Собор открылся не позже октября 1553 г. и продолжался и в следующем году. На этом Соборе, имевшем свои заседания в царских палатах, присутствовали под председательством митрополита Макария Ростовский архиепископ Никандр и епископы: Афанасий Суздальский, Кассиан Рязанский, Акакий Тверской, Феодосий Коломенский и Савва Сарский вместе с многочисленным духовенством. Присутствовал и царь с своими братьями и со всеми боярами. Пред лицом Собора Башкин вновь исповедал свои заблуждения, каялся в них и начал обличать своих единомысленников с очей на очи. Сам государь "начат их испытовати премудре", но они хотя убоялись царя, так крепко поборавшего по благочестию, однако ж запирались и не сознавались. Только некоторые из них сказали сами на себя, что они не поклонялись святым иконам и положили зарок и впредь им не поклоняться. Для обличения еретиков на Собор принесена была книга преподобного Иосифа Волоколамского - знак, что лжеучение их Собор считал однородным с ересию жидовствующих и как бы ее отраслию. Царь весьма похвалил эту книгу, а митрополит и весь священный Собор назвали ее светилом православия. К изумлению, один из числа самих святителей - Кассиан Рязанский начал поборать за еретиков и особенно за своего старца Исаака Белобаева, приведенного на Собор из дальней пустыни Соловецкого острова, а вместе начал хулить книгу преподобного Иосифа и говорить, что ее свидетельства не подлинны, за что и подвергся небесной казни: у него отнялись рука, нога и язык, и он, расслабленный, оставил свою епископию и отошел в монастырь. Из всех заподозренных в ереси и судившихся на Соборе только об одном, именно о бывшем игумене Троицкого Сергиева монастыря Артемии, дошла до нас соборная грамота, из которой можно видеть, в чем обвинялся он и какие давал ответы.
   До игуменства своего Артемий жил в псковском Печерском монастыре, потом поселился в какой-то белозерской пустыни и оттуда вызван был в Москву. Здесь царь велел остановиться ему в Чудовской обители, а священнику Сильвестру поручил поприсмотреться к нему, поиспытать его. И когда Сильвестр нашел, что Артемий имеет "довольно книжнаго ученья и исполнен добраго нрава и смирения", то по просьбе троицких братий и по повелению государеву Артемий поставлен был в игумена к Троице (в 1551 г.). У Артемия был ученик Порфирий; этот ученик в качестве старца-странника не раз приходил для духовной беседы к благовещенскому священнику Симеону, который, заметив, что он "от Писания говорит недобро", передал все слышанное Сильвестру. Сильвестр пригласил странника к себе и во время неоднократной беседы с ним заметил то же самое и свои сомнения пересказал царю. Царь обратил свое внимание на самого Артемия и начал примечать "вся слабостная учения" Порфирия и в его учителе. Но Артемий скоро оставил игуменство "за свою совесть" и отошел в пустыню. Когда начались разыскания по поводу ереси Башкина, тогда приведен был в Москву из своей пустыни и Артемий вместе с учеником своим Порфирием и другими старцами. Артемию было сказано, будто он вызван, чтобы "говорить книгами", или состязаться, с Башкиным; но, услышав в Москве, что Башкин указывает и на него как на своего сообщника, тайно бежал из Андроникова монастыря, где был помещен, в свою белозерскую Порфириеву пустынь. Его, однако ж, вновь взяли оттуда и представили пред лицо Собора. Здесь прежде всех выступил против Артемия сам Башкин и как письменно, так и словесно свидетельствовал, что Артемий изрекал хулы на поклонение святым иконам, на таинство Евхаристии, на предания святых отцов и многие другие. Но Артемий ни в чем не сознался и на все убеждения митрополита покаяться отвечал: "Я так не мудрствую, я верую во Отца и Сына и Святого Духа, в Троицу Единосущную". Кроме Башкина еще шесть свидетелей один за другим говорили против Артемия. Собственный его келейник и ученик Леонтий рассказал только, как Артемий бежал тайно из Андроникова монастыря в свою пустынь. Артемий сознался, что бежал от наветующих, будто он неистинствует в христианском законе; самих же наветующих, несмотря на неоднократные допросы, не поименовал. И Собор поставил Артемию в вину, зачем он не бил челом царю и митрополиту на этих наветующих и не свел с себя навета, а тайно бежал из Москвы. Бывший ферапонтовский игумен Нектарий заявил пред Собором: "Артемий говорил мне о Троице: в книге Иосифа Волоцкого написано негораздо, что Бог посылал в Содом двух ангелов, т. е. Сына и Святого Духа; да Артемий же новгородских еретиков не проклинает, и латинян хвалит, и поста не хранит: во всю Четыредесятницу ел рыбу и в день Воздвижения у царя за столом ел рыбу; да он же, Артемий, ездил из Пскова, из Печерского монастыря в Новый городок к немцам и восхвалял их веру..." Артемий на это отвечал: "Когда случалось мне из пустыни бывать у христолюбцев, я ел рыбу и у царя в день Воздвижения ел рыбу; в Городок к немцам ездил и спрашивал у немецкого князя, нет ли у них человека, с кем бы мне поговорить книгами; я имел в виду поговорить о том, таков ли христианский закон у римлян, как у нас; но мне такого книжного человека не указали". Собор вменил Артемию в вину и то, что он нарушал пост к соблазну православных, и то, что ездил к немцам для означенной цели, ибо он сам ведает, говорил Собор, что наша есть истинная православная вера, а латинская вера отречена от православной святыми отцами и предана проклятию. Тот же Нектарий обличал Артемия во многих богохульных и еретических речах; но Артемий называл все это клеветою, и три старца-пустынника, на которых сослался Нектарий как на слышавших те богохульные речи, действительно не подтвердили его слов и сказали, что "про Артемия хулы на Божественное Писание и христианский закон не слыхали ничего". Третий свидетель, бывший игумен Троицкого Сергиева монастыря Иона, писал на Артемия, что он говорил хулу о крестном знамении: "Нет-де в том ничего; прежде-де сего на челе своем знамение клали, а ныне своим произволением большие кресты на себе кладут; да и на Соборе-де о том крестном знамении слово было да не доспели ничего". Артемий отвечал, что про крестное знамение Ионе не говаривал, а про Собор говорил, и именно про Собор нынешний, - и это поставлено Артемию в вину. Четвертый свидетель, келарь Троицкого Сергиева монастыря Адриан Ангелов, показал пред Собором: "Говорил Артемий в Корнильеве монастыре, в келье игумена Лаврентия, что нет пользы петь панихиды и обедни по умершим, тем они муки не избудут". Артемий отвечал: "Я говорил про тех, которые жили растленным житием и грабили людей, что когда начнут петь по них панихиды и обедни, то нет им пользы и чрез то им муки не избыть". Собор справедливо осудил эту ложную мысль и обвинил Артемия за то, что отнимает у грешников надежду спасения, подобно Арию, который учил, что не должно творить приношения за умерших. Затем старец Троицкого Сергиева монастыря Игнатий Курачов показал: "Я слышал от Артемия про канон Иисусов: таки Иисусе, таки Иисусе, а про акафист: радуйся да радуйся". На это Артемий дал такое объяснение: "Говорят в каноне: Иисусе сладкий, а как услышат слово Иисусово, что надобно исполнять Его заповеди, то в горесть прелагаются; говорят в акафисте: радуйся да радуйся, Чистая, а сами о чистоте нерадят; значит, только по обычаю говорят, а не по истине". Собор назвал такое объяснение "развратным и хульным" и заметил, что канон и акафист Пречистой Богородице надобно всякому христианину держать честно. После трех последних свидетелей, которые все были из Сергиева монастыря, где несколько времени игуменствовал Артемий, явился обвинителем против него кирилло-белозерский игумен Симеон, который еще до Собора писал царю: "Как пришло повеление быть Артемию в Москве, он находился в нашей обители, и, когда я сказал ему, что Матфея Башкина поймали в ереси, он, Артемий, молвил: "Не ведают того, что ересь; сожгли Курицына да Рукового и нынче сами не знают, за что их сожгли". Артемий сначала утверждал на очной ставке с Симеоном, что не говорил ему про новгородских еретиков, но когда Симеон указал на кирилловского старца Никодима Бруднова и последний засвидетельствовал, что и он слышал те Артемиевы речи, тогда Артемий молвил: "Не упомню, так ли я говорил про новгородских еретиков; я новгородских еретиков не помню и сам не знаю, за что их сожгли; может быть, я сказал, что я не знаю, за что их сожгли и кто их судил, но не говорил, что они (т. е. судившие) того не знают, - я сказал только про себя". Наконец Артемий дал пред Собором показание и сам на себя, хотя показание совсем другого рода. "Когда меня нарекли, - сказал он, - во игумена к Троице и велели меня свидетельствовать, я исповедовал отцу духовному мои блудные грехи, а он мне говорил: "То-де переступи (опусти)". Но духовник, став с очей на очи с Артемием, сказал: "Я спрашивал тебя о убийственных и блудных грехах, и ты мне их не открыл". Тогда Артемий начал говорить: "Другой священник, тут стоявший, молвил: "То-де переступи", а имени его не помню, тогда было семь свидетелей". За такое недостоинство свое, в котором Артемий сам теперь сознался, и за клевету на отца духовного Собор немедленно лишил Артемия священного сана и отлучил по церковным правилам. А за те вины, которые взводили на Артемия другие и в которых он сознался, Собор определил: чтобы Артемий не мог своим учением и писаниями вредить другим, живя где захочет, сослать его в Соловецкую обитель, там поместить его в самой уединенной келье, лишить его всякой возможности переписываться или иначе сноситься с кем бы то ни было, даже с иноками, чтобы он не соблазнил кого-либо из них, и поручить наблюдение за ним только духовнику и игумену; в этом заключении оставаться Артемию до тех пор, пока он совершенно не покается и не обратится от своего нечестия; если он истинно покается и игумен донесет о том, тогда Собор рассудит и примет его, Артемия, в единение с Церковию по священным правилам; а если не покается, то держать его в заключении до его кончины и только пред смертию удостоить его святого причастия. Но Артемий не захотел оставаться в Соловецком монастыре и бежал оттуда в Литву. Осуждение Артемия Собором крайне не нравилось одному современнику, князю Курбскому, который, называя Артемия "неповинным и святым мужем", утверждает, будто его осудили по одним клеветам и злобе. Но слова Курбского как во многих других случаях, так и здесь оказываются пристрастными и несправедливыми. Рассматривая внимательно одно то, в чем сознался Артемий, мы должны сказать, что хотя он веровал в Пресвятую Троицу и не был еретиком, проповедовавшим какое-либо определенное еретическое учение, но он любил вообще повольнодумничать о священных предметах веры и хотел казаться, как ныне выражаются, либералом и на словах и в некоторых действиях; что этим своим вольничаньем, если бы оно ограничивалось даже тем немногим, в чем он сознался, он не мог не оказывать вредного влияния на православных, особенно людей простых, и что потому Артемий осужден отнюдь не неповинно, а ссылка его в Соловецкий монастырь была мерою благоразумною, если не необходимою. С другой стороны, если бы Артемий не чувствовал ничего за собою и признавал себя совершенно невинным, зачем он бежал из Москвы, едва только услышал, что его подозревают в единомыслии с Башкиным? Зачем бежал потом и из Соловецкого монастыря, а не покаялся и не воссоединился с православною Церковию, что ему не было преграждено? До какой же степени был святым мужем этот старец-пустынник, свидетельствует его собственное сознание, вследствие которого он немедленно лишен был Собором священного сана. Ныне сделались известными послания Артемия, писанные им в Литве, в которых он является будто бы даже поборником православия против Симона Будного и других еретиков, тогда действовавших в нашем Западном крае. Но если действительно таково содержание посланий, то это показывает только, что Артемий, наученный горьким опытом, отбросил свое прежнее либеральничанье и сделался твердым христианином в последние годы своей жизни, проведенные им в Литве.
   В то самое время как Собор занимался делом Башкина и Артемия с их единомысленниками, неожиданно возникло другое дело, которым Собор также должен был заняться, не оставляя и первого. В числе свидетелей, обличавших на Соборе еретиков, в особенности Башкина, находился дьяк Иван Михайлович Висковатый. В одно из заседаний соборных, когда царь, разговаривая с митрополитом о прежнем соборном уложении (1551), какие дела по нему уже исправлены и какие еще нет, выразил желание, чтобы и прочие дела были исправлены и чтобы, в частности, иконники писали образа с добрых образцов, и когда митрополит отвечал государю, что в Москве по соборному уложению установлены для наблюдения за иконописцами четыре старосты-иконника, вдруг возвысил свой голос Висковатый и сказал: "Не следует изображать на иконах невидимого Бога и Бесплотных Сил, как ныне видим на иконе "Верую во Единаго Бога". "Да как же писать?" - спросил митрополит. "Писать бы на той иконе, отвечал Висковатый, - сначала одни слова: "Верую во Единаго Бога Отца Вседержителя, Творца небу и земли, видимым же всем и невидимым", а затем уже со слов и "во Единаго Господа Иисуса Христа" до конца Символа писать и изображать иконным письмом, по плотскому смотрению". Тогда митрополит сказал: "Ты мудрствуешь о святых иконах негораздо; живописцы отнюдь не описуют невидимого Бога, а изображают Его по видению пророческому (т. е. как являлся Он в видении пророкам) и по древним образцам", и присовокупил: "Ты стал на еретиков, смотри не попадись и сам в еретики; знал бы ты свои дела, которые на тебе положены". Это происходило 25 октября 1553 г. В следующем месяце Висковатый явился к митрополиту и подал ему подробное изложение своих мнений и недоумений о святых иконах и просил рассмотреть дело на Соборе. Здесь надобно пояснить, что послужило поводом к недоумениям Висковатого. После страшных пожаров московских 1547 г., когда погорели в Кремле все церкви и в них иконы, вызваны были из Новгорода, Пскова и других городов иконописцы написать новые иконы для церквей и расписать царские палаты. На многих из этих икон по указанию священника Сильвестра, любимца Иоаннова, изображены были события из священной истории: сотворение мира и человека, явление Пресвятой Троицы в виде трех ангелов Аврааму, видение Ветхого деньми, т. е. Господа Саваофа, пророком Даниилом, Страсти Христовы и пр., также представлены были в лицах и образно содержание всего Символа веры, содержание некоторых песней церковных, каковы: "Хвалите Господа с небес", "Достойно есть", "Единородный Сыне", "Во гробе плотски" и др., а царские палаты расписаны были по стенам разными символическими изображениями. Так как некоторые из новых икон, особенно в придворной Благовещенской церкви, непохожи были на те, какие прежде в ней были и к которым все привыкли; так как одного из священников этой церкви, Сильвестра, по распоряжению которого и писаны новые иконы, Висковатый подозревал в единомыслии с Артемием, а другого священника, Симеона, признавал духовником Башкина, то и пришел к мысли, не проведены ли в новых иконах под видимыми образами еретические мудрования. Увлекшись такою мыслию, Висковатый начал критиковать новые иконы, порицал их вслух всего народа к соблазну православных и наконец изложил свои сомнения на бумаге и представил "список своея руки" митрополиту. По приказанию государя список Висковатого рассмотрен был на Соборе. В продолжение двух соборных заседаний Висковатый читал этот список сам, а митрополит давал ему свои ответы. Мы представим для примера только более важные недоумения Висковатого и решения на них митрополита Макария.
   Висковатого соблазняли изображения Бога Отца, или Господа Саваофа, и Пресвятой Троицы на новых иконах: не должно, говорил он, изображать Бога Отца, невидимого по существу, в виде Ветхаго деньми (старца), по видению пророка Даниила, и Пресвятую Троицу в виде трех ангелов, являвшихся Аврааму, потому что эти видения, или явления, были в Ветхом Завете, который уже прошел и отложен.
   Митрополит отвечал, что не весь Ветхий Завет отложен, что Христос, восходя на небеса, оставил святым апостолам и Ветхий и Новый Закон, а апостолы, наставляемые Духом Святым, иное отложили из Ветхого Завета (закон обрядовыю, иное же приняли и передали по себе святой Церкви, каковы пророчества, и видения пророков, и бывшие Богоявления. Потому справедливо изображают христианские живописцы Бога Отца в виде Ветхаго деньми и Пресвятую Троицу в виде трех ангелов, и это отнюдь не новость в нашей Церкви: такие изображения существуют во многих древних храмах в Греции, на Афоне, в Новгороде и других местах. Живописцы наши не Существо Божие описуют, невидимое и непостижимое, а изображают Бога по пророческому видению и по древним образцам. Еще более соблазнялся Висковатый тем, что на новых иконах, представлявших сотворение мира и Адама, Сын Божий изображен в виде ангела с крылами: не скрывается ли тут, думал Висковатый, еретическая мысль единомысленников Башкина, будто Сын не равен Отцу и относится к числу духов служебных? Митрополит отвечал, что тут нет ничего еретического, что живописцы изображают так Сына Божия по пророчеству о Нем Исаии: велика совета Ангел, Бог крепок, и пр., и изображают по древним образцам. Висковатый указывал еще на то, что на некоторых новых иконах Христос распятый изображен с распростертыми дланьми, как и следует, а на других с руками сжатыми, на третьих с руками ослабленными. Митрополит отвечал: "Где написан Христос на Кресте с сжатыми руками или ослабленными, то иконники написали негораздо, не по древним греческим образцам, те иконы мы велели переписать".
   Вообще, все недоумения Висковатого относительно икон митрополит разрешил, с одной стороны, объяснением внутреннего смысла их, а с другой указанием на то, что иконы эти вовсе не были новые, а писаны были по древним образцам. Кроме недоумений об иконах, Висковатый поместил в своем "списке" исповедание своей веры, действительно православное, и писал митрополиту: "А что ты, государь, изрек на меня суровое слово, будто я еретик, то, если знаешь, не колеблясь, обличи меня". Митрополит отвечал: "Ты написал это негораздо; я не назвал тебя тогда еретиком, а сказал только тебе: "Стал ты на еретиков, но ныне мудрствуешь о святых иконах негораздо; смотри не попадись и сам в еретики; знал бы ты свои дела, которые на тебе положены". По выслушании и обсуждении всего списка дьяка Висковатого Собор сначала отлучил было его от Церкви - не столько за его сомнения и своевольные мудрования о святых иконах, сколько за то, что он разглашал свои мудрования посреди многих людей на соблазн православным и возмущал народ, а не обратился со своими недоумениями прямо к правителям Церкви. Но через две недели, когда отлученный подал Собору свое "Покаяние", в котором подробно сознавался во всех своих заблуждениях и просил прощения, Собор принял Висковатого к святой соборной Церкви, возложив, однако ж, на него трехлетнюю епитимию: один год он должен был стоять за церковными дверьми и исповедать свои согрешения всем входящим в церковь; другой год - стоять в церкви, но только для слушания Слова Божия (до литургии верных); третий стоять в церкви и с верными, но без причастия Святых Тайн, и уже по истечении трех лет имел быть удостоен святого причастия. Трехлетняя епитимия назначена была Висковатому за то, что он "три года, не испытав Божественного Писания, сомнение имел о святых иконах, и вопил, и возмущал народ православный в соблазн и в поношение многим". В то же время били челом Собору на дьяка Ивана Висковатого благовещенские священники Сильвестр и Симеон за то, что он оговорил их в своем списке, и подали "жалобницы", в которых подробно изложили свои бывшие отношения к Башкину и Артемию, нам уже известные, а Сильвестр изложил и историю написания новых икон и свидетельствовал, что все они писаны по древним образцам. По прочтении этих жалобниц на Соборе Висковатый бил челом Сильвестру и Симеону и испросил у них прощение. Наконец, чтобы на будущее время предохранить Висковатого от подобных увлечений. Собор напомнил ему 64-е правило Шестого Вселенского Собора, которое гласит: "Не подобает мирянину пред народом произносити слово или учити и тако брати на себя учительское достоинство, но повиноватися преданному от Господа чину, отверзати ухо приявшим благодать учительскаго слова и от них поучатися Божественному. Ибо в единой Церкви разные члены сотворил Бог..." и пр.
   Приговор о трехлетней епитимии Висковатому подписан Собором 14 января 1554 г. А чрез десять дней подписана митрополитом и грамота об Артемии в Соловецкий монастырь. Но сам Башкин был осужден Собором несколько прежде и еще 22 декабря предшествовавшего года был привезен в Иосифов волоколамский монастырь. Прочие единомысленники Башкина и Артемия были разосланы также по монастырям; например, инок Савва Шах заточен был в какой-то ростовский монастырь, а архимандрит Феодорит, бывший просветитель лопарей, - в монастырь Кирилло-Белозерский. Впрочем, Феодорит, осужденный по одному подозрению как приятель Артемия и несколько времени живший вместе с ним в белозерской пустыне, скоро был освобожден по ходатайству за него бояр и мог жить, где хотел. Вообще, настоящий Собор поступал с еретиками далеко не так строго, как поступил Собор 1503 г. с жидовствующими: теперь только осудили виновных на заключение в монастырях, "да не сеют злобы своея роду человеческому".
   Можно думать, что Собор продолжал свои действия и после осуждения Артемия, следовательно, после генваря 1554 г. Есть современные свидетельства, что вслед за Артемием привезен был в Москву с Белоозера Феодосий Косой с другими старцами и что о Косом происходило соборное дело, которое и хранилось потом вместе с такими же делами о Башкине и Артемии. Это дело о Косом не дошло до нас, но зато дошли другие достоверные сведения как о нем самом с его товарищами, так особенно об его учении. Разумеем два сочинения, написанные иноком новгородского Отенского монастыря Зиновием (? 1568) против Косого. В первом из них, под заглавием "Истины показание", Зиновий, с одной стороны, передает то, что говорили ему о Косом и его учении последователи Косого - три клирошанина старорусского Спасского монастыря: монахи Герасим и Афанасий и мирянин Феодор иконник, а с другой обширно излагает свои ответы. Во втором сочинении, под заглавием "Многословное послание", Зиновий сначала сам кратко говорит о Косом и его товарищах, а затем опровергает те пункты их учения, которые изложены были в письме к нему какими-то православными христианами из Литвы, слышавшими это лжеучение и соблазнявшимися им. Феодосий был рабом одного из московских бояр и, обокрав своего господина, бежал на Белоозеро вместе с другими рабами, также обокравшими своих господ. Там беглецы поступили в монастыри и приняли пострижение, а потом соединились на Новоозере. Это были кроме Феодосия Косого Игнатий, Вассиан и другие с ними. Замечательно, что все они называются у Зиновия "учениками Артемиевыми". Но вероятно, что эти ученики, как нередко бывает, пошли гораздо далее своего учителя: они совсем "отверглись Христовой веры" и впали в заблуждение, которое сами с своими последователями называли "новым учением", а православные - "безбожною ересью". Феодосий считался главным учителем, или проповедником, нового учения, которое начало распространяться с 1552 г. и было принимаемо многими. Когда по распоряжению Собора Косой был схвачен и привезен в Москву вместе с своими товарищами, то, будучи заключен здесь в одном из монастырей, умел приласкаться к стражам, так что при послаблении с их стороны бежал в Литву с Вассианом и другими единомысленниками. На пути, чтобы не быть узнанными, они переменяли свои имена, облекались в черные одежды и, переходя через Псков, Торопец и Великие Луки, везде распространяли свое лжеучение. В Литве они пристали на месте, которое называлось озеро Усочерт, продолжали свою проповедь и совратили многих от православной веры. Феодосий женился здесь на одной вдовой жидовке.