Коренная ошибка Шуйского состояла в том, что он был избран на престол не всею Россиею, а только Москвою и не всею даже Москвою, а только своими приверженцами. Потому его не хотели признать многие, особенно бояре, враждебные ему и преданные прежнему царю, называвшемуся Димитрием. И с первых же дней царствования Шуйского разнеслась в народе весть, что Димитрий жив и бежал из Москвы, а вместо него убит какой-то немец. Князь Григорий Шаховский, бывший любимец Лжедимитрия, успел похитить государственную печать во время московского мятежа и, будучи прислан от самого же Шуйского воеводою в Путивль, тотчас объявил гражданам, что царь Димитрий спасся от руки изменников и скрывается до времени, а Шуйский похититель престола. Жители Путивля немедленно восстали на Шуйского, и их примеру скоро последовали Чернигов, Стародуб, Новгород Северск, Белгород и другие южнорусские города и отложились от Москвы. Царь и патриарх с освященным Собором положили послать в те города Крутицкого митрополита Пафнутия для вразумления восставших, но митрополита не приняли и слушать не хотели. У восставших явился вождь Иван Болотников, который разбил царские войска, а князь Шаховский рассылал указы именем царя Димитрия, прикладывая к ним государственную печать, и к бунту пристали города Средней России Орел, Мценск, Тула, Калуга, Рязань, Дорогобуж и другие. Только Тверь оказала сопротивление благодаря своему святителю архиепископу Феоктисту, который созвал к себе все духовенство, поиказных людей и всех жителей и укрепил их постоять за святые Божии церкви, за православную веру и за крестное целование государю против изменников, обступивших город: тверитяне прогнали скопище злодеев и многих взяли в плен. Но Болотников одержал новые успехи над царскими воеводами и явился с своею ратию под самою Москвою, в селе Коломенском. Тогда патриарх разослал по всей России грамоты (от 29 и 30 ноября 1606 г.), в которых, извещая о погибели вора и еретика Лжедимитрия, о перенесении в Москву и явлении святых мощей истинного царевича Димитрия и о воцарении Шуйского, "царя благочестивого и поборателя по православной вере", продолжал, что нашлись, однако ж, изменники, которые говорят, будто Лжедимитрий жив, восстали против нового государя, собрали вокруг себя толпы вооруженных людей, насильно увлекли многих и хотя встретили себе сопротивление в Твери и Смоленске, но теперь находятся уже в селе Коломенском под Москвою. А потому предписывал духовенству, чтобы оно прочитало эти грамоты народу и не один, а несколько раз, пело по всем церквам молебны о здравии и спасении Богом венчанного государя, о покорении ему всех его врагов, о умирении его царства и поучало православных не слушаться тех воров, злодеев и разбойников. И многие действительно вооружились против злодеев, прогнали их из своих городов и селений и поспешили в Москву для ее спасения. Царь выслал с войском новых воевод, в том числе юного, но доблестного князя Михаила Скопина-Шуйского, которые одолели Болотникова и заставили его бежать в Калугу. В то же время Казанский митрополит Ефрем, услышав, что жители Свияжска увлеклись злодеями, изменили государю, наложил на них запрещение и приказал местному духовенству не принимать от них в церкви приношений, и виновные смирились, били челом государю простить их вину, а патриарху - снять с них запрещение. Царь простил, патриарх разрешил, но митрополиту Ефрему послал от лица всего освященного Собора благословение как "доблестному пастырю" (22 декабря).
   Желая еще более подействовать на народ в свою пользу, умирить его совесть и успокоить, царь, посоветовавшись с патриархом и всем освященным Собором, приговорил вызвать в Москву бывшего патриарха Иова, чтобы он простил и разрешил всех православных христиан за совершенные ими нарушения крестного целования и измены, и для этого отправить в Старицу Крутицкого митрополита Пафнутия с несколькими другими духовными и светскими лицами и царскую калгану (карету). Гермоген написал к Иову послание, умолял его именем государя учинить подвиг, приехать в столицу "для его государева и земского великого дела". Иов приехал 14 февраля 1607 г. и остановился на Троицком подворье. Спустя шесть дней (20 февраля) в Успенский собор собралось бесчисленное множество народа, прибыли и оба патриарха с другими святителями и духовенством. Иов стал у патриаршего места, а Гермоген, совершив прежде молебное пение, стал на патриаршем месте. Тогда все находившиеся во храме христиане с великим плачем и воплем обратились к Иову, просили у него прощения и подали ему челобитную. Гермоген приказал архидиакону взойти на амвон и прочитать челобитную велегласно. В ней православные исповедовались пред своим бывшим патриархом, как они клялись служить верою и правдою царю Борису Федоровичу и не принимать вора, называвшегося царевичем Димитрием, и изменили своей присяге, как клялись потом сыну Бориса Феодору и снова преступили крестное целование, как не послушались его, своего отца, и присягнули Лжедимитрию, который лютостию отторгнул его, пастыря, от его словесных овец, а потому умоляли теперь, чтобы первосвятитель простил и разрешил им все эти преступления и измены, и не им только одним, обитающим в Москве, но и жителям всей России, и тем, которые уже скончались. По прочтении этой челобитной патриархи Иов и Гермоген приказали тому же архидиакону прочесть с амвона разрешительную грамоту, которая наперед была составлена по приезде Иова в Москву, и составлена не от его только лица, но от имени обоих патриархов и всего освященного Собора. В грамоте патриархи Гермоген и Иов со всем освященным Собором сперва весьма подробно изображали те же самые клятвопреступления и измены русских, потом молили Бога, чтобы Он помиловал виновных и простил им согрешения, и приглашали всех к усердной молитве, да подаст Господь всем мир и любовь, да устроит в царстве прежнее соединение и да благословит царя победами над врагами, наконец, по данной от Бога власти прощали и разрешали всем православным соделанные ими клятвопреступления и измены. Разрешительная грамота возбудила в слушателях слезы радости, все бросались к стопам Иова, просили его благословения, лобызали его десницу, и дряхлый старец, вскоре за тем скончавшийся (19 июня), убеждал всех, чтобы, получив теперь разрешение, они уже никогда впредь не нарушали крестного целования. Впрочем, эта нравственная мера, на которую в Москве, кажется, весьма много рассчитывали, не на всех произвела желаемое впечатление: по крайней мере спустя два с небольшим месяца 15000 царских воинов изменили царю Шуйскому и перешли под Калугою на сторону Болотникова. Гермоген решился тогда употребить меру церковной строгости: он предал проклятию Болотникова и его главнейших соумышленников. Все это происходило, пока еще не явился второй Лжедимитрий, а изменники действовали одним его именем.
   Наконец, в Литве отыскали какого-то бродягу, по одним - поповского сына из Северской страны, по другим - жида, который решился выдавать себя за погибшего в Москве царя Лжедимитрия, хотя нисколько на него не походил. 1 августа 1607 г. он объявил себя в Стародубе, скоро собрались вокруг него польские дружины под предводительством своих вождей, Лисовского, Сапеги и других, запорожские и донские казаки и многие русские изменники. И не прошло года, как этому второму самозванцу покорялась уже почти вся Южная и Средняя Россия, и 1 июня 1608 г. он утвердился с своими полчищами в двенадцати верстах от Москвы в селе Тушине, которое и обратил для себя как бы в столицу. Услышав об этом, патриарх Гермоген глубоко скорбел и обратился к царю Василию Ивановичу с трогательною речью, в которой умолял его, чтобы он, возложив надежду на Бога и призвав на помощь Пресвятую Богородицу и Московских угодников, сам повел войска против врагов. Борьба продолжалась с переменным счастием: Москвы не отдали самозванцу, но и его не прогнали из Тушина. Здесь признала в нем своего мужа честолюбивая Марина, после того, однако ж, как духовник ее, иезуит, перевенчал ее с ним тайно. Здесь же вслед за тем окружили самозванца ревнители римской веры и составили для него инструкцию, как царствовать и как ввести унию в Россию. Инструкция эта, ввиду прежней неудачи, постигшей первого Лжедимитрия, рекомендовала действовать во всем с крайнею осмотрительностию и осторожностию, и в частности для насаждения унии в Московском государстве указывала следующие средства: а) еретикам (т. е. протестантам), врагам унии, запретить въезд в государство; б) монахов из Константинополя, находящихся в России, выгнать; в) с осторожностию выбирать людей, с которыми вести речь об унии, ибо преждевременное разглашение об этом и теперь повредило; г) государю держать при себе небольшое число католического духовенства и письма, относящиеся к этому делу, писать, посылать и принимать, особенно из Рима, как можно осторожнее; д) самому государю заговаривать об унии редко и осторожно, чтоб не от него началось дело, а пусть сами русские первые предложат о некоторых неважных предметах веры, требующих преобразования, и тем проложат путь к унии; е) издать закон, чтобы в Церкви Русской все подведено было под правила Соборов и отцов греческих, и поручить исполнение закона людям благонадежным, приверженцам унии: возникнут споры, дойдут до государя, он назначит Собор, а там с Божиею помощию можно будет приступить и к унии; ж) раздавать должности людям, расположенным к унии, особенно высшее духовенство должно быть за унию, а это в руках его царского величества; з) намекнуть черному духовенству о льготах, белому о наградах, народу о свободе, всем о рабстве греков; и) учредить семинарии, для чего призвать из-за границы людей ученых, хотя светских; и) отправлять молодых людей для обучения в Вильну или лучше туда, где нет отщепенцев, в Италию, в Рим; к) позволить москвитянам присутствовать при нашем богослужении; л) хорошо, если б поляки набрали здесь молодых людей и отдали их в Польше учиться к отцам иезуитам; м) хорошо, если б у царицы между священниками были один или два униата, которые бы отправляли службу по обряду русскому и беседовали с русскими; н) для царицы и живущих здесь поляков построить костел или монастырь католический и пр.
   Проживая в Тушине и не имея сил овладеть Москвою, тушинский вор и царик, как называли второго самозванца, посылал свои отряды в разные другие места, чтобы покорять их своей власти. Пастыри Церкви везде убеждали народ сохранять верность присяге, данной законному государю, и немного осталось таких священников, которые бы не пострадали за свою ревность. Монастыри, каков, например, Кирилло-Белозерский, несмотря на разорения, которым подвергались, не верили ворам и изменникам, твердо стояли за своего государя, писали грамоты по городам и многих подкрепляли. А из архипастырей Псковский епископ Геннадий, видя измену большей части псковитян вопреки всем его увещаниям и, с другой стороны, страшные казни, постигшие остальных, верных, граждан, умер от горести (24 августа 1609 г.). Суздальский архиепископ Галактион был изгнан тушинцами из своего кафедрального города (1608) и скончался в изгнании. Коломенского епископа Иосифа литовские люди под предводительством пана Лисовского взяли в плен по разорении Коломны (1608), влачили при своем отряде и привязывали к пушке, когда осаждали какой-либо город, чтобы устрашать других. К счастию, царские воеводы скоро отбили у злодеев несчастного епископа и привели в Москву, откуда он и возвратился на свою епархию и по-прежнему ревностно старался удерживать народ от измены государю. Тверского архиепископа Феоктиста, того самого, который прежде так удачно прогнал от Твери крамольников, теперь схватили (1608) и отправили в Тушино, где он перенес многие муки, а когда во время случившихся там беспорядков он побежал было к Москве, его убили на дороге (в марте 1610 г.) и бросили; тело его найдено впоследствии правоверными израненное оружием и искусанное плотоядными животными. Когда один из отрядов Сапеги вместе с переяславльскими изменниками приблизился к Ростову (11 октября 1608 г.) и жители города бежали в Ярославль, Ростовский митрополит Филарет Никитич с немногими усердными воинами и гражданами заключился в соборной церкви, и, готовясь к смерти, причастился сам Святых Тайн, и велел священникам исповедать и причастить всех прочих. Двери церковные не выдержали напора врагов, началась резня; Филарет хотел было уговаривать переяславцев от Божественных Писаний, но его схватили, сняли с него святительские одежды и босого, в одной свитке, повели в Тушино, подвергая его на пути разным поруганиям. В Тушине, однако ж, судьба пленника изменилась. Филарет приходился родным племянником царю Ивану Грозному по первой его супруге Анастасии Романовой, и самозванец, считавший себя сыном царя Ивана Грозного, захотел встретить своего мнимого родственника с знаками уважения, вновь облек его в святительские одежды, дал ему святительских чиновников и даже повелел ему быть "нареченным" патриархом Московским и всея России - знак, что самозванец действовал под влиянием поляков или литовцев, ибо только в Литовской митрополии существовал обычай, что святители, назначаемые государем на ту или другую кафедру, назывались сперва "нареченными", пока кафедра та была еще занята другим иерархом или пока они сами не были посвящены, а в Руси Московской такого обычая не было никогда. Кажется даже, что Филарету дано было не одно имя патриарха, но предоставлена была и патриаршая власть по отношению к областям, целовавшим крест тушинскому вору: по крайней мере из единственной грамоты Филарета, данной им в то время, где он называл себя и Ростовским митрополитом, и "нареченным" патриархом Московским и всея России, видно, что он считал в своем патриаршестве область Суздальскую, которая хотя не принадлежала к Ростовской епархии, но признавала над собою власть самозванца. Впрочем, оказав Филарету по наружности столько почестей, самозванец не доверял ему и окружил его стражами, которые наблюдали за каждым его словом и мановением. В сентябре (23) 1608 г. Сапега и Лисовский с 30000 войском осадили знатнейший из русских монастырей, Троице-Сергиеву лавру, в стенах которой находилось около 300 человек братии, отряд царских ратников под предводительством двух воевод и несколько сот других пришельцев, преимущественно из окрестных монастырских сел, всего до 2300 защитников. Но и эти малочисленные дружины, подкрепляемые предстательством и явлениями преподобного Сергия, воодушевляемые примером и молитвами иноков и наставлениями архимандрита лавры Иоасафа, с успехом отражали все нападения врагов. Шестнадцать месяцев продолжалась осада, много лишений, бедствий и скорбей перетерпела святая обитель, но с Божиею помощию устояла и не сдалась ляхам и самозванцу. С этого времени делается известным муж, незабвенный в летописях нашего отечества, келарь Троицкого Сергиева монастыря Авраамий Палицын. Он происходил от древней фамилии, вышедшей из Литвы, и в мире назывался Аверкием Ивановичем. При царе Федоре Ивановиче, в 1588 г., за что-то подвергся опале, лишился всего имущества, которое отобрали в казну, и сослан, вероятно, в Соловецкий монастырь, где волею или неволею принял пострижение с именем Авраамия. При царе Борисе, в 1601 г., Авраамий Палицын упоминается как старец Богородицкого свияжского монастыря. А при царе Шуйском занимает уже видное место келаря в знаменитейшей русской обители. Во время осады лавры Авраамий не находился в ней, но по приказанию государя жил в Москве на Троицком подворье, но и отсюда старался делать для своей обители все, что мог, и однажды, когда защитники ее доведены были до крайности, упросил царя Василия Ивановича послать им воинских снарядов и несколько десятков казаков и сам послал до двадцати монастырских слуг, а в другой раз отправил в лавру свои грамоты к братии, к войску и ко всем находившимся в осаде и убеждал всех не падать духом, помнить свою присягу и стоять непоколебимо против литовских людей.
   Близость тушинского стана к Москве оказывала на нее самое гибельное влияние. Между Москвой и Тушином установились постоянные сношения, многие москвичи переходили в Тушино, проживали там, даже целовали крест царику, а потом возвращались в Москву и увеличивали собой здесь и без того немалое число врагов и недоброжелателей царя Шуйского. Они распускали про него самые недобрые вести, старались поколебать его власть, пытались даже свергнуть его с престола. Первая попытка была 17 февраля 1609 г., в субботу сыропустную. Крамольники, числом до трехсот, явились на Лобное место, звали и бояр, но те уклонились, кроме одного, князя Василия Голицына, насильно схватили в соборной церкви патриарха и привели туда же. И начали кричать, что Шуйский избран на царство незаконно, без согласия всей земли, одними своими сторонниками, что он виною всех несчастий России, живет нечестиво, тайно побивает дворян и детей боярских и должен быть свергнут с престола. На это из толпы раздался голос: "Сел он, государь, на царство не сам собою, выбрали его большие бояре и вы, дворяне и служилые люди; пьянства и никакого неистовства мы в нем не знаем, да если бы он, царь, был вам и неугоден, то нельзя его без больших бояр и всенародного собрания с царства свести". Патриарх Гермоген с своей стороны решительно отвергал хулы, взводимые на Шуйского, и говорил, что он "избран и поставлен Богом, и всеми русскими властями, и московскими боярами, и дворянами, и всякими людьми всех чинов, что ему целовала крест вся земля, присягала добра ему хотеть и лиха не мыслить, а вы забыли крестное целование, восстали на царя, хотите его без вины с царства свесть, но мир того не хочет и не ведает, да и мы с вами в тот совет не пристаем же". Посрамленные мятежники бежали в Тушино. Вслед за ними Гермоген послал туда же ко всем изменникам одну за другою две свои грамоты, в которых прямо выражал, что измену царю законному он считает зменою вере, отпадением от православной Церкви и отступлением от Бога. "Обращаюсь к вам, бывшим православным христианам всякого чина, возраста и сана, - писал он в первой грамоте, - а ныне не ведаем, как и назвать вас, ибо вы отступили от Бога, возненавидели правду, отпали от соборной и апостольской Церкви, отступили от Богом венчанного и святым елеем помазанного царя Василия Ивановича, вы забыли обеты православной веры нашей, в которой мы родились, крестились, воспитались и возросли, преступили крестное целование и клятву стоять до смерти за дом Пресвятой Богородицы и за Московское государство и пристали к ложно мнимому вашему царику... Болит моя душа, болезнует сердце, и все внутренности мои терзаются, все составы мои содрогаются, я плачу и с рыданием вопию: помилуйте, помилуйте, братие и чада, свои души и своих родителей, отшедших и живых... Посмотрите, как отечество наше расхищается и разоряется чужими, какому поруганию предаются святые иконы и церкви, как проливается кровь неповинных, вопиющая к Богу. Вспомните, на кого вы поднимаете оружие: не на Бога ли, сотворившего вас, не на своих ли братьев? Не свое ли отечество разоряете?.. Заклинаю вас именем Господа Бога, отстаньте от своего начинания, пока есть время, чтобы не погибнуть вам до конца, а мы по данной нам власти примем вас, обращающихся и кающихся, и всем Собором будем молить о вас Бога и упросим государя простить вас: он милостив и знает, что не все вы по своей воле то творите, он простил и тех, которые в сырную субботу восстали на него, и ныне невредимыми пребывают между нами их жены и дети". В другой своей грамоте Гермоген говорил между прочим: "Мы чаяли, что вы содрогнетесь, воспрянете, убоитесь праведного Судии, прибегнете к покаянию, а вы упорствуете и разоряете свою веру, ругаетесь св. церквам и образам, проливаете кровь своих родственников и хочете окончательно опустошить свою землю... Не ко всем пишем это слово, но к тем, которые, забыв смертный час и Страшный суд Христов и преступив крестное целование, отъехали и изменили царю государю Василию Ивановичу, и всей земле, и своим родителям, и своим женам, и детям, и всем своим ближним, и особенно Богу, а которые взяты в плен, как Филарет митрополит и прочие, не своею волею, но нуждою, и на христианской закон не стоят, и крови православных своих братий не проливают, таковых мы не порицаем, но молим о них Бога, чтобы Он отвратил от них и от нас праведный гнев Свой... то мученики Господни, и ради нынешнего временного страдания они удостоятся Небесного Царствия". Рассказав затем довольно подробно, как происходила на Лобном месте в сырную субботу попытка к свержению царя Шуйского, патриарх в заключение убеждал так: "Бога ради, познайте себя и обратитесь, обрадуйте своих родителей, своих жен, и чад, и всех нас, и мы станем молить за вас Бога и бить челом государю, а вы знаете, что он милостив и отпустит вам ваши вины... мы с радостию и любовию восприимем вас и не будем порицать вас за бывшую измену, ибо один Бог без греха".
   Когда спустя более года бедствия России еще увеличились и число врагов Шуйского и изменников возросло в Москве, когда они снова насильно привели патриарха на Лобное место при бесчисленных толпах народа и стали вопиять, что царя Василия нужно свести с царства, что он царь несчастный и виною всех зол отечества, когда на это согласились все присугствовавшие, сами даже бояре, - один Гермоген непреклонно стоял за царя, плакал, увещевал, заклинал удержаться от такого злодеяния, объяснял, что за измену законному царю Бог еще более может наказать Россию. Когда, однако ж, несмотря на все убеждения патриарха, Шуйского лишили престола (17 июля 1610 г.) и насильно постригли в монахи, причем обеты произносил вместо него князь Василий Тюфякин, Гермоген крайне скорбел и не переставал называть Шуйского царем, постриженным же в монашество считал князя Тюфякина.
   В это время кроме самозванца действовал в России и другой враг польский король Сигизмунд III. Получив известие, будто в Москве многие бояре желали бы иметь своим царем сына его Владислава, а не Шуйского и не тушинского вора, Сигизмунд решился воспользоваться благоприятными обстоятельствами и с разрешения сейма начал войну с Россиею, чтобы не только овладеть ею, но, главное, распространить в ней католическую веру, как сообщал в Рим папский нунций, находившйся тогда в Польше. В сентябре 1609 г. король приступил с своим войском к Смоленску, объявив в своем манифесте, что идет собственно спасти Россию от ее врагов, прекратить в ней междоусобия и кровопролитие, водворить порядок и тишину и что об этом просили его сами русские своими тайными письмами. В декабре послы Сигизмундовы из-под Смоленска приходили в Тушино и между прочим предлагали находившимся здесь москвитянам и нареченному патриарху Филарету, что если они пожелают отдаться под власть короля, то король примет их с большою заботливостию, сохранит их веру, права, обычаи церковные и судебные. Филарет и прочие московские люди поверили обещаниям и чрез своих послов, во главе которых находился известный приверженец самозванцев Михаиле Салтыков, объявили королю (27 генваря 1610 г.), что желают иметь государем в Москве сына его Владислава, но под условием, если ненарушимо будут сохранены их православная вера, права и вольности народные. Послы постановили об этом с сенаторами короля и более подробные условия. Король, кроме того, прислал нареченному патриарху Филарету грамоту (февраль 1610 г.), в которой, соглашаясь дать сына своего, королевича Владислава, государем в Москву, удостоверял, что веры греческого закона не нарушит ни в чем. И хотя эти сношения скоро должны были прекратиться, потому что после бегства царика в Калугу воинский стан в Тушине (5 марта) был зажжен самими поляками и оставлен всеми, а Филарет, которого поляки взяли было в плен и повели с собою "с великою крепостию", на пути был освобожден русскими ратниками и прибыл в Москву, но не остались без последствий. Когда по низвержении Шуйского в Москве начали рассуждать, кого избрать в государи, польский гетман Жолковский, стоявший с войском в Можайске, настоятельно требовал, чтобы Москва признала своим царем Владислава, и прислал (31 июля) самый договор, заключенный Сигизмундом с Михаилом Салтыковым и другими русскими послами, приходившими под Смоленск из Тушина. Первый боярин князь Мстиславский и другие бояре действительно согласились избрать Владислава и объявили о том всенародно, патриарх сильно противился, настаивая, чтобы избран был православный царь из русских, и указывал двух кандидатов - князя Василия Голицына и четырнадцатилстиего Михаила Федоровича Романова, сына митрополита Филарета Никитича. Сам Филарет выезжал на Лобное место и говорил народу: "Не прельщайтесь, мне самому подлинно известно королевское злое умышленье над Московским государством, хочет он им с сыном завладеть и нашу истинную христианскую веру разорить, а свою латинскую утвердить". Но Жолкевский и бояре превозмогли. Гермоген должен был уступить и сказал боярам: "Если королевич крестится и будет в православной вере, то я вас благословляю, если же не оставит латинской ереси, то от него во всем Московском государстве будет нарушена православная вера и да не будет на вас нашего благословения". Бояре заключили договор с гетманом Жолкевским, приняв за основание те условия, которые постановлены были самим королем под Смоленском с Салтыковым и его товарищами. В договоре ясно выражалось, что православная вера в России останется неприкосновенною и что к королю будут отправлены великие послы бить челом, да крестится государь Владислав в веру греческую. 27 августа жители Москвы целовали крест новоизбранному государю на Девичьем поле, а на другой день в Успенском соборе в присутствии самого патриарха. Тут в числе других подошли к патриарху за благословением Михаиле Салтыков и его тушинские товарищи, и патриарх сказал им: "Если в вашем намерении нет обмана и от вашего замышления не произойдет нарушения православной веры, то будь на вас благословение от всего Собора и от нашего смирения, а если скрываете лесть и от замышления вашего произойдет нарушение православной веры, то да будет на вас проклятие".