Башкин и единомышленники его были заточены по монастырям. Из последователей его-белозерский монах Федосий Косой и какой-то Игнатий были схвачены в 1555 году и заключены в монастырь в Москве, но бежали в Литву, женились там и продолжали проповедовать на свободе свое учение; это учение состояло в том, что божество не троично, что Христос простой человек, что все внешнее устройство церковное не нужно. Артемию, несмотря на строгий надзор, также удалось бежать из Соловок в Литву. Есть еще известие о соборе по поводу ереси Давыда, архиепископа ростовского в 1582 году; этот Давыд выставлен соумышленником Антония Поссевина, который сам приводится на собор, излагает странное учение, совершенно сходное с учением Давыда, и опровергается царем Иоанном. Но известие о Поссевине явно выдумано: царь не мог говорить с ним так, как представлен говорящим на соборе; притом, если б было что-нибудь подобное, то известие о нем сохранилось бы в статейном списке; это сочинение вроде переписки царя Иоанна с турецким султаном, попадающейся в некоторых сборниках.
   С православным Востоком по-прежнему происходили постоянные сношения. В 1543 году дата была грамота старцам Афонского Пантелеймонова монастыря, по которой они везде в областях Московского государства пропускались свободно, не платя никаких пошлин, получая корм и подводы. В 1547 году митрополит Макарий писал окружное послание о вспомоществовании старцам Пантелеймонова монастыря, пришедшим в Москву за милостынею. Также бил челом царю Паисий, игумен Афонского болгарского монастыря Хиландаря, что им от даней султановых истомы великие и от греков обиды большие: государь бы их пожаловал, послал об них свою грамоту к султану, чтоб тот от даней их пооблегчил и от греков оборонил. Царь исполнил просьбу, послал грамоту к султану. В 1545 году александрийский патриарх Иоаким писал Иоанну, ходатайствуя об освобождении Максима Грека, не праведно заточенного: "Так православные христиане, пишет Иоаким, - не поступают с бедными людьми, особенно с иноками, и несправедливо держать человека силою и оскорблять; нехорошо верить всякому слову, всякому писанию без испытания. Я никогда не писал к тебе, ничего не просил: так не оскорби меня теперь, не заставь писать вторично, ибо я не перестану писать к тебе, пока просьба моя не будет исполнена".
   В 1556 году приезжал в Москву Иоасаф, митрополит евгрипский, с грамотою патриарха византийского: отпустивши его в следующем году, царь отправил с ним грамоту к патриарху Иоасафу, в которой просил о соборном благословении на свое царское венчание. При этом послано было патриарху соболей на 2000 золотых. Просимая грамота была прислана в 1562 году: в ней собор восточных святителей признает Иоанна достойным царского имени, потому что он ведет свое происхождение, от царицы Анны, сестры самодержца Василия Багрянородного, и потому что царь Константин Мономах послал с ефесским митрополитом царскую утварь великому князю Владимиру, который и был венчан на царство.
   По смерти царицы Анастасии, брата царского, князя Юрия Васильевича, царевича Иоанна посылались патриархам, на Синайскую, на Афонскую горы, нищим цареградским богатые милостыни. К константинопольскому патриарху посылались из Москвы молодые люди учиться греческому языку: к патриарху Дионисию в 1551 году отправлен был паробок Обрюта Михайлов Греков; царь писал патриарху: ты бы велел его у себя учить грамоте греческой и языку; а если тебе у себя его научить нельзя, то отошли его на святую гору Афонскую, в наш монастырь св. Пантелеймона. После Обрюты посланы были учиться двое паробков-Ушаков и Внуков; патриарх жаловался, что учить их очень трудно, потому что они уже велики, а пристращать их нельзя: как бы к туркам не бежали.
   В то время, как русская церковь на востоке, в Московском государстве, распространялась вместе с распространением пределов этого государства, на западе в литовско-русских областях происходило явление противное: здесь русская церковь вместо приобретения новых членов теряла старых, сначала вследствие распространения протестантских учений, потом вследствие католического противодействия, главными двигателями которого были иезуиты. Кроме того, нахождение под властию иноверного правительства, если еще не явно враждебного, то равнодушного к выгодам русской церкви, не могло обеспечивать для последней спокойствия и наряда. После уничтожения галицкой митрополии название галицкого митрополита было присоединено к титулу киевского митрополита, и галицкая епархия находилась поэтому в непосредственном заведовании последнего, который назначал в Галич своего справцу (прикащика, наместника). Но в то же самое время право назначать наместника для управления православною галицкою церковью имел католический львовский архиепископ, в силу грамоты короля Сигизмунда I, данной в 1509 году. Таким образом, наместник галицкий для отправления своей должности должен был получить согласие православного киевского митрополита, католического львовского архиепископа и подтверждение королевское. В сороковых годах описываемого века справцею митрополичьим в Галиче был Сикора, возбудивший своим поведением негодование епархии. Галичане послали к митрополиту Макарию просьбу, чтоб дал их в опеку Лаврентию, епископу перемышльскому; но митрополит назначал к ним справцею священника Гошевского, написавши, впрочем, к галичанам, что могут не принимать его, если он им нелюб. Новый справца действительно не полюбился галичанам, и они послали опять к митрополиту челобитную: "Мы все сообща жители Русской (Галицкой) и Подольской земли не посылали к вашему святительству попа Гошевского и не выбирали его, и теперь никто из нас, великий и малый, богатый и убогий, не хотим иметь его справцею, точно так же как и Сикоры, потому что при Сикоре было большое безнарядье, тяжести и непослушание к вашему святительству; то же было бы и при попе Гошевском, или еще хуже; и так как ваше святительство к нам писали, чтоб мы выбрали доброго человека и к вам послали, то мы все духовные, шляхта, мещане и все поспольство, от больших и до меньших, выбрали Макария Тучапского, мещанина (горожанина) львовского и покорно просим ваше святительство благословить его к нам в наместники". Митрополит исполнил их просьбу, новый наместник начал действовать к общему удовольствию; но старый справца Сикора, подбившись к католическому архиепископу львовскому, стал получать его против Макария, как избранного не с его архиепископского согласия; архиепископ настоял у короля, чтоб назначена была комиссия для обсуждения поступков Макария и королевскими листами позвали последнего к суду комиссара; Макарий должен был явиться на этот суд в сопровождении большого числа обывателей Галиции и Подолии, которые должны были свидетельствовать в его пользу; как обыкновенно водилось, Макарий и его свидетели должны были потратить при этом много денег; но деньги не помогли, и Макарий перенес дело к королю на сейм. Король решил дело в пользу архиепископа: на основании старых Ягайловых привилегий подчинил ему православное галицкое духовенство, которое изъял из ведомства митрополита киевского и его наместника; Макарию грозило вечное заключение, но галичане, посредством двух панов, нашли доступ к королеве Боне, имевшей большое влияние над своим мужем. Король и королева не постыдились взять с галицкого духовенства посул-200 волов; привилегия, данная католическому архиепископу, была разодрана и обещана была привилегия Макарию, как скоро 200 волов будут доставлены. Но этим дело не кончилось: когда король приехал в Львов, Макарий дал ему 50 волов, за что получил приказание приезжать в Краков за привилегией; но перед самым выездом короля из Львова архиепископ опять упросил его отдать в его ведомство русское галицкое духовенство; Макарию опять, следовательно, нужно было приниматься за волов: 110 волов роздал он королю, королеве и панам и получил вторично приказание ехать в Краков за привилегиею. Макарий поехал и долго жил в Кракове, но привилегии не получил: король отложил дело до сейма, на который Макарий должен был приехать. Макарий отправился, без малого год выжил в Кракове и добыл наконец привилегию "с великою бедою, накладом и трудом"; галицкое духовенство должно было заплатить еще 140 волов. Но и этим дело не кончилось: когда Макарий возвратился из Кракова, архиепископ прислал к нему писаря своего, приказывая ему с угрозами, чтоб стал перед ним и с привилегиями. Макарий сам не пошел и привилегий не отослал к нему. Тогда архиепископ сказал: "Пока жив, не отстану от этого дела; Русь должна быть в моей власти, король не мог без меня порешить иначе". Он послал к королю жалобу на Макария и хотел вытребовать его на сейм. Тогда галичане немедленно отправили Макария в Киев к митрополиту с просьбою посвятить его в епископы, потому что ему, как владыке, нечего уже будет больше бояться архиепископа и всех бискупов католических; Макарий поехал в Киев в сопровождении многочисленной толпы своих русских: боялись за его жизнь, ибо архиепископ несколько раз приказывал убить его. После, между 1569 и 1576 годом, видим в Галиче явление подобного же рода: галицкий владыка, Марк Балабан, перед смертию с позволения королевского передал владычество сыну своему Григорию Балабану; но католический львовский архиепископ, Шломовский, объявил королю, что имеет право назначать православных владык и назначил уже Ивана Лопатку Осталовского. Сигизмунд-Август, несмотря на позволение, данное им прежде Балабану, подтвердил назначение Лопатки. Но Балабан и его сторона, опираясь на прежнее позволение королевское, не соглашались признать прав Лопатки, хотя король несколько раз потом подтверждал их, и когда Лопатка умер, то Балабан утвердился на владычестве.
   Мы видели, как Сигизмунд-Август был равнодушен к католицизму, и потому при нем панам греческой веры легко было испросить уравнение прав православного шляхетства с католиками: это уравнение последовало на виленском сейме 1563 года. При Батории русская церковь в Литве сильно почувствовала, чего она должна ожидать вперед от католического противодействия и главных проводников его, иезуитов: в 1583 году король велел отобрать землю у всех полоцких церквей и монастырей, кроме владычних, и отдать их иезуитам. В 1584 году во Львове, накануне Рождества Христова, католики, по приказанию архиепископа своего, с оружием в руках напали на православные церкви и монастыри, выволокли священников из алтарей, одних уже по освящении даров, других перед самым причастием, запечатали церкви и настрого запретили отправлять в них богослужение.
   Еще при жизни владык короли уже назначали им преемников иногда людей светских, бояр, "ласково взглянувши на их верную службу, по желанию воеводы и бояр". Иногда престарелый владыка сдавал управление епархиальными делами какому-нибудь светскому лицу, оставивши за собою только звание и старшинство; новый правитель обращался к королю с просьбою об утверждении его на владычном столе в случае смерти старого архиерея. Назначивши митрополита в Киев, король давал знать об этом патриарху константинопольскому, чтоб тот благословил нового митрополита; грамота королевская патриарху в этом случае имела такую форму: "Даем знать достоинству вашему, что в панствах наших Великого княжества Литовского в животе не стало митрополита киевского и галицкого и всея Руси; на его место представлен нам от жителей греческого закона годный на то, смиренный владыка такой-то. Благословите его на митрополию по закону вашему, к службе церкви святой христианской, к научению и управлению всем, принадлежащим к этому достоинству, за что будет получать и от нас такую же благодарность, какую от предков наших прежние митрополиты получали. При этом желаем вам всякого добра". Мы видели, что распря полоцкого владыки с митрополитом о титуле и распря того же владыки полоцкого с владыкою владимирским решены были королем с панами радными: но в 1548 году, когда полоцкий архиепископ Симеон вместе с князьями, панами и боярами своей области подал жалобу королю на митрополита Макария, что тот поставил его опять ниже владыки владимирского, то митрополит объявил королю, что это суд духовный, в который король не может вступаться в силу привилегии, данной митрополиту Иосифу, что дело должно быть решено на соборе, по закону греческому; король согласился на созвание собора, выговорив, что если которая-нибудь из тяжущихся сторон найдет соборный приговор несправедливым, то имеет право перенести дело на решение королевское. В том же году бурмистры, радцы и мещане виленские греческого закона выпросили у митрополита грамоту, по которой виленское духовенство отдавалось в их управу и, если б кто-нибудь из священников не захотел их слушаться, того они могли отставлять от церкви и замещать другим с позволения митрополичьего. Протопоп и все священники подали жалобу королю на такой поступок митрополита. Король в 1542 году писал к митрополиту: "Очень удивило нас то, что мещане виленские мимо нас обратились с таким делом к тебе и выхлопотали такие неприличные грамоты, по которым присвоили в свою мещанскую управу наше господарское владение, что им никак не следует; не следовало и тебе священников, богомольцев наших, записывать своими грамотами кому-нибудь во владение; нельзя церквей божиих нашего стольного города брать из-под нашей господарской управы и отдавать в управление подданным: этого никогда при предках наших не бывало. Мы велели эту твою грамоту взять в нашу канцелярию и приказываем: если у какой-нибудь церкви умрет священник, то бурмистр или кто-нибудь из добрых людей вместе с твоим наместником, протопопом виленским, идут в эту церковь, переписывают в ней церковное имущество и запечатывают ее, а ключи церковные отдаются в соборную церковь Богородицы. Потом, выбравши доброго и ученого человека, они дают тебе знать, и ты, увидавши его годность, ставишь его в священники и приказываешь отдать ему ту церковь со всем ее имуществом". К мещанам король писал, чтоб они не смели управлять священниками под страхом пени в 1000 коп грошей и вперед подобных грамот у митрополита не брали: грамоты эти не имеют никакой силы; ибо митрополит имеет власть над духовенством только в делах духовных, а в других делах не может ни к чему их приневоливать. Но этим дело не кончилось: священники не переставали жаловаться королю на мещан, а мещане-на священников; тогда король в 1544 году, признавши, что имеет право чинить постановление божиим церквам, дал им уставную грамоту, в которой определил способ избрания священников, дьяконов и причетников: когда священник тяжело занеможет, то протопоп дает знать об этом бурмистру греческого закона; бурмистр идет сам или посылает двух радцев и писаря, которые и переписывают все церковные вещи, вместе с протопопом и священниками; когда же священник умрет, то бурмистр запирает церковь и держит у себя ключи до тех пор, пока будет поставлен новый священник; выбирают священника, дьякона, уставника и пономаря бурмистры и радцы с протопопом и двумя священниками. В грамоте определяется, сколько платить священникам за погребение, за соборование маслом; относительно исповеди постановлено: мещане приходят к отцам своим духовным по доброй воле, а не по нужде и, где хотят, там исповедаются; священники неволею никого не должны к себе призывать. Священники не имеют права вмешиваться в духовные дела лиц светских. Недовольные судом епископа жаловались королю, и тот приказал митрополиту пересмотреть дело.
   Что касается отношений монастырей ко власти светской, то распри между монахами и архимандритами судились воеводами: так, в 1534 году полоцкий воевода судил монахов Предтеченского монастыря с их архимандритом; монахи жаловались, что архимандрит берет себе следующую им половину доходов; архимандрит отвечал, что когда полоцкий воевода или его урядники приезжают в монастырь, тогда архимандрит и чернецы вместе их угощают и дарят, а теперь чернецы не помогли ему обдарить пана воеводу, потому он и вычел из их половины доходов; чернецы возражали, что на потребы церковные и на дары воеводами есть деньги постригальные: когда кто идет в монахи, то дает по рублю грошей в казну монастырскую. В 1540 году вследствие жалобы монахов Уневского монастыря на львовского епископа Макария, поданной королю и митрополиту, дело рассматривалось перед девятью шляхтичами, четырьмя мещанами и возным. Макарий оправдался, но писал потом, что дело это стоило ему 20 волов, которых он должен был подарить пану Краковскому. Монахи признались, что они жаловались на хищность епископа только для того, чтоб высвободиться из-под его управления вопреки королевской грамоте, по которой монастырь их был отдан в управление Макарию. Через 15 лет, в 1555 году, дело возобновилось: архимандрит Уневского монастыря жаловался митрополиту Макарию на львовского епископа Арсения, что тот, приезжая в монастырь, грабит его, архимандрита зовет к суду пред короля и панов радных, желая привести монастырь в свою власть; король велел митрополиту рассмотреть дело; митрополит назначил срок епископу и архимандриту стать пред ним на суд и решил дело в пользу архимандрита, освободил монастырь из-под управления епископа, не обращая внимания на упомянутую выше грамоту короля Сигизмунда; тогда епископ жаловался королю на несправедливость митрополичья суда, и митрополит был позван на суд королевский. Иногда могущественные паны позволяли своим урядникам вмешиваться даже в духовный суд митрополита, и лица духовные в надежде на покровительство какого-нибудь могущественного вельможи позволяли себе пренебрегать властию митрополита: в 1554 году митрополит Макарий жаловался королю, что княгиня Слуцкая приказывает наместникам своим вступаться в дела духовные, судить священников, сажать их в заключение, разводить мужей с женами; когда митрополит за двукратную неявку к суду запретил отправлять службу слуцкому архимандриту Никандру, то последний митрополичьей грамоты не захотел и читать, служку, присланного с нею, прибил, а сам прибегнул к покровительству княгини Слуцкой, которая за него заступилась. Король запретил княгине подобные поступки.
   Короли по праву подаванья продолжали жаловать православные монастыри светским людям в управление: так, в 1562 году Сигизмунд-Август отдал полоцкий Предтеченский монастырь дворянину Корсаку с условием, чтоб он держал в монастыре наместника, особу духовную, человека ученого, который бы умел в делах духовных управляться по закону греческому. В 1568 году на городенском сейме митрополит Иона между прочими просительными статьями представил королю, чтобы достоинства духовные не раздавать людям светским, и если королю случится отдать духовную должность светскому человеку и последний в течение трех месяцев не вступит в сан духовный, то владыка вправе отбирать у таковых достоинства и хлебы духовные и раздавать людям духовным. Король отвечал, что просьба справедлива; но что если кто-нибудь из пожалованных не захочет вступить в духовное звание, то владыка не имеет права отбирать у него пожалования и отдавать другому, а доносит об этом королю, который сам отбирает пожалования и отдает другим, кого признает достойным. Такой ответ, как видно, был дан с тем, чтоб уклоняться, когда нужно, от исполнения просьбы: в 1571 году Сигизмунд-Август отдал киевский Межигорский монастырь безо всякого условия дьяку коронной канцелярии Высоцкому за верную службу, желая еще более усилить в нем ревность к службе; ясно, что дьяк, который должен был продолжать канцелярскую службу, не мог постричься в монахи. Но в других случаях припоминали ответ королевский, данный на городенском сейме. Король Стефан дал минский Вознесенский монастырь дворянину Невельскому, а тот, не желая вступать в духовное звание, передал монастырь с ведома королевского земянину Достоевскому, который не был даже православный; митрополит Илия и каштелян минский Ян Глебович жаловались королю, что Достоевский пользуется только доходами и вовсе не радит об управлении монастырем, и просили отдать последний земянину же минскому Михаиле Рагозе, человеку благочестивому и в священном писании знающему, который немедленно пострижется в монахи. Король исполнил их просьбу, ссылаясь на ответ Сигизмунда-Августа, данный на городенском сейме митрополиту. Это было в 1579 году; в 1581 видим жалованную грамоту дворянину Левоновичу на Браславский монастырь прямо с условием, чтобы он вступил в духовное звание. Иногда монастырь отдавался во владение светскому лицу и сыновьям его: так, Сигизмунд-Август отдал монастырь св. Спаса во Владимире Волынском Оранским-отцу и троим сыновьям, которые должны были владеть один за другим: и отец, и сыновья при этом освобождены были от обязанности постригаться в монахи, только должны были держать в монастыре викария-духовное лицо. Иногда такие владельцы закладывали монастыри. Виленский Троицкий монастырь принадлежал также к числу тех монастырей, которыми распоряжались короли; он был отдан королем митрополиту Онисифору Девочке. Но еще при жизни последнего, в 1584 году, бурмистры, радцы и лавники виленские греческого закона били челом королю, что вследствие редких посещений митрополичьих и дальности расстояния от Киева монастырь Троицкий обнищал и пришел в расстройство; дабы не пришел он в окончательный упадок, они просили короля отдать им его в управление по смерти митрополита Очисифора. Король исполнил просьбу, отдал им монастырь с тем, чтоб они собирали доходы и употребляли их на монастырские потребности, на поддержку строения, на содержание архимандрита, священников, чернецов, убогих монахинь, слуг церковных, на учреждение школ, где должны воспитываться дети людей, живущих в монастыре и при монастыре. Бурмистры, радцы и лавники получили право выбирать архимандритов в монастырь, которые не имеют права без их ведома распоряжаться монастырским имуществом; бурмистры, радцы и лавники должны выбрать одного или двух добрых людей сами собою или сообща с православными мещанами виленскими; эти выбранные добрые люди должны смотреть за доходами монастырскими и ежегодно отдавать об них отчет бурмистрам, радцам и лавникам. Монастыри с ведома королевского выбирали себе опекунов, которые имели обязанность охранять их выгоды.
   Мы видели, что в 1522 году вследствие челобитной, поданной королю Сигизмунду I монахами Киево-Печерского монастыря, восстановлена была у них община, которая пала от обнищания монастыря после татарских нашествий. Но восстановленная община существовала только при одном архимандрите Игнатии, преемники которого уничтожили ее для своих выгод, отдавая доходы монастырские детям своим и родственникам. Монастырь начал приходить в упадок, и старцы в половине века снова обратились к королю Сигизмунду-Августу с просьбою о восстановлении общины; король поручил это дело воеводе киевскому, князю Фридриху Глебовичу Пронскому и дворянину Оранскому, которые и написали устав для общины. Здесь определено, какие доходы должны идти в казну монастырскую, какие-архимандриту и клирошанам: за погребение монахи должны брать то, что им дадут, а не торговаться; братию свою должны хоронить и поминать одинаково, оставит ли кто после себя имение, идущее на монастырь, или не оставит ничего. Архимандрит и старцы едят и пьют в одном месте; во время стола происходит чтение; монахи не смеют выходить из монастыря без позволения архимандричьего и экономова; ослушников архимандрит с братиею имеют право наказывать по их духовному праву, имеют право высылать из монастыря. Кельи и сады находятся в общем пользовании: монах, желающий выйти из монастыря, келью свою не продает, берет только движимое имущество; платье и дрова монахам даются из казны церковной; чернецы не могут держать у себя бельцов, мальчиков и никакой живности: один архимандрит держит слугу и хлопца; печать церковная хранится в казне; архимандрит ведает одно церковное управление; доходы же и расходы и управление имениями находятся в заведовании эконома, палатника и братни; в доходах и расходах эконом и палатник дважды в год отдают отчет архимандриту и братии; архимандрит и старцы не могут принимать к себе монахов из Москвы и Валахии. Несмотря на то, в Москве не забывали Киево-Печерского монастыря: по царевиче Иване послано туда милостыни 100 рублей.