Для содержания своего киевского училища, которое называл то школами, то гимназиею, то коллегиумом или коллегиею, Могила назначил два лаврских имения - Вишеньки и Гныдин и свой собственный фольварк - Позняковщизну, который купил за четыре тысячи злотых. Построил для училища в братском монастыре особую деревянную церковь во имя святых мучеников Бориса и Глеба, которая называлась конгрегационною, так как в ней собиралась на молитву "конгрегация" воспитанников. Для помещения классов соорудил большое двухэтажное здание; завел при училище библиотеку, а для бедных учеников учредил бурсу. О внутреннем устройстве киевского училища и преподавании в нем наук при Петре Могиле подробных сведений не сохранилось; известно только, что здесь преподавались и "высшие науки", что преподаватели назывались "профессорами", а ученики, конечно высших классов, "спудеями студентами". Заботясь не об умственном только, но и о нравственном воспитании в своей коллегии. Могила сам составил и напечатал для руководства своим питомцам книгу "Анфологион, сиречь молитвы и поучения душеполезные, в душевную пользу спудеов и всех благочестивых любомолитвенник" (24 мая 1636 г.). В предисловии к книге он говорил к этим спудеям: "Постаравшись с Божиею помощию при моих слабых силах на мои собственные средства обновить гимназию, т. е. школы в Киеве, отчасти бывшие уже в упадке и опустелые, я снабжал вас, снабжаю и до конца моей жизни не престану снабжать книгами, учителями, содержанием в них бедных сотоварищей-студентов и прочими надобностями. Но мне желательно также, чтобы в тех школах не только преподавались высшие науки, а еще более и выше всего посеевалось и вкоренялось в сердцах ваших благочестие, без которого всякая мудрость есть глупость пред Богом и справедливо так именутся. Поручал я и приказывал трудящимся, как при мне, так и в тех школах, чтоб каким-либо методом, кратким и вам, юношам, совершенно приличным, собрали, расположили и издали в свет аскетические упражнения. Ни одному, однако ж, из них при всей охоте и усердии не представлялось, как вам известно, к тому досуга, частию по случаю беспрестанных бедствий и хлопот, частию же по причине занятий и других трудов церковных и школьных. Тогда, подумав, что кто ищет времени, тот уже тратит время, я сам решился как бы для отдохновения от других ежедневных трудов и забот взять на себя обязанность, чтобы в весеннее цветущее время вашему цветущему, детскому и юношескому, возрасту собрать на лугах богодухновенных церковных наук и св. писаний издающие достойное признательности благовоние цветы благочестивых размышлений и умиленных молитв и вам, всему содружеству, т. е. конгрегации киевских школ, в знак отеческой любви в дар принести, - что теперь и исполняю". В самой книге "Анфологионе" действительно изложены благочестивые размышления или только наставления о них и умиленные молитвы: сначала размышления и молитвы вечерние, которыми должны были юноши оканчивать каждый день своей жизни, отходя ко сну; потом - утренние, которыми они должны были начинать каждый день своей жизни, восстав от сна. Первым ректором киево-могилянской коллегии был Исаия Трофимович Козловский, "доктор богословия" и "премудрый богословия учитель", как называли его современники. Он был духовником Петра Могилы и пользовался особым его доверием: по его поручению ездил в Царьград за патриаршею грамотою на посвящение Могилы в митрополита; потом вместе с другими членами комиссии принимал от униатов Киево-Софийский собор и, как увидим, исполнял и иные весьма важные дела. Могила отдал ему в управление свой собственный монастырь, Пустынно-Николаевский, который получил от короля для усиления средств своего содержания по сану митрополита, и Исаия оставался игуменом этого монастыря до самой своей кончины (15 марта 1651 г.). Ректорствование Исаии в коллегии продолжалось около шести лет (1632 - 1638). В последующее время упоминаются как ректоры ее: в 1640 г. Иосиф Кононович Горбацкий, в 1641 г. Игнатий Оксенович Старушич и в 1646 г. Иннокентий Гизель. Кононович и Старушич были вместе и игуменами Киево-братского монастыря. Трофимович и Гизель хотя числились настоятелями иных монастырей, но, вероятно, имели пребывание в самой коллегии, которою управляли, а все профессоры ее и учители состояли иноками братского монастыря и назывались "отцами коллегиатами киевского Богоявленского братства".
   Другая школа, основанная Петром Могилою в Виннице, продолжала также существовать, но скоро начала называться не винницкою, а гойскою, потому что перенесена была в местечко Гойсчы Луцкого повета. Владелица местечка Раина Соломерецкая, кастелянша смоленская, основала здесь, при каменной церкви святого архистратига Михаила мужеский монастырь и подчинила его навсегда велебным отцам Киево-братского училищного монастыря, с тем чтобы ими заведена была в новом монастыре школа, по подобию других академий и коллегиумов, для преподавания свободных наук детям шляхты и простого народа. На содержание этого монастыря и школы Соломерецкая подарила (2 генваря 1639 г.) фольварк и село Курозвон с крестьянами, с полями, лесами, реками, озерами, мельницами, пасеками и разными другими угодиями; немедленно передала все это во владение назначенному уже митрополитом Петром Могилою и киевскими отцами коллегиатами игумену и ректору Гойского монастыря и училища Игнатию Оксеновичу Старушичу и определила, чтобы и впредь чрез каждые три года назначался игумен и ректор в Гойский монастырь и училище митрополитом Петром Могилою как их патроном и фундатором и отцами Киево-братского монастыря, а по смерти Могилы - только названными отцами. Старушич недолго оставался ректором гойского училища: в следующем году он занимал уже должность наместника Киевской лавры, а игуменом и ректором училища в Гойском монастыре был Иннокентий Гизель. Петр Могила имел утешение скоро увидеть плоды забот своих об устроенных им училищах. Едва прошло восемь лет со времени их основания, как он просил, "паче всех прошений своих", царя Михаила Федоровича соорудить в Москве особый монастырь, в котором могли бы жить "старцы и братия общежительного Киевского братского монастыря" и обучать детей боярских и простого народа грамоте греческой и славянской, и уведомлял, что по неоднократной просьбе валашского воеводы Василия уже послал к нему "благообразных иноков и добре ученых учителей" для заведения школы. Даже отступник от православия Сакович говорил (в 1642 г.) униатам: "Что ваши училища? Они ничего не значат не только пред латинскими (иезуитскими), но и пред училищами отца Могилы, киевским и гойским". И Могила отвечал Саковичу: "Ты вспоминаешь о школах киевских и гойских и признаешь, что в них учат хорошо, - это ты говоришь правду, ибо поистине в них учат хорошо".
   Не обошлось, конечно, и в Киеве без столкновений с униатами и латинянами и вообще без огорчений, особенно для самого Петра Могилы. В феврале 1637 г. скончался униатский митрополит Иосиф Велямин Рутский в Дерманском монастыре, где скончался и Смотрицкий. На место Рутского назначен был его коадъютор Рафаил Корсак, епископ Пинский и Туровский, который вскоре по просьбе униатских епископов (от 1 марта) и утвержден папою. Новый митрополит прибыл было в Киев, предъявляя свои права на владения и доходы Киево-Софийского собора. Но принужден был Могилою удалиться, так как по известным "Статьям" примирения эти имения оставлены были за униатскою митрополиею только до смерти Рутского. Воеводою в Киеве был Ян Тышкевич, ярый католик, старавшийся всячески вредить православным. "Я терплю великое преследование от пана воеводы киевского, - писал Могила в 1640 г. Минскому братству, - тут, в Киеве, вновь начали чинить над нами тиранство и проливать кровь. Досадуя, что в моем коллегиуме обучается великое множество (громада) молодежи русской, и опасаясь, что юноши эти, изучив науки, могут показать правду всему свету и могущественно оборонять св. Церковь, воевода приказал своему замковому наместнику взвести клевету на какого-либо студента в важном преступлении, чтобы студенты, устрашившись, все разбежались по другим училищам, в которых прежде учились. И вот в первый понедельник Великого поста, когда студент Федор Гоголевский шел через площадь, его схватили и повлекли в замок. Там слуга наместника Сепач удостоверял, будто ночью, когда он с другими находился в корчме, студенты сделали нападение на дом и кого-то ранили. Наместник, вместо того чтобы произвесть расследование, приказал тотчас студента обезглавить, - и это случилось в мое отсутствие из Киева". Может быть, студент действительно был виноват, но как дело не было расследовано законным порядком, то Могила и мог подозревать здесь одну злонамеренность. Латиняне имели уже в Киеве два монастыря на Подоле: доминиканский и бернардинский. Но монашествующие этих орденов не в состоянии были бороться с православными. Потому воевода Тышкевич с общего совета своих единоверцев решился водворить в Киеве иезуитов с их школою и назначил для будущей иезуитской коллегии фундуш. С этою целию в 1645 г. вызваны были из Кракова в Киев предварительно только два иезуита, Станислав Сметка и Николай Циховский. Они начали совершать исповедь в храмах доминиканском и бернардинском и будто бы совратили в латинство четырех православных. Затем Циховский открыл в бернардинском храме ряд проповедей об исхождении Святого Духа и возбудил ими общее внимание, так что славившийся между своими единоверцами "ректор могилянской коллегии и профессор философии" Иннокентий Гизель пригласил проповедника иезуита к себе в коллегию и предложил ему иметь с ним публичный диспут. С обоюдного согласия диспут об исхождении Святого Духа состоялся 8 июня 1646 г. и продолжался три дня. Обе стороны по обычаю остались при своем, и каждая усвояла себе победу. Вскоре иезуитская коллегия при покровительстве воеводы Тышкевича, к великому негодованию православных, действительно основалась в Киеве.
   Кроме столкновений с униатами и латинянами имел еще митрополит Петр Могила в Киеве столкновения, может быть самые тяжелые и прискорбные, с своим предместником Исаиею Копинским. Мы уже упоминали, как отнесся Исаия с своими попами к новому митрополиту, прибывшему на свою кафедру, и как поступил последний с теми попами и с самим Исаиею. Отпущенный из лавры в Михайловский монастырь, Исаия продолжал управлять им до 10 августа 1635 г., когда выехал из монастыря и уже навсегда. Об этом выезде сохранились два почти противоположные известия. Спустя восемь дней иноки Киево-Михайловского монастыря Дометиан и Геронтий будто бы от лица своей братии внесли в овручские городские книги протест, в котором заявляли, что Исаия Копинский по смерти митрополита Иова сам устроил себе "елекцию" на игуменство Киево-Михайловского монастыря, на которое еще прежде избран был всею братнею наместник лавры Филофей Кизаревич, и, насильно выгнав последнего из обители, занял его место, что потом, живя в монастыре, заботился только о своих пожитках, а о братии не радел и утеснял ее тирански и что, наконец, 10 августа своевольно, без всякого повода и причины от кого-либо, выехал из монастыря неизвестно куда и забрал с собою разные монастырские документы и многие наиболее ценные церковные вещи, как-то: омофор, три фелони, два стихаря, четыре чаши, два креста, два Евангелия, две кадильницы, разные книги и пр. Другое известие сохранилось в "Протестации" самого Исаии Копинского, которую он спустя уже два года, т. е. в 1637 г., занес во владимирские градские книги. Здесь, именуя себя "архиепископом Сиверским" (известно, что пред избранием на митрополию он назывался архиепископом Смоленским, Черниговским и всего Севера, т. е. всего Северского княжества, или края, где находился Новгород Северский), Исаия говорил, что Петр Могила, не довольствуясь "першими великими кривдами и опрессиями", как ему самому, так и монахам и челяди Михайловского монастыря, продолжал делать нападения на маетности этой обители и довел ее до совершенного обнищания; что, опасаясь за свою жизнь, он, Исаия, "оставивши монастырь свой во всем целый и наместника от себе и инших законников угрунтовавши", отправился к королю, "о привилей и кглет стараючисе", и что во время отсутствия его, Исаии, из монастыря Петр Могила "неслушне и неповажне, чрез упор и потугу" взял этот монастырь с его маетностями и неизвестно по какому праву отдал в управление отцу Филофею Кизаревичу, назвав его игуменом. В обоих этих известиях, без сомнения, есть преувеличения, как обыкновенно бывало в протестах, но есть и доля правды. Петру Могиле естественно было желать, чтобы Исаия не оставался в Киево-Михайловском монастыре, где была прежде кафедра митрополита, так как, живя в Киеве, Исаия служил как бы постоянным укором для нового митрополита, а в православных, особенно из простого народа, мог возбуждать недоумение, кому же из двух наличных митрополитов должно повиноваться. Потому неудивительно, если Могила старался всячески выжить Исаию из Михайловского монастыря и с этою целию позволял разные нападения на монастырь и его имения. Всего вероятнее, нападения делал не сам Могила, а его наместник по лавре Кизаревич, который мог оправдывать себя тем, что он домогается возвратить себе законные права на Михайловский монастырь, отнятые у него насильно Исаиею. С другой стороны, естественно и то, что Исаия нашелся, наконец, вынужденным этими нападениями своего совместника удалиться из Киево-Михайловского монастыря, но, удаляясь, взял с собою из монастыря некоторые церковные вещи, которые, может быть, сам же и устроил во время своего здесь игуменства. Как бы ни было, впрочем, только, оставляя монастырь, Исаия вовсе не думал отказываться от него; напротив, затем и отправился теперь к королю с жалобою на Петра Могилу, чтобы отстоять монастырь за собою. В это-то время, если верить униатскому писателю, Исаия прибег за помощию к врагу Петра Могилы, униатскому митрополиту Рутскому, и Рутский будто бы принял Исаию с участием и, может быть, походатайствовал за него пред королем или королевскою канцеляриею. По крайней мере жалоба Исаии имела успех, и Петру Могиле последовала от короля напоминальная грамота, чтобы "отец митрополит опрессий больше чинити занехал", монастырь Михайловский с маетностями возвратил Исаии Копинскому и "шкоды починенные нагородил (вознаградил)", под опасением пени в шестнадцать тысяч коп грошей литовских. Тогда Могила начал искать случая войти в соглашение с Исаиею, и случай скоро представился. Приехав 1 февраля 1637 г. в Луцк, Петр Могила узнал, что там же находится и архиепископ Сиверский Исаия, и пригласил его к себе в дом Луцкого епископа Афанасия Лузины. Здесь в присутствии многих духовных лиц оба соперника вели между собою прения и переговоры, и кончилось тем, что Исаия "квитовал" (освободил) Могилу "изо всех на него починенных протестаций" и отказался от всех против него процессов. Но лишь только соперники расстались, как Исаия поспешил отправить чрез волынского возного Станислава Кчумовского для внесения в градские владимирские книги ту самую протестацию 1637 г., о которой мы упоминали выше, и в ней, изложив подробно весь ход своих препирательств с Могилою, нами только что описанных, заявлял, что Могила насильно принудил его во время луцкого свидания отказаться от всех прежних процессов (трудно представить, как это могло случиться в присутствии многих духовных лиц) и что, только "охраняючи здоровье свое", он, Исаия, согласился на уничтожение тех процессов. Не довольствуясь этим, Исаия отправился еще к королю жаловаться на Петра Могилу. Король грамотою от 27 мая 1637 г. назначил комиссию, в состав которой вошли волынский воевода Адам Сангушко, киевский архидиакон Николай Ланцкоронский, киевский судья Стефан Аксак, киевский подсудок Лукаш Витовский и несколько других лиц, и приказал, чтобы члены комиссии немедленно съехались в Киев и, расследовав дело с подробностию, возвратили Михайловский монастырь Исаии, а самый акт следствия представили ему, королю. Неизвестно, как происходило следствие, но несомненно, что оно окончилось не в пользу Исаии, потому что Михайловский монастырь не был ему возвращен. Да иначе и не могло случиться, так как при подробном расследовании дела должно было выясниться, что Филофей Кизаревич избран был в игумены Михайловского монастыря местною братиею прежде Исаии и, значит, имел на монастырь более права, почему и все нападения на монастырь со стороны Петра Могилы и Кизаревича, все покушения их отнять монастырь у Исаии являлись некоторым образом законными. Исаия после этого поселился где-то в Полесье, не прерывая, однако ж, сношений с своими прежними монастырями, лубенским Мгарским и двумя прилуцкими - Густынским и Ладинским, где монашествующие признавали его своим общим отцом и пастырем и называли "епископом Лубенским". Не к чести Исаии надобно сказать, что он начал теперь вредить своему противнику ложными о нем известиями и в Великом посту 1638 г. писал из Полесья в Лубенский и прилуцкие монастыри к игуменам и всей братии следующее: "Одноконечно, король польский, и паны радные, и ляцкие арцибискупы приговорили на сейме, что в их Польской и в Литовской земле православной хрестьянской вере не быть, и хрестьянские церкви поломать, и книги русския вывесть. А Киевской-де митрополит Петр Могила веры хрестьянской ныне отпал, и благословен-де митрополит Петр Могила от папы Римскаго ныне в Великой пост в патриархи, будто быть патриархом хрестьянския веры. А присегал-де он, Петр Могила, королю, и всем панам радным, и арцибискупам ляцким, что ему хрестьянскую веру ученьем своим попрать и уставить всее службу церковную по повеленью папы Римского, римскую веру, и церкви хрестьянския во всех польских и литовских городах превратить на костелы ляцкие, и книги русские все вывесть. А в митрополиты-де в Киев, в Печерский монастырь, на Петрово место Могилы благословлен ныне Карсак, бывший владыко Пинский. А быть-де в киевском Печерском монастыри ляцким чернцом борнадином, а в Никольском киевском монастыри быть приговорено ляцким восаком, а в Михайловском монастыри быть домниканом". Правда, Исаия прибавлял, что о всем этом писал ему из Луцка князь Коширский, воевода волынский, но если бы и действительно воевода писал, все-таки Исаии не следовало разглашать такие важные известия, прежде нежели достоверность их не подтвердится. Между тем известия оказались совершенно ложными. В старом помяннике Антониевой пещеры, при которой некогда Исаия был настоятелем, сохранилась заметка, что он "року 1640, окт. 5 преставися". Но где преставился и где погребен, остается неизвестным. Вообще вся эта печальная история столкновений между двумя митрополитами, Исаиею Копинским и Петром Могилою, нам кажется, более бросает тени на первого, чем на последнего.
   Письмо Исаии в Лубенский и прилуцкие монастыри о переходе митрополита Киевского Петра Могилы в латинство и решении правительства уничтожить в Литве и Польше православие имело роковые последствия, а надобно заметить, что монастыри эти принадлежали тогда к епархии митрополита и находились под его властию. Игумены и все монашествующие безусловно поверили словам своего Лубенского епископа, как они называли Исаию, и, может быть, по его же совету уговорились между собою немедленно бросить свои монастыри и всею массою, со всем имуществом переселиться в Московское государство для спасения своей веры. С этою целию они еще в начале апреля 1638 г. послали несколько братий в порубежный русский город Путивль, чтобы чрез тамошнего воеводу узнать в Москве, примут ли их в случае их прихода. Когда в мае последовало из Москвы согласие, то в следующем месяце (14-го числа) действительно прибыли в Путивль игумен Густынского монастыря Василий с братнею в числе 66 человек и при них 11 человек крестьян с женами и детьми; игумен-духовник Ладинского женского монастыря Мефодий с настоятельницею монастыря Елисаветою Летинскою и 50 сестрами, а при них 16 человек служек и из третьего, лубенского Мгарского монастыря, - до четырнадцати человек братии, так как сам игумен Каллистрат с остальными братиями одумался и, несмотря на уговор, не захотел покидать своей обители. Прибывшие в Путивль говорили воеводе для передачи царю Михаилу Федоровичу, что они ушли из своих монастырей "от гоненья ляхов на православную веру", и в доказательство сослались прямо на то письмо, которое будто бы писал из Луцка князь Коширский Лубенскому епископу Исаии, а последний писал к ним и которое тут же изложили. Затем рассказывали, что когда густынские монахи стали собираться в путь, то к ним приходили из Прилук священники, сам войт и многие мещане и с мольбою упрашивали их не уезжать из монастыря и жить в нем по-прежнему; что потом владелец края князь Вишневецкий присылал своего урядника и слуг взять игумена монастыря и старцев в Прилуки со всем имуществом, но они убежали, а их церковное и монастырское имущество, уже уложенное на возах и частию отправленное вперед, все попало в руки княжеских слуг и разграблено и что точно так же конотопский урядник Сосновский ограбил на пути всех сестер Ладинского монастыря и отнял у них двадцать возов "со всяким церковным строеньем, и с рухлядью, и с запасы, и с животиною". Бегство этих монахов и монахинь возбудило большую скорбь и сожаление во всех окрестных православных христианах и особенно в митрополите Петре Могиле; все изумлялись их легковерию и легкомыслию, все осуждали их неразумие и упорство. Оставшийся в своем монастыре лубенский игумен Каллистрат с братиею писал в Путивль к игуменам густынскому и ладинскому, чтобы они возвратились на свою сторону и ни в чем не сомневались, а если не хотят возвратиться, то не разглашали бы на него и на его братию клеветы, не называли бы ложно их и митрополита Киевского униатами, ибо они по-старому живут в православной вере и король с своими панами на нынешнем сейме ни в чем им нарушения в вере не учинил. И Каллистрат действительно говорил правду: Петр Могила вовсе не изменял православию; на сейме тогда ничего против православных постановлено не было; никаких особых гонений и преследований за православную веру тогда не воздвигалось, а если и были гонения и преследования, даже весьма сильные и беспощадные, то собственно против казаков, которые в 1637 - 1638 г. не раз восставали против поляков и сами производили разные неистовства. Писал также Каллистрат к своим лубенским старцам, находившимся в Путивле, и убеждал их воротиться в Лубенский монастырь, а в случае их неповиновения угрожал проклятием. Но из Путивля отвечали Каллистрату только упреками за его измену уговору и общение с латинянами и, между прочим, выражались: "Червь ты, а не человек: како ты отца своего и всех нас общаго пастыря Исаия Копинскаго отрекся еси, благословение и клятву поплевал еси, и его самаго мало на смерть не предал еси, и иному пастырю, мамона ради, последовал еси?" Царь Михаил Федорович поверил монахам и монахиням, бежавшим из Литовского края будто бы от гонений за веру, и приказал поместить первых в белевском Преображенском монастыре, а последних в брянском Вознесенском, но потом велел перевесть первых в Дудин Амвросиев монастырь (Нижегородской губернии), а последних в алатырский Никольский, пока не выстроен был (1640) для них в том же городе новый монастырь, который и начали называть в отличие от прежнего киевским Никольским Новодевичьим. Между тем Густынский монастырь, покинутый прежними жильцами, более года оставался совершенно необитаемым. Окрестные жители, посещая его, брали из него все, что могли и хотели, а латинские монахи бернардины приехали было из Лубен со множеством народа, чтобы совершенно разобрать здания монастыря и перевезти к себе в Лубны. Но православный игумен лубенский Каллистрат возбранил им это и, посоветовавшись с братиею, послал в запустелый Густынский монастырь несколько своих иноков для постоянного жительства. Митрополит Петр Могила по просьбе их дал им игумена из Киево-Печерской лавры Илию Торского, весьма строгого в иноческой жизни и ревностного. Немедленно начались возобновление монастырских зданий и постройка новых. Могила через несколько времени сам приехал в монастырь, утешил братию пастырским словом, порадовался на благолепные сооружения и водрузил крест для созидания большой церкви. Приступив к этому, братия обратились с просьбою к молдовлахийскому воеводе Василию, который и оказал им немалое пособие; потом, начиная с 1641 г., несколько раз обращались в Москву к царю Михаилу Федоровичу и преемнику его Алексею Михайловичу и получали от них, особенно от первого, значительные пожертвования и деньгами, и церковными книгами, и сосудами, и другою церковною утварью. И церковь в Густынском монастыре была сооружена, и монастырь пришел в благоустроенное состояние. Равным образом и лубенский Мгарский монастырь благодаря пожертвованиям от московских государей по ходатайству Петра Могилы более и более устроялся и укреплялся.