиях. Самые старые копии часто на столетия младше потерянных оригиналов. Тем не менее, из различных копий с отличающимися ошибками ученые могут восстанавливать версии, более близкие к оригиналу.
Они сравнивают тексты. Они могут прослеживать нисходящие линии от общих предков, потому что уникальные рисунки ошибок выдают копирование из общего источника. (Школьные учителя это знают: идентичные правильные ответы ни о чём не говорят, кроме как на контрольном сочинении, но горе студентам, сидящим рядом, кто сдал контрольные работы с одинаковыми ошибками!) Там, где все выжившие копии совпадают, учёные предполагают, что оригинал (или по крайней мере последний общий предшественник выживших копий) содержал те же самые слова. Там, где выжившие копии различаются, учёные изучают копии, которые происходили отдельно от отдалённого предка, потому что зоны совпадения тогда будут говорить об общем источнике в версии предка.
Гены походят на рукописи, написанные в четырёх-буквенном алфавите. Во многом также, как сообщение может принимать много форм на обычном языке (выразить идею с использованием совершенно различных слов – не слишком трудно), также различные генетические слова могут направить строительство идентичных белковых молекул. Более того, белковые молекулы с различными особенностями устройства могут выполнять одинаковые функции. Совокупности генов в клетке подобны целой книге, а гены – подобны старым рукописям, они копировались и перекопировались неаккуратными переписчиками.
Подобно ученым, изучающим древние тексты, биологи вообще работают с современными копиями своего материала (увы, нет биологических свитков Мертвого моря ранних дней жизни). Они сравнивают организмы с похожей внешностью (львы и тигры, лошади и зебры, крысы и мыши) и находят, что они дают подобные ответы на вопросы контрольного сочинения в своих генах и белках. Чем больше два организма различаются (львы и ящерицы, люди и подсолнухи), тем более разные ответы различаются, даже у молекулярных машин, выполняющих одинаковые функции. Продолжая в этом же духе, одинаковые животные делают те же самые ошибки, например, все приматы обделены ферментами для производства витамина С, это упущение, которое разделяется всего лишь двумя другими видами – гвинейской свиньёй и фруктовой летучей мышью. Это намёк на то, что мы, приматы, скопировали наши генетические ответы с общего источника много времени назад.