Что из этого получится, и получится ли — вопрос на 500 миллиардов долларов. Компьютерные компании водили за собой избранный программистский народ без малого сорок лет — споры о научности computer science закончились только в восьмидесятых. Но независимо от академического статуса services science и финансового положения компаний, упомянутых в этом тексте, в одном можно быть уверенным: T-shaped people не пропадут.
Считается, что IBM, которая вот уже в течение 13 лет подряд является рекордсменом по количеству зарегистрированных патентов, против патентования бизнес-процессов, однако это не совсем так. Корпорация действительно активно критикует современную патентную систему, однако когда речь заходит о патентовании бизнес-процессов, то юристы IBM выступают не за полный запрет, а за более строгую выдачу патентов.
Что происходит, когда такие патенты (и близкие к ним по духу софтверные патенты) выдаются бездумно, IBM демонстрирует на собственном примере. В октябре 2006 года корпорация подала два иска против Amazon, обвиняя интернет-магазин в незаконном использовании пяти технологий, запатентованных IBM. Разбираться в этом, конечно, должны юристы, но судя по названиям, это не самые инновационные или технологические патенты IBM, а именно:
• приложения в виде интерактивных сервисов (US 5,796,967);
• хранение данных в интерактивной сети (US 5,442,771);
• реклама в интерактивном сервисе (US 7,072,849);
• подстройка гиперссылок с учетом пользовательских целей и активности (US 5,446,891);
• заказ товаров с помощью электронного каталога (US 5,319,542).
Собственно, точно такие же иски можно было бы подать против Google или миллионов сайтов, демонстрирующих интернет-рекламу.
Конечно, можно предположить, что таким способом IBM пытается привлечь внимание к недостаткам патентной системы, однако старший вице-президент IBM Джон И. Келли III (John E. Kelly III) считает иначе: «для этой тяжбы есть очень простая причина — сознательное и недобросовестное использование того, что принадлежит IBM».
www.cbio.ru). Отметим лишь одну новую и очень наглядную идею, которая обещает рекордную производительность: метод нанопор. Молекула ДНК протаскивается через отверстие нанометровых размеров в мембране (см. рис.). Каждый нуклеотид, попадая в отверстие, изменяет электропроводность мембраны, причем на разную величину в зависимости от типа нуклеотида — что и позволяет (в принципе) конвертировать изменения чудовищно слабого электрического сигнала прямо в «буквы» кода. При этом не надо, как в других методах, дробить молекулу ДНК на маленькие фрагменты, а потом многократно дублировать и сопоставлять результаты их обработки. Если удастся преодолеть многочисленные проблемы и добиться расшифровки генома таким методом со скоростью 10 тысяч нуклеотидов в секунду, то небольшой твердотельный массив нанопор обеспечит секвенирование генома человека за 20 часов — по крайней мере, так обещает группа Джина Головченко (Jene Golovchenko), физика из Гарварда, реализующая один из вариантов этой идеи (любопытно, что среди многочисленных авторов других вариантов есть и сам Джордж Черч, уже сотрудничающий на этой почве с мощной компанией из мира полупроводниковых технологий Agilent Technologies, которая, не мелочась, оценивает потенциальную скорость такого секвенирования в миллион пар нуклеотидов в секунду — примерно по геному в час).
Запатентовано!
Уравнивание в правах технологий и бизнес-процессов, а также разговоры об инновациях в бизнесе имеют и неприятный побочный эффект. Если бизнес-процесс это тоже в каком-то смысле технология, если его можно оптимизировать, улучшить, изобрести — значит, его можно и запатентовать.Считается, что IBM, которая вот уже в течение 13 лет подряд является рекордсменом по количеству зарегистрированных патентов, против патентования бизнес-процессов, однако это не совсем так. Корпорация действительно активно критикует современную патентную систему, однако когда речь заходит о патентовании бизнес-процессов, то юристы IBM выступают не за полный запрет, а за более строгую выдачу патентов.
Что происходит, когда такие патенты (и близкие к ним по духу софтверные патенты) выдаются бездумно, IBM демонстрирует на собственном примере. В октябре 2006 года корпорация подала два иска против Amazon, обвиняя интернет-магазин в незаконном использовании пяти технологий, запатентованных IBM. Разбираться в этом, конечно, должны юристы, но судя по названиям, это не самые инновационные или технологические патенты IBM, а именно:
• приложения в виде интерактивных сервисов (US 5,796,967);
• хранение данных в интерактивной сети (US 5,442,771);
• реклама в интерактивном сервисе (US 7,072,849);
• подстройка гиперссылок с учетом пользовательских целей и активности (US 5,446,891);
• заказ товаров с помощью электронного каталога (US 5,319,542).
Собственно, точно такие же иски можно было бы подать против Google или миллионов сайтов, демонстрирующих интернет-рекламу.
Конечно, можно предположить, что таким способом IBM пытается привлечь внимание к недостаткам патентной системы, однако старший вице-президент IBM Джон И. Келли III (John E. Kelly III) считает иначе: «для этой тяжбы есть очень простая причина — сознательное и недобросовестное использование того, что принадлежит IBM».
www.cbio.ru). Отметим лишь одну новую и очень наглядную идею, которая обещает рекордную производительность: метод нанопор. Молекула ДНК протаскивается через отверстие нанометровых размеров в мембране (см. рис.). Каждый нуклеотид, попадая в отверстие, изменяет электропроводность мембраны, причем на разную величину в зависимости от типа нуклеотида — что и позволяет (в принципе) конвертировать изменения чудовищно слабого электрического сигнала прямо в «буквы» кода. При этом не надо, как в других методах, дробить молекулу ДНК на маленькие фрагменты, а потом многократно дублировать и сопоставлять результаты их обработки. Если удастся преодолеть многочисленные проблемы и добиться расшифровки генома таким методом со скоростью 10 тысяч нуклеотидов в секунду, то небольшой твердотельный массив нанопор обеспечит секвенирование генома человека за 20 часов — по крайней мере, так обещает группа Джина Головченко (Jene Golovchenko), физика из Гарварда, реализующая один из вариантов этой идеи (любопытно, что среди многочисленных авторов других вариантов есть и сам Джордж Черч, уже сотрудничающий на этой почве с мощной компанией из мира полупроводниковых технологий Agilent Technologies, которая, не мелочась, оценивает потенциальную скорость такого секвенирования в миллион пар нуклеотидов в секунду — примерно по геному в час).
Это только начало
Задача получить за 1000 долларов полную информацию о последовательности нуклеотидов в человеческом геноме выглядит вполне реальной. Немного смущает срок в 5-10 лет (X Prize взяла его не с потолка, а со слов самых авторитетных разработчиков быстрых методов секвенирования, но их оптимизм может оказаться немного преувеличенным). Однако рубеж в тысячу у. е. — это только промежуточный финиш. Самое интересное начнется после: полученную информацию надо будет интерпретировать.
Для начала текст можно сразу сократить на порядок, вычеркнув накопившуюся за миллиарды лет явно бессмысленную информацию. Внутри генов можно исключить из рассмотрения интроны — участки, которые вырезаются после синтеза матричной РНК. Зато придется учесть, что некоторые гены разбросаны по хромосомам, другие кодируют сразу несколько белков и т. д. — в общем, до начала анализа надо будет свести объем информации к осмысленным «словам». Большинство из этих примерно 30000 генов (вернее, пар генов) придется исключить из рассмотрения: идентифицировать функции каждого из закодированных в генах белков — задача куда более сложная, чем разработать метод дешевого секвенирования генома, а протеомика — очень молодая наука.
Выявление фенотипических проявлений генного полиморфизма (вариантов структуры генов, существенных для функций их белков) — следующий этап на пути к практическому применению информации об индивидуальном геноме. Обратите внимание: для анализа персонального генома надо исследовать не одну, а обе хромосомы в каждой из 23 пар — поэтому в условиях конкурса и указаны не три, а шесть миллиардов пар нуклеотидов. Даже такие простые признаки, как цвет кожи или глаз, определяются несколькими парами генов.
Организм состоит из сотен типов клеток, и в каждом из них активна только часть генов — и активна по-разному, в зависимости от множества внешних и внутренних факторов. Вспомните школьный учебник биологии с рисунками двух овечек одной породы (у той, которая выросла в холодном климате, шерсть заметно гуще и длиннее) и представьте, сколько сотен разных белков у них функционируют по-разному.
Белки регулируют активность друг друга (а также — своих и чужих генов) множеством прямых и обратных связей, а метаболомика, которая изучает эти связи и их механизмы, — еще более молодая наука, чем протеомика. Только между мужчинами и женщинами в одном из недавних исследований выявили около двух тысяч различий в функциях одних и тех же белков! И это между «мужчинами вообще» и «женщинами в целом».
Уже сейчас достаточно точно известна роль тысяч генов, определяющих неизбежные наследственные болезни или повышение вероятности многих наследственно обусловленных заболеваний (а к ним, по осторожным оценкам, относится не меньше половины человеческих болячек). А главное — в общих чертах известно, что, где и как искать. Фармакогеномика сейчас делает самые первые шаги — не столько из-за неполноты знаний, сколько из-за высокой стоимости анализа индивидуальных и даже расовых различий в работе ферментов. Когда расшифровка генома станет процедурой, доступной рядовым гражданам не слишком бедных стран, по такому анализу можно будет получить прогноз индивидуальной предрасположенности к заболеваниям — а кто предупрежден, тот вооружен. И для лечения болезней можно будет назначать наиболее подходящие конкретному больному препараты в оптимальной дозировке.
Тысяча долларов — это не просто круглая цифра. Давно подсчитано, что производство лекарств и оказание медицинских услуг становятся рентабельными, если они доступны хотя бы каждому третьему из нуждающихся в них. Реальная стоимость «генетического паспорта» будет больше — ведь полученные данные необходимо проанализировать и разработать на их основе индивидуальные рекомендации. Но ожидаемая польза для здоровья сто,ит и намного большей суммы. А для человечества в целом затраты на разработку методов быстрого и дешевого секвенирования генома несомненно окупятся.
Александр Чубенко,
главный редактор интернет-журнала "Коммерческая биотехнология"
Сопутствующая фантастика
Что же, собственно, получит пациент после того, как его геном будет, наконец, прочитан? Ответы на этот вопрос, которые сегодня дают серьезные специалисты, звучат сдержанно. Вот что пишет, например, Джордж Черч в журнале Edge о том, как это происходит сейчас: «По результатам анализа вашего генома компании либо дадут вам генеалогическую информацию о вас и ваших предках, либо медицинскую — если окажется, что у вас одна из небольшого количества генетических болезней, которые поняты настолько хорошо, что в этом случае можно что-то предпринять. Но другой информации они вам, как правило, не дадут — не скажут о тех вещах, которые нельзя вылечить или предупредить. Вам просто пришлют отчет, где простыми словами будет сказано, к какому врачу обратиться, какие анализы сделать и т. п.».
Черч называет эту не слишком вдохновляющую перспективу «аналитическим уровнем» проблемы персонального генома. Разумеется, создание персонализованных лекарств и методов лечения не отменяется. Однако в качестве концептуальной альтернативы — синтетического подхода к персональной геномике — Черч выдвигает нечто откровенно фантастическое: перестройку и конструирование живых систем. Впрочем, фантастика здесь смешана с уже предпринятыми практическими шагами: возглавляемая Черчем BioFab Group вовсю работает над переносом принципов конструирования электронных схем в область биологических систем. Бактерии в экспериментах уже выстраиваются по команде в слова «Hello, world» — но даже краткое обсуждение этой работы слишком далеко уведет нас от заданной темы.
Отметим лишь, что выстраивание дальних и именно фантастических (то есть знакомых с детства по научной фантастике) перспектив давно стало одним из важнейших механизмов продвижения крупных научных и технологических проектов.
Несравненно более скромный, чем у Черча, но тоже яркий, а главное, немедленно реализуемый вариант НФ-сопровождения своих проектов разрабатывает уже упоминавшаяся 454 Life Sciences (название часто сокращают до 454). Речь о нашумевшем плане секвенирования генома неандертальца. Работа идет в сотрудничестве с генетиком из Института Макса Планка Сванте Пэбо (Svante Pa..a..bo), известным своими исследованиями митохондриальной ДНК, выделенной из окаменевших костей неандертальца. Пэбо, изобретатель технологий анализа древних ДНК, давно хотел заняться полным секвенированием неандертальского генома, но никак не мог найти подходящую техническую базу — и тут ему как раз позвонил основатель 454 Джонатан Ротберг (излагаю историю по интервью, данному вице-президентом 454 Майклом Эгхольмом [Michael Egholm] журналу Technology Review). Главная сложность задачи — в плохом качестве генетического материала, извлеченного из костей, пролежавших в какой-то хорватской пещере 38000 лет, и компенсировать это можно обработкой примерно в 20 раз большего количества нуклеотидов, чем обычно. Отличный случай протестировать новую ускоренную технологию, разработанную 454! Для разминки уже проделаны тестовые «сканы» участков длиной в миллион пар нуклеотидов — прежний рекорд для неандертальцев составлял несколько сотен. Но главная НФ-задача впереди: попытаться выяснить, какие гены отвечают за то, что мы все-таки стали людьми. Недавно было проведено секвенирование генома шимпанзе. Различие с нами — в 35 млн. пар. В 454 исходят из того, что шимпанзе и мы разошлись в эволюционном развитии 5 млн. лет назад, а неандертальцы и мы — только 500 тысяч лет назад. План такой: взять эти 35 млн. пар и посмотреть, что в этих местах записано в геноме неандертальца — то, что у нас, или то, что у шимпанзе. На тех нескольких миллионах пар, которые уже просеквенированы, ДНК неандертальцев лишь в четырех процентах случаев совпадает с ДНК шимпанзе, в остальном они ближе к людям. «Эти-то четыре процента — самые интересные! — говорит Эгхольм. — Мы надеемся, что там могут быть гены, ответственные за высшие поведенческие функции. Было бы потрясающим успехом найти гены, ответственные за речь, познавательные способности, развитие мозга. Можно представить себе, что когда будут возникать гипотезы о том, какие гены у человека отвечают за высокоуровневое восприятие, мы сможем сравнить их с геномом неандертальцев и посмотреть, есть ли различия».
По поводу проектов персонального секвенирования генома
Когда можно ожидать решения задачи быстрого и дешевого секвенирования индивидуального генома?
— Не знаю. Знал бы — сильно бы разбогател!
Могут ли методы, создаваемые для этой задачи, дать возможность не только выявлять наследственные болезни и индивидуально подбирать лекарства, но и прогнозировать (определять) черты характера, особенности психики, поведения?
Можно ли генетическим анализом собирать информацию о таких чертах личности человека? В какой мере они определяются генетическими данными?
— Теоретически, наверное, да — но это уже и сейчас возможно, скорость секвенирования тут ни при чем. Практически — самые грубые вещи, типа слабоумия, или несколько более тонкие (общий уровень гормонального фона, уровень тех или иных нейромедиаторов) определяются генетически и в какой-то мере определяют характер человека. Но вот совсем тонкие особенности личности тоже, конечно, определяются во многом генетически, но не одним геном, а взаимодействием очень многих генов и их регуляцией. И тут уже играют важную роль всякие случайности при развитии. В сущности, это ключевой вопрос всей генетики, быстрым ответом тут не обойдешься, и точек зрения очень много.
Компания 454 Life Sciences, работающая над ускорением секвенирования, открыла большой проект сравнительного исследования генома неандертальцев, современного человека и высших обезьян — в попытке найти генетическую информацию, определяющую способность к планированию, абстрактному мышлению и т. п. (сравнивая те участки, что совпадают у неандертальцев и шимпанзе, но отличаются у нас). Ваше мнение о перспективах такого подхода?
— Уже во многих исследованиях показано, что есть гены, которые быстро эволюционируют у приматов и особенно у человека; многие из них действительно работают в мозге, регулируя количество нейронов, их развитие, миграцию, прорастание отростков, взаимодействие. Мутации в этих генах вызывают микроцефалию, слабоумие и т. п. То есть некоторые гены, отвечающие за интеллект, известны. Но это пока знания на очень грубом уровне, в духе таких аналогий: если электричество отключить, компьютер работать не будет; если перерезать провод к монитору, то работать будет, а показывать — нет.
Дальше все упирается не в генетиков, а в нейрофизиологов и нейропсихологов. Если бы было известно, какие структуры мозга отвечают за перечисленное вами, то можно было бы искать гены, от которых зависит развитие этих структур (если есть тонкий глюк в процессоре, то чтобы его изучать, надо сначала узнать, что среди этих разноцветных штучек с проводками где-то есть процессор, обнаружить его и примерно понять, как он работает). И скорее всего, такие тонкие вещи зависят от структуры мозга в целом, а значит, от взаимодействия большого числа генов. А на «простом уровне» один ген может отвечать только за очень грубые дефекты. К тому же скорее всего тут дело даже не в генах, а в регуляторных механизмах, определяющих, когда и как гены работают. Впрочем, это все не более чем educated guesses (догадки осведомленного человека. — Л..Л.-М.).
Занимаются ли наши компании и/или ученые задачами ускорения секвенирования?
— У нас простого-то секвенирования толком нет (один из академических научных центров уже который год секвенирует бактерию), про ускорение речь вообще не идет. Вот проанализировать чужие данные, это да, это мы умеем, — биоинформатика в России вполне конкурентоспособна.
Михаил Гельфанд,
доктор биологических наук, специалист по биоинформатике
РЫНКИ: Мелодичная расплата: Кто будет торговать музыкой в Рунете
Автор: Родион Насакин
О том, что рынок онлайн-музыки в русскоязычном сегменте Сети кардинально отличается от западного, знает практически каждый. У нас и цены на треки совсем другие, и способы оплаты предпочитают иные, и регламентирующие бизнес правовые нормы довольно специфичны, да и рыночные доли мировых интернет-ритейлеров композиций несущественно отличаются от нуля. Однако уже произошли и ожидается еще несколько важных событий, в результате которых структура отечественного рынка окажется более похожей на западный вариант или же непредсказуемо изменится. И пока неясно, у кого и по какой цене местные меломаны будут покупать музыку через год-другой.
По проблемной части все присутствующие на конференции сошлись на том, что пока законодательство России позволяет существовать онлайн-шопам, которые не заботятся о выплате прямых отчислений правообладателям и могут устанавливать весьма привлекательные конечные цены порядка десяти центов за композицию, проблематично продвигать в стране бизнес, работающий по корректной с точки зрения международного права модели. Но игнорировать российский сегмент мировые лейблы тоже не хотят.
В результате в текущем году рынок начало слегка лихорадить под ветром надвигающихся перемен. Перво-наперво развитие получило вялотекущее судебное преследование отечественного музыкального интернет-магазина Allofmp3.com зарубежными представителями звукозаписывающей индустрии. В феврале прошлого года IFPI уже обращалась в московскую прокуратуру, обвиняя сайт в распространении нелицензионных записей и неуплате роялти, но в возбуждении дела ассоциации отказали. Allofmp3.com чист перед российским законом, поскольку исправно делает отчисления обществам, специализирующимся на коллективном управлении авторскими правами.
В мае нынешнего года IFPI опять попыталась решить вопрос с помощью российского законодательства. По сей день в Черемушкинском суде Москвы рассматривается дело бывшего генерального директора ООО «Медиасервисес» (владельца Allofmp3.com), обвиняемого по статье 146 УК РФ (Нарушение авторских и смежных прав). В июне британский аналог IFPI — Британская ассоциация производителей фонограмм (BPI) подала иск к Allofmp3.com в британский суд, который, разумеется, признал действия владельцев портала неправомерными, но истцам этот вердикт принес лишь моральное удовлетворение, поскольку владелец портала зарегистрирован в Москве.
О том, что рынок онлайн-музыки в русскоязычном сегменте Сети кардинально отличается от западного, знает практически каждый. У нас и цены на треки совсем другие, и способы оплаты предпочитают иные, и регламентирующие бизнес правовые нормы довольно специфичны, да и рыночные доли мировых интернет-ритейлеров композиций несущественно отличаются от нуля. Однако уже произошли и ожидается еще несколько важных событий, в результате которых структура отечественного рынка окажется более похожей на западный вариант или же непредсказуемо изменится. И пока неясно, у кого и по какой цене местные меломаны будут покупать музыку через год-другой.
Козел отпущения
Летом сего года в Москве состоялась конференция, на которой обсуждались вопросы отечественного рынка цифровой музыки, в том числе, разумеется, пиратство и возможность ведения легального бизнеса. Поскольку нелегальной деятельность нынешних магазинов онлайн-музыки в Рунете считают преимущественно западные потенциальные конкуренты, вполне понятен примерный список участников. О том, что делать с Рунетом, говорили представители российского отделения IFPI (Международная ассоциация производителей фонограмм), западного аггрегатора авторских прав The Orchard и одного из легальных по меркам международного законодательства продавцов онлайн-музыки в России. Отечественный рынок с объемом ежегодных продаж, по различным оценкам, в $150—300 млн. стал слишком лакомым кусочком для мировой звукозаписывающей индустрии, чтобы и дальше оставлять его в руках музыкальных онлайн-флибустьеров.По проблемной части все присутствующие на конференции сошлись на том, что пока законодательство России позволяет существовать онлайн-шопам, которые не заботятся о выплате прямых отчислений правообладателям и могут устанавливать весьма привлекательные конечные цены порядка десяти центов за композицию, проблематично продвигать в стране бизнес, работающий по корректной с точки зрения международного права модели. Но игнорировать российский сегмент мировые лейблы тоже не хотят.
В результате в текущем году рынок начало слегка лихорадить под ветром надвигающихся перемен. Перво-наперво развитие получило вялотекущее судебное преследование отечественного музыкального интернет-магазина Allofmp3.com зарубежными представителями звукозаписывающей индустрии. В феврале прошлого года IFPI уже обращалась в московскую прокуратуру, обвиняя сайт в распространении нелицензионных записей и неуплате роялти, но в возбуждении дела ассоциации отказали. Allofmp3.com чист перед российским законом, поскольку исправно делает отчисления обществам, специализирующимся на коллективном управлении авторскими правами.
В мае нынешнего года IFPI опять попыталась решить вопрос с помощью российского законодательства. По сей день в Черемушкинском суде Москвы рассматривается дело бывшего генерального директора ООО «Медиасервисес» (владельца Allofmp3.com), обвиняемого по статье 146 УК РФ (Нарушение авторских и смежных прав). В июне британский аналог IFPI — Британская ассоциация производителей фонограмм (BPI) подала иск к Allofmp3.com в британский суд, который, разумеется, признал действия владельцев портала неправомерными, но истцам этот вердикт принес лишь моральное удовлетворение, поскольку владелец портала зарегистрирован в Москве.