После нескольких удачных стычек с новгородцами войска великого князя нанесли им страшное поражение на реке Шелони (14 июля) и заставили их смириться. Нареченный владыка Феофил, старые посадники и житые люди приехали к Иоанну просить пощады. Великий князь смиловался, взял большой окуп (15500 рублей) и заключил с новгородцами новый договор (11 августа), по которому они обязывались пред великим князем и сыном его Иоанном Иоанновичем "за короля и великого князя литовского от вас, великих князей, нам, вашей отчине, вольным людям, не отдаваться никакою хитростию и князей нам у короля на пригороды не просить и не принимать, а на владычество нам избирать себе по своей старине, и владыке нашему ставиться в дому Пречистой, у гроба святого Петра чудотворца в Москве, и нигде нам, кроме Московского митрополита, владыки себе не ставить, а пошлины вам, великим князьям, и вашему отцу митрополиту от владыки нашего иметь по старине и лишнего не прибавлять". Через четыре месяца Феофил прибыл в Москву и декабря 15-го поставлен на архиепископию митрополитом Филиппом с пятью епископами.
   С апреля 1472 г. главная забота митрополита Филиппа была сосредоточена на сооружении нового Успенского собора вместо прежнего, уже обветшавшего и частию обрушившегося. Но святитель едва только успел заготовить материалы для здания, разобрать прежний храм и начать новый. Через год (4 апреля) случился в Кремле большой пожар, от которого сгорел и митрополитский дом. Наутро, когда огонь стал утихать, митрополит пришел в деревянную церковь Успенского собора (временно устроенную) и со слезами начал петь молебен у гроба святителя Петра. Прибывший туда же великий князь, желая утешить святителя, говорил: "Бери у меня, отче, сколько хочешь хором и запасов". Но митрополит, изнемогши телом и почувствовав, что у него ослабела одна рука и нога, сказал князю: "Богу так угодно, отпусти меня в монастырь". Князь не согласился, а велел на время перевесть святителя в близ находившееся Богоявленское подворье Троицко-Сергиевой лавры. Здесь в ночь на 5 апреля митрополит Филипп скончался.
   По зову великого князя ко дню святоговеликомученика Георгия (23 апреля) явились в Москву архиепископ Ростовский Вассиан и епископы: Суздальский Евфимий, Рязанский Феодосий, Коломенский Геронтий, Сарский Прохор. А Новгородский архиепископ Феофил и епископ Тверской Геннадий прислали своих послов, выражая свое согласие признавать митрополитом того, кого по воле Божией изберут великий князь, прочие епископы и весь Собор. Собор избрал епископа Коломенского Геронтия, который 4 июня был введен на митрополичий двор, а 29-го, т. е. в день святых апостолов Петра и Павла, поставлен в митрополита.
   Святитель Геронтий был человек с твердым характером и в делах церковных не раз обнаруживал свою самостоятельность даже по отношению к великому князю. В 1478 г. иноки знаменитого Кирилло-Белозерского монастыря, гордясь своим богатством, задумали освободиться из-под власти Ростовского архиепископа Вассиана и перейти в непосредственное ведение своего удельного князя Михаила Андреевича верейского. Князь Михаил просил о том митрополита. Геронтий исполнил желание иноков и дал князю грамоту на монастырь. Архиепископ Вассиан начал бить челом митрополиту, чтобы он, вопреки правил, не вступался в его пределы, - митрополит не послушал его. Вассиан обратился с просьбою к великому князю - митрополит не послушал и великого князя. Тогда Иоанн Васильевич послал взять у князя Михаила митрополичью грамоту и приказал быть в Москве Собору епископов и архимандритов, чтобы дать суд архиепископу Ростовскому с митрополитом. Открылись продолжительные изыскания, и митрополит, убоявшись суда соборного, умолил великого князя примирить его с Вассианом. Мир состоялся, грамота митрополичья была разорвана, а Кириллов монастырь указали ведать по старине архиепископу Ростовскому. Вся эта смута произошла, замечает летописец, от бывшего тогда новоначального кирилловского игумена Нифонта и от новоначальных старцев, а старые старцы, постриженники того монастыря, все со слезами молили Бога, чтобы Он укротил брань и оставил их жить в повиновении своему святителю Ростовскому, как жил преподобный Кирилл.
   Вскоре за тем, когда совершилось в Москве (августа 12-го) освящение Успенского собора, какие-то "прелестники" наговорили великому князю, что митрополит ходил вокруг церкви со крестами не по солнцу. Князь прогневался на митрополита и сказал, что за такие дела приходит гнев Божий. Открылось публичное расследование вопроса, посолонь ли или против солнца должно ходить при освящении церкви. Но в книгах об этом ничего не нашли. Много было речей и спору. Некоторые архимандриты и игумены говорили за митрополита и один сказал: "Я видел на Святой горе освящение церкви - там ходили со крестами против солнца". Сам митрополит приводил во свидетельство то, что диакон при каждении престола начинает с правой стороны и, следовательно, ходит вокруг престола против солнца. А Ростовский владыка Вассиан Рыло и чудовский архимандрит Геннадий, которых великий князь призвал на спор, в защиту противоположного мнения не представляли никакого свидетельства, но только говорили: "Христос, Солнце праведное, наступил на ад, связал смерть и освободил души; потому и на Пасху исходят, то же прообразуют на утрени". Много спорили, но ничего не решили. Важные гражданские дела и особенно нашествие татарского царя Ахмата отвлекли великого князя от этого церковного дела. Но чрез три года он снова начал распрю с митрополитом за то, что последний при освящении соборной церкви ходил вокруг нее с крестами не по солнцу. Митрополит огорчился и съехал в Симонов монастырь, оставив в соборе свой посох и взяв с собою только ризницу. У митрополита была мысль и совсем отказаться от кафедры и поселиться в келье, если великий князь не придет к нему бить челом и не перестанет настаивать, чтобы ходить посолонь. Между тем построено было много новых церквей, и великий князь не велел освящать их, пока не решится спорный вопрос. Но все священники и книжники, все иноки и миряне говорили за митрополита, а за князя - только Ростовский владыка Иоасаф, преемник Вассиана, да чудовский архимандрит Геннадий. Тогда Иоанн Васильевич увидел нужду уступить. Он послал сына своего просить митрополита, чтобы он возвратился на свой стол, митрополит не послушал. Великий князь поехал к нему сам и бил ему челом, прося возвратиться на кафедру, признавал себя виновным во всем, обещался слушать митрополита во всех речах и предоставить ему совершать крестные ходы по своей воле, как было в старину. И митрополит возвратился на свой стол.
   В 1483 г. навечерие Крещения Господня случилось в день воскресный. Потому чудовский архимандрит Геннадий велел своей братии пить богоявленскую воду поевши, по своему изволению. Митрополит послал схватить Геннадия и представить к себе. Геннадий бежал к великому князю. Митрополит пошел туда сам и говорил на Геннадия: "Он, во-первых, поступил самовольно, не спросясь меня, а во-вторых, обесчестил священную воду, повелевши пить ее по принятии пищи". Тогда великий князь выдал его митрополиту, а митрополит приказал сковать его и посадить в ледник под палату. Но великий князь с боярами упросил митрополита пощадить виновного, указывая на тот случай, что когда Ростовский владыка Феодосий дозволил также в навечерие Богоявления вкушать мирянам мясо, то митрополит Иона хотя обличил владыку, но ради покаяния его простил.
   Через два года митрополит Геронтий, сделавшись болен, задумал оставить митрополию и переехал в Симонов монастырь, взяв с собою ризницу и посох. Но, выздоровев, захотел опять на митрополию. Между тем великому князю этого не желалось, и он послал бывшего троицкого игумена Паисия уговорить Геронтия не возвращаться. Геронтий стоял на своем и несколько раз убегал из Симоновой обители в Москву, но его перехватывали на пути и отвозили в обитель. Великий князь не знал, что делать. У него была мысль видеть митрополитом самого Паисия, но Паисий объявил, что митрополии не желает, так как он, будучи прежде вынужден великим князем принять на себя только игуменство в Троицко-Сергиевом монастыре, не в силах был понести даже этого бремени и направить иноков на Божий путь, отчего и оставил игуменство. Великий князь потребовал у Паисия мнения: годится ли взять на митрополию опять Геронтия? Паисий отвечал утвердительно, и Геронтий с согласия князя возвратился на свой стол.
   Несмотря, однако ж, на неоднократные столкновения с великим князем по церковным делам, Геронтий усердно служил ему чем только мог в делах гражданских, относившихся ко благу отечества. Когда татарский хан Ахмат двинулся (в 1480 г.) со всею своею ордою в пределы России и между русскими боярами нашлись такие, которые советовали Иоанну Васильевичу не сразиться с страшным врагом, а лучше удалиться в какие-либо безопасные места, митрополит с Ростовским архиепископом Вассианом Рыло и вообще со всем духовенством более всех старался противодействовать этим малодушным советам и возбудить великого князя на борьбу с татарами, чувствуя, что настал решительный час свергнуть поносное иго с отечества. Иоанн поспешил отправить свои полки навстречу врагу и, расположив их где считал нужным, сам возвратился в Москву. Здесь подумали, что он бежал; поднялся общий ропот, а Вассиан, встречая Иоанна в Кремле вместе с митрополитом, осмелился прямо назвать князя беглецом и прибавил: "Вся кровь христиан падет на тебя за то, что ты, выдав их, бежишь прочь, не сразившись с татарами. И чего боишься смерти? Не бессмертный ты человек, а смертный. Дай войско в мои руки - увидишь, уклоню ли я, старик, лицо свое пред татарами". Надобно заметить, что Вассиан был духовником великого князя и пользовался особенным его уважением и любовию, потому, без сомнения, и позволял себе говорить пред ним смелее прочих, даже самого митрополита. Когда разъяснилось, что Иоанн Васильевич вовсе не бежал, а приехал в Москву только помолиться угодникам Божиим и посоветоваться с митрополитом, своею матерью, своим духовным отцом Вассианом и с боярами и чрез две недели собрался снова отправиться к войску, тогда митрополит напутствовал князя следующими словами: "Бог да сохранит царство твое силою Своего Честного Креста и даст тебе победу на врагов молитвами Пречистой Богородицы и всех святых. Только мужайся и крепись, сыне духовный, как добрый воин Христов. Господь сказал: Пастырь добрый душу свою полагает за овцы, а наемник, видя волка грядущего, оставляет овец и убегает... Ты, государь, не как наемник, но как истинный пастырь потщись избавить врученное тебе словесное стадо Христовых овец от грядущего ныне волка. А Господь Бог укрепит тебя и поможет тебе и всему твоему христолюбивому воинству". Все духовенство сказало вместе при этом: "Аминь". Иоанн (3 октября) отправился к войску, и вскоре на реке Угре произошло несколько перестрелок с татарами, довольно удачных для нас. Но вдруг в Москву донеслась весть, что великий князь снова поддался влиянию своих недобрых советников и с унижением посылал просить мира у Ахмата. Это вызвало со стороны духовенства два послания к Иоанну. Одно отправлено было владыкою Вассианом, который как духовник князя считал себя вправе объясняться пред ним со всею смелостию. "Молю твое величество, благолюбивый государь, - писал владыка, - не прогневайся на мое смирение за то, что прежде я осмелился сказать тебе устами ко устам для твоего спасения (ибо наше дело, государь, напоминать вам, а ваше слушать), теперь же дерзаю написать твоему благородству от Божественного Писания, сколько вразумит меня Бог, на крепость и утверждение твоей державе". Изложив затем, как Иоанн приходил в Москву для богомолья и совещаний и здесь дал обет постоять твердо за святую веру и отчизну против супостатов и не слушаться худых советников, как проводили его из Москвы митрополит и все духовенство и потом молились за него и за успехи его воинства дни и ночи, Вассиан продолжал: "Что же мы слышим? Ахмат приближается и губит христианство, похваляется на тебя и на твое отечество, а ты смиряешься, просишь о мире, посылаешь к нему, когда он дышит гневом и не слушает твоей мольбы. Не унывай, но возверзи на Господа печаль твою, и Той тя препитает. Дошло до слуха нашего, что прежние твои развратники не перестают шептать тебе на ухо льстивые слова, советуют не противиться супостатам, но отступить и предать на расхищение волкам словесное стадо Христовых овец. Молюсь твоей державе, не слушай их советов! Что они советуют тебе, эти льстецы лжеименитые, которые думают, будто они христиане? Советуют бросить щиты и, не сопротивляясь нимало окаянным этим сыроядцам, предать христианство, свое отечество и, подобно беглецам, скитаться по чужим странам. Помысли, великомудрый государь, от какой славы в какое бесчестие сведут они твое величество, когда народ тьмами погибнет, а церкви Божии разорятся и осквернятся. Кто каменносердечный не всплачется об этой погибели? Убойся же и ты, пастырь! Не от твоих ли рук взыщет Бог эту кровь? Не слушай, государь, этих людей, хотящих честь твою преложить в бесчестие и славу твою в бесславие, хотящих, чтобы ты сделался беглецом и назывался предателем христианским; выйди навстречу безбожному языку агарянскому, поревнуй прародителям твоим великим князьям, которые не только Русскую землю обороняли от поганых, но и чужие страны брали под себя, говорю об Игоре, Святославе, Владимире, бравших дань на царях греческих, о Владимире Мономахе, который бился с окаянными половцами за Русскую землю, и о других многих, о которых ты лучше моего знаешь. А достохвальный великий князь Димитрий, твой прародитель, какое мужество и храбрость показал за Доном над теми же сыроядцами окаянными! Сам напереди бился, не пощадил живота своего для избавления христианского, не испугался множества татар, не сказал сам себе: "У меня жена, и дети, и богатства много; если и землю мою возьмут, то в другом месте поселюсь", - но, не сомневаясь нимало, воспрянул на подвиг, наперед выехал и в лицо стал против окаянного разумного волка Мамая, желая исхитить из уст его словесное стадо Христовых овец. За это и Бог послал ему на помощь ангелов и мучеников святых, за это и до сих пор восхваляется Димитрий и славится не только людьми, но и Богом. Так и ты поревнуй своему прародителю, и Бог сохранит тебя; если же вместе с воинством своим и до смерти постраждешь за православную веру и святые церкви, то блаженны будете в вечном наследии. Но, может быть, ты опять скажешь, что мы находимся под клятвою прародительскою не поднимать рук на хана, то послушай: если клятва дана по нужде, то нам повелено разрешать от нее, и мы прощаем, разрешаем, благословляем тебя идти на Ахмата не как на царя, но как на разбойника, хищника, богоборца; лучше, солгавши, получить жизнь, чем, соблюдая клятву, погибнуть, т. е. пустить татар в землю на разрушение и истребление всему христианству, на запустение и осквернение святых церквей, и уподобиться окаянному Ироду, который погиб, не желая преступить клятвы. Какой пророк, какой апостол или святитель научил тебя, великого русских стран христианского царя, повиноваться этому богостудному, оскверненному, самозваному царю? Не столько за грехи и неисправление к Богу, сколько за недостаток упования на Бога Бог попустил на прародителей твоих и на всю землю нашу окаянного Батыя, который разбойнически попленил всю землю нашу, и поработил, и воцарился над нами, не будучи царем и не от царского рода. Тогда мы прогневали Бога, и Он на нас разгневался как чадолюбивый Отец, а теперь, государь, если каешься от всего сердца и прибегаешь под крепкую руку Его, то помилует нас милосердый Господь и не только освободит нас от новых измаильтян и их царя Ахмата, но нам поработит их. Потому и мы от чистой веры день и ночь молим Бога о твоей благочестивой державе, да будут покорены враги ваши под ноги ваши. Прошу, наконец, твое царское остроумие и премудрость, да не зазришь моему худоумию, ибо написано: Дай премудрому вину - и премудрее будет. А милость Божия и благословение моего смирения на тебе, нашем государе, и на твоем сыне, и на твоих братьях, и на ваших князьях, боярах, воеводах, и на всем вашем христолюбивом воинстве". Это послание Вассиана, в подлиннике весьма витиеватое, которое мы по возможности сократили, опустив множество текстов и примеров из Священного Писания, произвело на Иоанна Васильевича благотворное действие: он, как сказано в одной летописи, исполнился веселия, мужества и крепости. Второе послание написал к великому князю митрополит, но не от себя только, а от лица всех епископов, всего духовенства и говорил между прочим: "Мы все благословляем тебя, великого государя русских земель, и молим Господа Бога и Пречистую Богоматерь о тебе, и о твоем сыне, и о твоих братьях, и о всех ваших князьях, боярах, воеводах и христолюбивом воинстве, да подкрепит Он вас постоять мужественно за святые церкви Русской земли и за нашу чистую православную веру и да пошлет вам на помощь воеводу небесных сил архистратига Михаила. И надеемся, что Он покорит супостатов под ноги ваши молитвами великих святителей и чудотворцев Петра, Алексия и Леонтия, и преподобных Сергия, Варлаама и Кирилла, и сродника вашего святого старца Александра Невского... А если кому из ополчения вашего случится быть убитым на той брани за святые церкви и за людей православных, тот восприимет второе крещение мученическое, и своею кровию омоет душу свою от грехов, и удостоится от праведного Судии Небесного Царствия и блаженства с мучениками..." Должно, однако ж, сказать, что это послание если и отправлено было к Иоанну, то им получено уже по окончании брани, ибо оно писано в Москве от 13 ноября, а Ахмат бежал с своею ордою еще 11 ноября. Во всяком случае, беспристрастная история никогда не забудет, что в деле окончательного освобождения России из-под ига татарского русское духовенство принимало самое горячее и самое благодетельное участие.
   Жители Новгорода хотя заключили (1471) с Иоанном Васильевичем договор быть в покорности ему и не сноситься с польским королем Сигизмундом, но не переставали своевольничать. Иоанн употреблял против них разные меры: одних казнил, других отводил в Москву и заключал в темницы; поставил в Новгород своих наместников, взял оттуда в Москву вечевой колокол, отобрал (в 1478 г.) у новгородцев многие земли и волости, в том числе немало монастырских и владычних. Сначала он потребовал было себе половину всех волостей владычних и монастырских. Но потом смилостивился и взял у владыки вместо половины только десять волостей да все его новоторжские земли, а у монастырей взял только у шести по половине их волостей, именно: у Юрьевского, Благовещенского, Аркажа, Антониева, Никольского на Неревском конце и Сковородского; у прочих же монастырей, как бедных и малоземельных, ничего не взял, кроме земель, находившихся в Новоторжке. Но все это только увеличивало тайное недовольство в Новгороде против великого князя. И вот, когда Ахмат, царь ордынский, начал замышлять в союзе с Казимиром литовским свое последнее нашествие на Москву, новгородцы думали воспользоваться этим случаем для освобождения себя из-под власти Иоанна; они послали к Казимиру звать его к себе с войском, посылали с тою же целию и к немцам. Иоанн, как только узнал об этом, внезапно явился в Новгород со своими полками. И здесь при расследовании дела оказалось, что в заговоре участвовал сам владыка Новгородский Феофил, что он был недоволен на Иоанна за отобрание последним нескольких владычних и монастырских сел и волостей и потому желал, чтобы Новгород находился лучше под властию Казимира или другого государя, только бы не московского князя. Феофил за это был схвачен (19 января 1480 г.) и послан в Москву под стражею, а все имущество его, множество золота, сребра и сосудов взяты в княжескую казну. В Москве Феофил без всякого суда был заключен в Чудовом монастыре и оставался там до самой своей смерти (26 октября 1484 г.). Митрополит Геронтий не только не воспротивился такому распоряжению великого князя, но и согласился на место Феофила, давшего свою отреченную грамоту, поставить в Новгород нового архипастыря согласно с волею князя. Доселе новгородцы сами избирали себе владык, и непременно из природных новгородцев, которые потому с детства были пропитаны духом своих сограждан и, естественно, держали всегда их сторону. Иоанн Васильевич очень хорошо понимал невыгоду этого для своих целей и потому предложил (17 июля 1483 г.) митрополиту избрать для Новгорода нового владыку в Москве и непременно из иноков московских. Приготовлены были три жребия: Елисея, архимандрита спасского, Геннадия, архимандрита чудовского, и Сергия, инока троицкого (прежде бывшего Симеона, протопопа богородицкого) - и положены на престоле в Успенском соборе. Митрополит сам совершал литургию вместе с четырьмя другими владыками, и когда приступили к вынутию жребия, то вынулся жребий Сергия, который вскоре за тем (4 сентября) и был поставлен в архиепископа Новгороду. Таким образом, у новгородцев отнято одно из важнейших преимуществ, которым они доселе пользовались. Впрочем, Сергий недолго управлял своею епархиею: всего девять месяцев и 24 дня, а потом по болезни отошел в Троицко-Сергиев монастырь, в свое прежнее уединение. Замечательно, как объясняют эту болезнь Сергия наши летописи. Московская говорит, что новгородцы не хотели покоряться ему, за то что он ходил не по их мысли, а он не смел этого, так как великий князь послал с ним своего боярина, и казначея, и дьяка, потому новгородцы и отняли у него ум волшебством и сказали, будто Иоанн чудотворец наказал его. В новгородских летописях помещен рассказ, что Сергий еще на пути в Новгород заехал в Сковородский монастырь и когда после обычного молитвословия в церкви вышел на паперть и здесь ему указали на гроб строителя монастыря архиепископа Моисея, то приказал одному из священников открыть этот гроб. Священник не посмел и заметил: "Подобает святителю открывать святителя". Тогда Сергий, надмеваясь высотою своего сана и тем, что пришел из Москвы к гражданам как бы плененным сказал с гордостию: "Стоит ли и смотреть этого смердовича?" Затем вышел из монастыря, сел на коня и отправился в Новгород. С того времени нашло на него изумление, т. е. умопомешательство: иногда видели его на Евфимиевской паперти сидящим в одной ряске, без клобука и без мантии, а иногда в полдень замечали его в таком же виде у святой Софии. Как больного свели его в Сергиев монастырь. Наконец, Псковская летопись повествует, что Сергий, прибыв в Новгород, стал теснить игуменов и священников и ввел многие новые пошлины. Потом к нему начали являться иногда во сне, а иногда наяву Новгородские святители, погребенные в церкви святой Софии, с укоризнами, зачем он вопреки священным правилам занял престол при жизни еще прежнего владыки, не обличенного в ереси и изгнанного несправедливо, и повергли его, Сергия, в тяжкие болезни. А как он не обратил на то внимания, то вскоре невидимая сила поразила его так, что он едва остался жив и несколько времени был нем. Вследствие чего, оставив епископство, постригся в схиму в Хутынской обители. Но там мучения его сделались еще сильнее, пока не отъехал он в Москву со всею своею дворнею. Все такие рассказы о архиепископе Сергии, цель которых легко понять, нисколько, однако ж, не помогли новгородцам. Новый архипастырь для них был избран также в Москве, именно чудовский архимандрит Геннадий Гонзов, "муж сановитый, разумный, и добродетельный, и Божественному Писанию довольный", и поставлен митрополитом Геронтием (12 декабря 1484 г.), и право избрания для себя владыки новгородцам уже никогда не возвращалось.