Второй вопрос, на который патриарх Филарет обратил свое внимание, был вопрос о невинных страдальцах за исправление церковных книг: архимандрите Троицкого монастыря Дионисии, старце Арсении Глухом и священнике Иване Наседке, который хотя не томился в заключении, но отлучен был от Церкви и от священнослужения. Когда патриарх Иерусалимский Феофан прибыл в Москву, он нашел здесь еще "любопрящихся мнозех о прилозе (и огнем)", как сам свидетельствует в грамоте, присланной им впоследствии в Россию, и скоро узнал "от многих истинных ведцов", какая участь постигла людей, предлагавших исключить этот прилог из известной церковной молитвы. Феофан понял, что они были правы, но своею властию не счел себя вправе отменить состоявшееся об них решение Собора. Он только "подаде Дионисию руку помощи, да вознесется правда его" и постарался немедленно облегчить его участь, может быть объяснив государю невинность справщиков: по крайней мере Дионисий освобожден был из своего заключения еще до прибытия Филарета Никитича из Польши и встречал его в селе Хорошове вместе с бывшим своим судиею и обвинителем Крутицким митрополитом Ионою. А лишь только Филарет сделался патриархом, то Феофан посоветовал ему пересмотреть дело об осужденных справщиках.
   В то же время один из справщиков, Наседка, чтобы познакомить нового патриарха с своим делом, подал ему обширную "Речь", в которой подробно изложил, за что он и его товарищи были обвинены. "Речь" эту, состоящую из 30 глав, хотя Наседка вел и от своего лица, по справедливости должно назвать речью от лица всех трех обвиненных справщиков, потому что он поместил в ней, большею частию дословно, почти все то, что мы видели в речи архимандрита Дионисия ко всем православным христианам и в речи, или послании, старца Арсения к боярину Салтыкову. Наседка только расположил все это в другом порядке, не говоря, откуда заимствовал, а от себя прибавил несколько вставочных рассуждений и объяснений и указал несколько новых примеров повреждения церковных песней и молитв. В первых 12 главах он раскрывал, почему справщики исключили из молитвы на Богоявление прибавку "и огнем", в остальных 22 - почему они марали концы некоторых молитв, и привел многочисленные примеры таких молитв. В "Речи" своей, поданной патриарху Филарету, Наседка сначала только униженно просил себе прощения за тот соблазн и смуту, какие произведены им в царствующем граде (гл. 1), но потом именем Христа Бога и ответственностию на Страшном суде умолял первосвятителя не отвергнуть этой представляемой ему "Речи", или просьбы, как еретической, а с рассуждением исследовать ее и, если справщики заблудили от истины, обратить их на путь правый, а если они верны истине, то оправдать их (гл. 13). Вместе с своею "Речью" Наседка, как сам свидетельствует (в гл. 12), представил Филарету и свое сочинение против Антония Подольского.
   Спустя неделю после поставления Филарета Никитича, следовательно, 2 июля оба патриарха повелели Ионе, митрополиту Крутицкому, предложить дело Дионисия и его товарищей на Соборе. Это был уже Собор не одного московского духовенства, судивший прежде и осудивший исправителей Требника, но Собор всех русских архиереев с подчиненными им духовными лицами в присутствии двух патриархов и самого государя. На Соборе происходили многие прения и изыскания от Божественных писаний, Дионисий стоял в ответе более восьми часов и опровергал возражения всех своих обвинителей-клеветников. И все они были посрамлены вместе с Крутицким митрополитом Ионою. А преподобный Дионисий был похвален и прославлен от самого царя Михаила Федоровича и явился как истинный страдалец, стоявший крепко за Божественное писание. Патриархи же, и митрополиты, и архиепископы, и весь освященный Собор удивлялись ему, целовали его все любезно и благословляли его радостною душою. Дионисий с великою честию и со многими дарами отпущен был в лавру. Здесь он в скором времени имел радость принимать у себя своего главного благодетеля - патриарха Феофана, пожелавшего посетить знаменитую обитель русскую и поклониться мощам ее основателя. Дионисий со всею братиею сделал Феофану царскую встречу и потом оказывал ему всевозможные почести. Патриарх совершил в Троицком соборе литургию, присутствовал за братскою трапезою и почти непрерывно плакал, но плакал, как сам объяснил, слезами радости, видя святую обитель, потерпевшую столько бед и скорбей во время продолжительной осады от врагов, но спасенную милостию Божиею и теперь радующуюся и торжествующую. Пожелал видеть всех тех иноков, которые во дни осады возлагали на себя броню, брали оружие в руки и крепко ратовали. Таких оказалось более двадцати. Патриарх всех их благословил, любезно целовал и отпустил с похвалами. Пред отъездом из лавры, помолившись у мощей преподобного Сергия, Феофан снял с себя клобук, положил его у ног великого чудотворца, потом поцеловал и с молитвою возложил на главу архимандрита Дионисия, завещав, чтобы как Дионисий, так и преемники его носили этот клобук на благословение от Иерусалимского патриарха, а братии повелел записать об этом на память будущим родам. Вместе с Дионисием оправданы были на Соборе и его сотрудники: Арсений и Наседка. Арсений не только освобожден был из своего заточения, но, как человек просвещенный и благонадежный, сделан был справщиком печатных книг и много лет потрудился на Печатном дворе. А поп села Клементьева Иван Наседка не только получил разрешение священнодействовать, но удостоился быть священником и ключарем московского кафедрального Успенского собора. Согласившись на оправдание Дионисия и его товарищей, Филарет Никитич не решился, однако ж, тотчас исключить из молитвы на Богоявление слово "и огнем". Он просил Феофана пред самым выездом его из Москвы (4 февраля 1620 г.) посоветоваться об этом с прочими патриархами, выписать означенную молитву из древних греческих богослужебных книг и прислать за подписями всех патриархов, а до того времени приказал печатать ее в Требнике по-прежнему, с прибавлением "и огнем", и только на поле припечатать: "Быти сему глаголанию до соборнаго указу". Патриарх Феофан, отпущенный из Москвы с богатою милостынею, хотя обещался исполнить желание Московского первосвятителя, не мог исполнить этого скоро. Долго пробыл он в Киеве, потом в Валахии, где находился еще в двадцатых числах марта следующего года. А когда возвратился к своей пастве, то немало времени потребовалось на сношения его с прочими патриархами по возложенному на него поручению.
   В это-то время, когда в Москве ожидали ответа патриархов по занимавшему всех вопросу, ключарь Успенского собора Иван Наседка, конечно, с благословения своего первосвятителя (иначе было невозможно) написал новое сочинение против незаконной прибавки "и огнем" в богоявленской молитве. Сочинение написано в спокойном духе, без резкой полемики, какою отличались прежние сочинения Наседки в том же роде, и разделено на сорок небольших глав с особыми надписаниями. Первая озаглавлена "О обновлении апостольском и о действе Духа Святаго над крещаемыми верными не огненным явлением, но невидимым". Вторая - "О крещении огняном и о муце вечней". Третья - "О Бозе, яко не огнь есть Бог, но действо Его огнь". В четвертой главе изложено то, что "на Соборе дано (было) Крутицкому Ионе о самой молитве, о нейже раздор" и чем справщики доказывали незаконность в ней прибавки "и огнем" и оправдывали себя. В следующих главах говорится о Крещении Господнем и о всемирном крещении, о разделении даров Святого Духа, о силе Святого Духа и Его действиях, о различии явлений Божиих и пр. и пр. Сочинитель доказывал, что Сам Господь крестился водою и Духом, а не огнем; апостолы крестили водою и Духом, а не огнем; все освящается, следовательно и вода, Духом Святым, а не огнем; в Боге только Три Лица, а нужно было бы допустить и четвертое, если бы вода освящалась не одним Духом Святым, но и огнем, и подобное. В основу своих мыслей автор приводил места из Священного Писания, а больше из толкового Евангелия и Апостола, из писаний Дионисия Ареопагита, Григория Богослова, Иоанна Златоуста, Дамаскина и еще больше из песней и молитв церковных. Но, раскрывая таким образом во всех подробностях незаконность прибавки "и огнем" в молитве на Богоявление, Наседка делал, однако ж, в своем сочинении следующие заметки: "А еже рещи: "Духом Святым и огнем", то с греческими переводы достоит справитися" (гл. 30), или в другом месте: "И аще в греческих переводех будет писано, да будет се приятно; аще ли же несть, мы, безумнии, сего не вемы" (гл. 27). Отсюда можно догадываться, что сочинение Наседки писано, когда еще не был получен ответ от Восточных патриархов, и имело целию показать, что патриарх Филарет поступил правильно, когда, с одной стороны, признал на Соборе незаконность прибавки "и огнем" и оправдал прежде осужденных справщиков, а с другой - не решился тотчас исключить этой прибавки из церковной молитвы, но просил навести справки о ней по греческим спискам и ожидает ответа Восточных первосвятителей.
   Наконец 5 апреля 1625 г., следовательно, спустя более пяти лет со времени отъезда Иерусалимского патриарха из Москвы прибыли от него к нашему государю и патриарху послы: архимандрит Кирилл, келарь Акакий да старец Герман - и привезли от патриархов Александрийского Герасима и Иерусалимского Феофана грамоты и греческие списки молитвы на Богоявление. Александрийский патриарх адресовал свою грамоту (писанную еще в 1623 г.) на имя самого государя Михаила Федоровича и, выражая ему свои приветствия и благожелания, свидетельствовал, что Кормчие Восточной Церкви неуклонно сохраняют все апостольские предания, писаные и неписаные, без всяких прибавлений и убавлений и что он при всех изысканиях в греческих книгах нигде не нашел прилога "и огнем" в молитве великого освящения воды. Затем удивлялся, откуда появился этот прилог в Русской Церкви, разве только "от некиих мненомудрых", и выводил заключение: "Тем же убо сему прилогу всячески не подобает в вас пребывати, но паче отвержену быти далече". Наконец, умолял государя не допускать у себя любопрения о таких вещах и неподвижно хранить предания святых отцов, писанные и неписанные. Грамота Иерусалимского патриарха была несравненно обширнее и обращена ко всем православным христианам и епископам Великия и Малыя России. Сказав, что он сам, когда находился в Москве, нашел многих любопрящихся о прилоге "и огнем" в молитве на освящение воды и, выразив недоумение, "како, от древняго ли обычая или от неуков, и неписменных мужей, и неискусных, множицею книги любодействующих, удержася и случися сей прилог", Феофан старался доказать православным "нелепость" этого прилога. Вы ссылаетесь, говорил первосвятитель, на слова Иоанна Крестителя о Христе: Той вы крестит Духом Святым и огнем (Мф. 3. 11). Но Креститель разумел два различных крещения: крещение Духом Святым здесь и крещение огнем, геенское, в жизни будущей, как видно из всего хода речи. Когда Иоанн, как повествует евангелист, увидел многих фарисеев и саддукеев, идущих к нему креститься, то сказал им: Порождения ехидны! Кто внушил вам бежать от будущего гнева? Сотворите же достойный плод покаяния. Уже и секира при корне дерев лежит; всякое дерево, не приносящее доброго плода, срубают и бросают в огонь. Я крещу вас водою в покаяние, но идущий за мною... Он будет крестить вас Духом Святым и огнем. Лопата Его в руке Его, и Он очистит гумно Свое, и соберет пшеницу Свою в житницу, а солому сожжет огнем неугасимым (Мф. 3. 7 - 12). То есть Иоанн сказал фарисеям и саддукеям: "Если вы идете ко мне действительно с покаянием и принесете достойные плоды покаяния, то Христос крестит вас Духом Святым, а если идете ко мне без покаяния и не принесете плодов покаяния, то не убежите от будущего гнева: Христос крестит вас огнем, как бросают в огонь всякое дерево, не приносящее плода, и, как солому, сожжет огнем неугасимым". В подтверждение своего толкования Феофан привел следующий тропарь из службы на Богоявление: "Огнем крещает конечным Христос неверующих и небогомудрствующих Его, Духом же обновляет и водою благодати познавающих Того Божество". Далее Феофан указывал на слова Спасителя к апостолам: Иоанн крестил есть водою, вы же имате креститися Духом Святым (Деян. 1. 5) без прибавления "и огнем", на разные тексты Священного Писания о всеосвящающей силе Духа Святого, на церковные молитвы, в которых выражается та же самая мысль, и объяснял, что если веровать, будто вода на Богоявление освящается не одним Духом Святым, но и огнем, то этим огонь представляется таким же Божеским Лицом, каков и Дух Святой, и в Боге вместо Троицы вводится четверица. Удостоверял также, подобно Александрийскому патриарху, что не нашел нигде в греческих книгах прилога "и огнем", и убеждал: "Тем же, о христолюбивый, не подобает глаголати: "Духом Твоим Святым и огнем", но довлеет едино глаголати: "Духом Твоим Святым". Эти патриаршие грамоты, принесенные в Москву вместе с списками из греческих книг молитвы богоявленской на освящение воды за подписями патриархов, рассеяли наконец сомнения патриарха Филарета, и он 9 декабря 1625 г. издал окружной указ, которым предписывал духовным властям отобрать из всех подведомых церквей печатные Требники, замарать в них прибавку "и огнем", равно как и сделанную касательно ее на поле заметку, с тем чтобы впредь эта прибавка никогда уже не читалась в молитве на Богоявление.
   Третий вопрос, давно уже ожидавший патриаршего решения, касался православных, отшедших по Столбовскому договору (27 февраля 1617 г.) под владычество шведов. Еще при заключении этого договора шведы настаивали, чтобы в уступленных Швеции городах Кореле, Орешке, Иван-городе, Копорье и Яме и в их уездах оставалось русское духовенство. В следующем году, когда шведские послы приходили в Москву для утверждения Столбовского договора, они просили, чтобы из названных городов и уездов дозволено было игуменам, попам и дьяконам приезжать для поставленья и благословенья к Новгородскому митрополиту и чтобы митрополит принимал их, и благословлял, и разрешал в духовных делах по-прежнему. Но в Москве митрополиты, архиепископы и епископы, а с ними и бояре сказали, что совершенного ответа на это учинить не могут, потому что "в то время в Российском государстве крайнего и высочайшего святителя, святейшего патриарха, не было", и дело было отложено до избрания патриарха. Когда же патриарший престол в Москве занят был наконец Филаретом Никитичем, тогда сам митрополит Новгородский Макарий, переведенный в Новгород из Вологды 22 июля 1619 г., переезжая чрез Москву, спрашивал царя и патриарха: как относиться ему к духовенству тех городов и уездов, которые уступлены Швеции, давать ли этому духовенству антиминсы и благословение? Вместо ответа царь и патриарх в августе прислали Макарию "образцовый список грамоты", с которою он должен был обратиться к игуменам, попам и дьяконам означенных городов и уездов. Этою грамотою Макарий извещал их, что, прибыв недавно на новую свою кафедру, Новгородскую, он с благословения святейшего патриарха не только не хочет отвергать и отлучать их от себя, хотя они находятся теперь под иноземною властию, напротив, желает иметь их по-прежнему членами своей духовной паствы, что они могут приходить к нему по всем делам духовным и получать от него благословение, посвящения на церковные степени, антиминсы и все относящееся к благоустройству храмов и что с повеления великого государя царя Михаила Федоровича приезд им в его царскую отчину по духовным делам будет вольный, и обид, и задержанья, и укоризненных слов ни от кого и ни в чем им не будет и сомневаться в этом они не должны, потому что "благочестивая вера утесненья никому не творит, но паче всем всюду мир и благословенье простирает". Спустя три года Макарий снова обращался в Москву с вопросом: давать ли ему разрешение и благословение на исправление ветхих церквей и на постройку новых и выдавать ли антиминсы христианам, которые во множестве приходят к нему с просьбами о том из городов и уездов, отошедших к Швеции? Царь и патриарх отвечали (в ноябре 1622 г.) своими грамотами Новгородскому митрополиту и воеводе, чтобы митрополит относился к этим христианам, как ему уже было разрешено прежде, благословлял им постройку и обновление церквей, выдавал антиминсы, ставил попов и пр., но под условием, если христиане те будут приходить к нему и просить его по своим делам духовным с ведома и дозволения местных шведских градоначальников и державцев, а не тайно, и чтобы в таких случаях сносился с этими светскими начальниками не сам митрополит, лицо духовное, а новгородский воевода с ведома и совета митрополичьего. Скоро, однако ж, шведы начали лютеранскую пропаганду между православными, находившимися под их властию, и еще в 1624 г. новгородскому воеводе велено было отвечать шведским державцам, требовавшим выдачи перебежчиков, чтобы они, шведы, "нашим людям в вере тесноты не чинили и не гонили, а учнут в вере теснить и гоненье чинить, и им поневоле будет бегать". В следующем году король Густав Адольф завел даже в Стокгольме с целью той же пропаганды славянскую типографию, в которой напечатан был Лютеров Катехизис на русском языке и на финском славянскими буквами. И эта пропаганда была, вероятно, не без успеха, потому что, когда в 1629 г. новгородские воеводы спросили государя, пускать ли им в кремль и Софийский собор для поклонения угодникам Божиим русских людей, которые приходят из уступленных Швеции городов и уездов и сами просят о том, от государя последовал приказ, чтобы воеводы предварительно разведывали, не пошатнулись ли эти русские люди в православии и не пристали ли к Лютеровой вере; тех, которые окажутся еще твердыми в православии, пускать в церкви, находящиеся в посаде, но не в кремль и не в Софийский собор, а тех, которые уже пошатнулись в православии и пристали к Лютеровой вере, не пускать и в посадские церкви, чтобы "нашей православной вере поруганья не было".
   Во второе лето патриаршества Филаретова, следовательно, не прежде начала последней половины 1620 г. два московских священника, Иван и Евфимий, от церкви Рождества Пресвятой Богородицы в Столечниках возвестили патриарху, что митрополит Сарский и Подонский Иона не велел им крестить ляхов Яна Слободского да Матвея Светицкого, пожелавших принять православие, а велел только миропомазать и допустить к святому причастию, и представили самую хартию, выписанную для них по митрополичьему указу из известного вопрошения Кирикова Новгородскому епископу Нифонту о принятии латинян чрез миропомазание. Филарет, как сам выражается, не презрел такого раскола и приказал Ионе стать пред собою. Вместе с Ионою стали и священники Иван и Евфимий и повторили на него то же самое, что прежде сказали патриарху. Патриарх заметил Ионе, что он вводит новое. Но Иона не покорился и утверждал, что латинян крестить не следует, что так писано на Шестом Вселенском Соборе, да и везде писано в Божественном писании. Тогда патриарх начал объяснять Ионе от правил святых апостолов и святых отцов, что еретическое крещение не есть крещение, но более осквернение, ссылаясь на 46-е и 50-е правила апостольские да на 19-е Первого Вселенского Собора. Затем первосвятитель напомнил митрополиту Ионе о патриархе Игнатии, как он, угождая "еретиком латинския веры", ввел еретичку Марину в Успенский собор, не крестив ее совершенным крещением, а только миропомазав, и потом обвенчал ее с растрыгою, и удостоил обоих святого причащения, и за то низринут был священноначальниками Русской Церкви от престола и от святительства. Напомнил и о патриархе Гермогене, как он настоятельно требовал, чтобы королевич польский Владислав, избранный на государство Московское, был крещен по-православному, и составил даже записку, выбранную из правил святых апостолов и отцов, о необходимости крестить еретиков при обращении их в православие. Сказал также, что и сам он, Филарет, по приказанию Гермогена старался тогда изучить правила святых апостолов и отцов и пришел к убеждению, что все еретики различных еретических вер не имеют истинного крещения и потому от всех еретических вер приходящих к православию должно вновь крестить совершенным крещением, и что "латиняне-папежники суть сквернейшие и лютейшие из всех еретиков, ибо они приняли в свой закон проклятые ереси всех древних еллинских, жидовских, агарянских и еретических вер и со всеми погаными язычниками, со всеми проклятыми еретиками обще все мудрствуют и делают". В заключение патриарх сказал Ионе: как же ты начинаешь вводить в царствующем граде противное правилам святых апостолов и святых отцов и велишь принимать латинян, "сущих, аки псов, и ведомых врагов Божиих", не чрез крещение, а только чрез миропомазание, а потом допускать их к святому причастию и венчать на русских дщерях? Почему не хочешь быть единомышленным с митрополитами, архиепископами и епископами и со всем освященным Собором Русской Церкви и не только не последовал моему духовному совету, но не принял и учения, которое я предложил тебе от правил святых апостолов и святых отцов? Ты прельстился умом и ищешь хвалы и чести от отверженных от Христовой Церкви. А я о таковой вводимой тобою еретической прелести и слышать не хочу и по правилам святым запрещаю тебе служить литургию до большого Собора.
   Собор этот на Крутицкого митрополита Иону состоялся в 16-й день октября того же 1620 г. На Соборе присутствовали, кроме патриарха, два митрополита: Новгородский Макарий и Ростовский Варлаам, три архиепископа: Вологодский Корнилий, Суздальский Арсений, Тверской Пафнутий и один епископ - Коломенский Рафаил. По открытии заседания патриарх обратился к Ионе с обширною речью. Сначала подробно напомнил ему, как призывал его к себе по жалобе двух московских священников, о чем и как беседовал с ним и почему нашелся вынужденным запретить ему священнослужение до Собора. "И вот ныне, - продолжал Филарет Никитич, - я созвал своих сынов, да рассудят вместе со мною по правилам святых апостолов и святых отцов и да обличится раскол, нововводимый тобою, да прекратится соблазн еретичества, какого со времени святого Владимира никто в России не дерзнул сотворить, кроме низверженного патриарха Игнатия и тебя". Вслед за тем патриарх старался опровергнуть одно за другим те два основания, на которых Иона утверждал свое мнение. Известно, что 95-е правило VI Вселенского Собора, на которое указывал Иона, повелевает одних еретиков, каковы ариане, македониане, новациане, присоединять к православию чрез миропомазание, а других, каковы павлиане, евномиане, монтанисты, манихеи, валентиниане, маркиониты, - чрез крещение. Иона относил латинян к еретикам первого рода, но это, сказал патриарх, несправедливо: латинян следует относить к еретикам последнего рода, потому что "в латынских ересех все те ереси есть суть". Опровержение, очевидно, произвольное и голословное. Что же касается, говорил Филарет, до ответа епископа Нифонта Кирику о принятии латинян в Церковь чрез миропомазание, то "такова указу" нет нигде, ни в правилах апостольских, ни в правилах Соборов, Вселенских и Поместных, и святых отцов. А если и было такое правило в древние времена, то оно не может иметь силы теперь, ибо "последи того у латынян многая ереси учинилися, и после седми Вселенских Соборов Сергий патриарх, со всеми Вселенскими патриархи и со всем освященным Собором, папежев римских еретиков из помяновения извергоша и конечному проклятию предаша". В нашем же Московском государстве с самого его основания никогда не бывало, чтобы еретиков-латинян и других еретиков не крестили.