На другой день, 4 февраля, царевичу были предложены письменные пункты о сообщниках: «Понеже вчерась прощение получил на том, дабы все обстоятельства донести своего побегу и прочего тому подобного; а ежели что утаено будет, то лишен будешь живота; на что о некоторых причинах сказал ты словесно, но лучше очистить письменно по пунктам. Все, что к сему делу касается, хотя что здесь и не написано, то объяви и очисти себя, как на сущей исповеди; а ежели что укроешь и потом явно будет, на меня не пеняй: понеже вчерась пред всем народом объявлено, что за сие пардон не в пардон».
   Царевич показал о Кикине, Вяземском, Дубровском, царевне Марье Алексеевне, князе Василии Владимировиче Долгоруком, Афанасьеве, показал не все; показал, что в Неаполе секретарь Кейль принудил его написать в Россию письмо сенаторам и архиереям. «Есть известия, — говорил Кейль, — что вы умерли, по другим известиям, вы пойманы и сосланы в Сибирь, поэтому дайте знать о себе в Россию, а не напишете, то мы не станем вас держать». Царевич написал в Сенат и двоим архиереям, Ростовскому и Крутицкому, в таком смысле: «Думаю, вас и всех удивил мой безвестный отъезд, к которому меня принудило великое озлобление и непорядок, особенно когда в начале прошлого года едва меня не постригли в монахи; но бог дал случай мне уехать, и теперь нахожусь под охраною некоторого великого государя (который обещал меня не оставить и в нужный час помочь), пока господь не повелит возвратиться, при котором случае прошу, не забудьте меня. Если услышите от людей, желающих изгладить обо мне память, что меня в живых нет или случилось со мною какое-нибудь другое несчастие, то не извольте верить».
   Кикин не успел скрыться: он был схвачен и приведен к врагу своему Меншикову. Увидавши князя, он спросил его: «Князь Василий Долгорукий взят ли?» «Не взят», — отвечал Меншиков. Тут Кикин сказал: «Нас истяжут, а Долгоруких царевич, пожалев фамилию, закрыл». Истязание началось немедленно, и Кикин признался, что к царевичу хаживал и про отъезд его знал, в Либаве виделся и советовал ехать к цесарю; будучи в Вене, ни о чем не хлопотал и с тамошними министрами ни о чем не говорил; советовал царевичу, если не удастся у цесаря, ехать к папе и в другие места. О пострижении говорил: «Лучше теперь постричься, а наследство ваше впредь благовременно не уйдет; но не говорил, что клобук негвоздем будет прибит. О побеге и чтоб царевичу остаться в чужих краях много раз и в разные времена советовал после смерти крон-принцессы. Когда царевич отъезжал в Карлсбад, то не помнится, советовал или нет прожить три года; и по возвращении из Карлсбада говорил: напрасно оттуда приехал: лучше б отъехать во Францию и там жить; говорил это на слова царевича: „Напрасно я сюда приехал; а когда бог изволит, что буду монархом, тогда вас честью и прочим удовольствую“. Советовал не возвращаться, если отец пришлет за царевичем.
   Кикина привезли в Москву, и здесь другая пытка: после 25 ударов кнутом он отвечал на вопросы, зачем советовал именно к цесарю уехать. «Венский двор ему знаком, потому что он в Вене был, и ездил для того, чтобы царевичу путь показать». С Веселовским говорил: «Как будет царевич в Вене, не выдадут ли его?» Тот отвечал: «Чаю, не выдадут». А подлинного намерения ему не сказывал. На вопрос: «В какую надежду долгое его б (царевича) тамошнее бытье (в Вене) было и что потом делать намерены были?» — отвечал: «В такую надежду, что царевич хотел его не оставить; а делать ничего не был намерен, только в Вене прожить». Чрез несколько дней Кикин попросил чернил и бумаги, чтоб все объявить на письме, и написал уже другое: «Когда поведено ехать царевичу в немецкие земли, тогда мне он говорил, что рад той посылке. Я спросил: „Для чего рад?“ Сказал, что будет жить там, как хочет. Я ему ответствовал: „Надобно смотреть, с чем назад приехать, понеже государь изволит на нем взыскивать дело, за чем он послан“. Сказал мне: „Сколько мочно, стану учиться“. А когда он приехал сюда, сказывал мне, что ему тамошние места полюбились. Я ему говорил, ежели бы он хотел, то бы и государь некоторое еще время велел быть, понеже то и ему было угодно, только б не даром жить. После того времени, увидя я, что приехал он оттуда с тем же, с чем поехал, начал от него отдаляться, и года за два до нынешнего его отъезда был я в его доме разве трижды или четырежды, в чем свидетельствуюсь дому его людьми; и в Карлсбад поехал я, с ним не простясь. А что я ему будто советовал, чтоб идти в то время во Францию, и то явная немилость. И если б то каким образом делано было, и я бы ему объявил; а то делал для него, но он бы о том не ведал, и тому статься нельзя. Да и ни единого случая нималого для знакомости мне двора французского нет и прежде сего не бывало, и не видал ничего тамошнего состояния, как бы мне его посылать и для чего было мне то делать? Понеже не настояло к тому ниже малой причины. А что там живет король английский (изгнанный Стюарт), то он, чаю, от многих сот людей слыхал; а я о том с ним истинно не говаривал. Не упамятую, в которое время приехал ко мне царевич до свету; а я у него спросил, для чего так? Сказал мне, что он был у князя Василия Владимировича (Долгорукого) и Федора Матвеевича (Апраксина) для некоторого дела, и говорил мне, чтоб я к нему приехал. И как приехал, сказывал мне, что государь к нему изволил писать. Я ему на то ответствовал (истинно, как пред богом, ответ дам) сим образом, что отец ваш не хочет, чтоб вы были наследником одним именем, но самым делом. Он мне сказал: „Кто же тому виноват, что меня такого родили? Правда, природным умом я не дурак, только труда никакого понести не могу“. Я ему говорил: „Из сих двух дел одно, которое ни есть, сделать надобно“. И спрашивал меня, что ему лучше делать. Я ему отвечал, чтоб постричься, понеже он сам о себе говорит, что никаких дел понесть не может. А что клобук гвоздем не прибит, истинно не говаривал. Когда встретился царевич в Либау, как он ехал из Петербурга, тогда пришел ко мне сам на квартиру и спрашивал меня, давно ли я государя видел и не слыхал ли чего о нем. Я сказал, что государя видел в Гданску, едучи туды, а о нем ничего не слыхал. Сказал мне: „Челом бью и на твоем жаловании“. Я спросил: „На чем?“ Сказал мне: „Правда или неправда, только я слышал“. Я сказал, что ничего не делывал. И, выпив водки, пошел от меня, а мне приказал, чтоб я не ходил к нему на квартиру, и то, знатно, для своей девки сделал. А на другой день перед отъездом пришел я к нему на квартиру, и тут был у него капитан князь Шаховской и прочие офицеры, а кто не упомню. И, вышед, отдал письмо капитану Шаховскому; и после того вскорости спросил у меня царевич: „Не посылает ли кого в Петербург нарочно государыня царевна?“ Я ему сказал, что сего дня или завтра поедет. Тогда, вынув письмо из пазухи в другой палате, отдал мне и говорил, чтоб послать немедленно; и после того в другой раз говорил, что письмо нужное, а ежели Ивана Афанасьева не застанет, чтоб отдал брату его; и я то письмо взял, привез с собою в Петербург и Ивана Афанасьева застал в Петербурге и спрашивал у него: имеет ли он письмо от царевича? Сказал, что имеет, и велит ехать, догоняя за собою немедленно, и поедет вскоре. И как он сказал, что поедет, тогда я оное письмо удержал у себя и после его отъезду на третий день распечатал и, как увидел о таком его намерении, объявить опасся, чтоб не привесть себя в розыск, понеже явного свидетельства постороннего никакого нет, и хотел видеть, какой тому делу будет конец. А что царевич изволил говорить, будто я его послал в Вену, и то истинно напрасно, по немилости своей: знатно, увидав, что. я еще до отъезда государева в Копенгаген доносил государыне царице и после того в Гданску, когда еще здесь был царевич, доносил государю, и если б в то время, по тому моему доношению повелено было освидетельствовать, тогда ж бы намерение его, то и другое, было явно, понеже и ныне ему в том запереться невозможно, что говорил ему князь Василий Долгорукий, что будто он царевича у государя с плахи снял, и спрашивал у него (Долгорукий), ежели он в чем может царевичу впредь служить, то он рад, хотя б и живот ему свой за него положить. Понеже и князь Яков Федорович (Долгорукий), не знаю для чего, посылал брата моего к царевичу пред его отъездом, чтоб он к государю не ездил, а лучше чтобы постригся. На что брат ему мой ответствовал, что он с такими делами не поедет. И ежели бы я знал про побег в Вену, для чего бы мне Ивану Афанасьеву не сказать, чтоб он ехал за ним? А по возвращении своем из Шверина Иван Афанасьев сказывал мне, что царевич ко мне давно почал быть немилостив. А ежели бы мне готовить место царевичу в Вене, тогда бы я сделал при себе, мочно ли там жить или не примут. А не делав ничего, и посылать: „Поезжай в Вену!“ — сие было бы глупее всякого скота. И если бы я ему советовал ехать куда-нибудь, то надлежало быть между нами цифири и как содержать корреспонденцию. И сами, ваше царское величество, изволите милостиво, божески предусмотреть сего дела: понеже какую ему во мне для своего возвращения назад полагать надежду? А что ему на меня по немилости своей говорить, и тому есть явные причины: первая, что я от него за долгое время отстал; вторая — за доношение мое; и ежели б он мне был надобен, я бы на него и не доносил. И царевич о том известен, что ему ничего не будет; а что скажет, тому верят».
   Эта записка, важная в том отношении, что обрисовывает характер писавшего ее, разумеется не могла нисколько облегчить участи Кикина, а только могла произвести еще большее против него раздражение в царе. На двух новых пытках Кикин подтвердил прежние показания, а не те, которые подал в записке, и министры приговорили «учинить ему смертную казнь жестокую ». Ивана Афанасьева приговорили просто к смертной казни. К смертной же казни был приговорен дьяк Федор Воронов, на которого Афанасьев показал, что знал от него о побеге царевича, объявил готовность служить царевичу и дал Афанасьеву цифирь для ведения переписки.
   Кикин напрасно боялся, что князь Василий Владимирович Долгорукий уйдет от беды: Долгорукого схватили в Петербурге и в оковах привезли в Москву. Страшный удар, страшное бесчестье готово было поразить знаменитый род, и старший князь Яков Федорович написал Петру: «Премилосердый государь! Впал я злым несчастием моим в ненавистное богу и человекам имя злодейского рода. Утверждаюся сердцевидцем создателем моим, что весь род мой всегда непоколебимо пребывал в верности. В начале царствования твоего, во время богомерзкого бунта, дядя и брат мой злую смерть приняли за истинную верность к державе вашего величества; потом я с троими братьями в Троицком монастыре и всегда противны злу были, не боясь, явно показывали себя в верной службе вашего величества, готовы были всегда умереть; и в том намерении прежде были и ныне пребываем и должны пребывать до смерти нашей. Недавно в поучении некоем явились непристойные слова; когда я их услышал, то, не устрашась и не рассуждая лица сильного, вменится ли то мне за благо, обличил и явно запретил, за что мне в воздаяние обещана, как и слышу, лютая на коле смерть. Вижу ныне сродников моих, впадших в некоторое погрешение, хотя дела их подлинно не ведаю, однако то ведаю, что никогда они ни в каких злохитрых умыслах не были, чему и причина есть: весь мой род обязан всем высокой милости вашего величества. Разве явилась вина их в каких дерзновенных словах? Известно вашему величеству оное дерзновенное состояние и слабость необузданного языка, который иногда с разумом не согласуется; иногда и то, может быть, необузданный язык произносил, чего никогда и в уме не имел человек. Ино есть дело злое, ино есть слово с умыслом и намерением злым, ино есть слово дерзновенное без умыслу и хотя не безвинное, однако не такой достойное мести, какой достойны злодеи, умыслом виновные. Пусть за такое слово будет тяжко одним виновным; а нас бы, безвинных, во время старости нашей те их вины не губили, ибо нам собою всенародного обычая переменить нельзя: порок одного злодея привязывается и к невинным сродникам. Того ради, падая, яко неключимые рабы, молим: помилуй, премилосердый государь, да не снидем в старости нашей во гроб с именем злодейского рода, которое может не только отнять доброе имя, но и безвременно вервь живота пресечь».
   Министры (князь Иван Ромодановский, Шереметев, граф Головкин, Мусин-Пушкин, Стрешнев, адмирал Апраксин, князь Петр Прозоровский, Петр Шафиров, Алексей Салтыков, Василий Салтыков) приговорили: «Если бы на князя Василья показывал не царевич, а другой кто-нибудь, то следовал бы розыск; а поверить вполне словам царевича трудно: царевич сам показывал, что князь Василий относительно побега не был его советником и по совету Кикина написано было к князю Василью письмо для того, чтоб набросить на него подозрение. А за дерзкие слова князь Василий заслуживает быть сосланным с лишением чина и имения». Князь Василий подал объяснение: «Я говорил царевичу: письмо подай немедленно (отцу об отречении от престола) и бояться тебе нечего и по требованию отцову хотя б 10 или 20 писем давать надобно: это не такие письма, как между нашею братьею прежде бывали, с сеазами и с неустойкою, и опасаться этого нечего. А может быть, говорил: «Хотя и тысячу писем давай» — того не упомню. А говорил, чтоб его к тому привесть, чтоб то письмо подал, конечно, видя, что царскому величеству и государственному интересу надобно». Долгорукий был сослан в Соликамск.
   Учитель Никифор Вяземский в показании своем настаивал, что он уже давно в немилости у царевича: в 1711 году в Вольфенбителе, в герцоговом доме, царевич драл его за волосы, бил палкою и сбил с двора; в 1712 году он хотел его убить до смерти под Штетином, о чем известно князю Меншикову, канцлеру Головкину и другим. Вяземский был сослан в Архангельск.
   Одновременно с этим розыском шел другой. Капитан-поручик гвардии Григорий Скорняков-Писарев был отправлен 4 февраля в суздальский Покровский монастырь, где жила инокиня Елена, бывшая царица Евдокия Федоровна. Посланный застал инокиню в мирском платье и в церкви на жертвеннике нашел таблицу, по которой поминали вместе с царем Петром благочестивейшую и великую государыню Евдокию Федоровну. Скорняков-Писарев повез Евдокию в Москву и дал знать о необходимости схватить Абрама Лопухина, князя Семена Щербатого и суздальского протопопа Андрея Пустынного, которые могли показать «многое воровство». Видя беду, Евдокия написала еще с дороги повинную царю: «Всемилостивейший государь! В прошлых годах, а в котором не упомню, по обещанию своему пострижена я была в суздальском Покровском монастыре в старицы и наречено мне был имя Елена. И по пострижению в иноческом платье ходила с полгода; и не восхотя быть инокою, оставя монашество и скинув платье, жила в том монастыре скрытно, под видом иночества, мирянкою. И то мое скрытие объявилось чрез Григорья Писарева. И ныне я надеюсь на человеколюбивые вашего величества щедроты. Припадая к ногам вашим, прошу милосердия, того моего преступления о прощении, чтоб мне безгодною смертию не умереть. А я обещаюся по-прежнему быти инокою и пребыть в иночестве до смерти своей и буду бога молить за тебя, государя. Вашего величества нижайшая раба, бывшая жена ваша Авдотья».
   Монахини Покровского монастыря показали, что к бывшей царице ездил юродивый Михайла Босой, привозил от царевны Марьи Алексеевны деньги и подарки; он же привез ей известие об уходе царевича и пророчествовал, что Евдокия будет взята к Москве. Босой показал, что пророчествовал спроста, об уходе царевича узнал от царевны Марьи, которая говорила, что за границею ему будет лучше, проживет, как в раю, а здесь бы его постригли. Монахиня Маремьяна показала: «Мы не смели говорить царице, для чего она монашеское платье сняла? Она много раз говаривала: „Все наше, государево; и государь за мать свою что воздал стрельцам, ведь вы знаете, а и сын мой из пеленок вывалился“». Маремьяна показала на любовную связь Евдокии с присланным в Суздаль для солдатского набора Степаном Глебовым. Глебов показал: «Как я был в Суздале у набора солдатского, тому лет с восемь или с девять, в то время привел меня в келью к бывшей царице духовник ее Федор Пустынный, и подарков к ней чрез оного духовника прислал я и сшелся с нею в любовь. И после того, тому года с два, приезжал я к ней и видел ее: и я к ней письма посылал о здоровье, и она ко мне присылала ж». Евдокия написала собственною рукою: «Я с ним блудно жила в то время, как он был у рекрутского набора, в том и виновата». Сын Глебова показал, что отец был в дружбе с епископом Ростовским Досифеем, с ключарем Федором Пустынным и с ризничим Петром. Последний показал: «Когда царское величество изволил сочетаться законным браком, приходил к нему в Суздаль поддьякон Иван Пустынный и, смеяся, говорил: „Вот бывшая царица все чаяла, что государь ее возьмет и будет она по-прежнему царицею с пророчества епископа Досифея; когда он был архимандритом (новоспасским в Москве), принес к ней две иконы и велел ей пред ними класть по нескольку сот поклонов; а Досифей от тех икон будто видел видение, что она будет по-прежнему царицею, и от того она чуть не задушилась, поклоны кладучи“». Досифей показал, что после объявления брака царя с Екатериною Алексеевною приезжал к нему Глебов и говорил: «Для чего вы, архиереи, за то не стоите, что государь от живой жены на другой женится?» Глебов, кроме любовной связи с Евдокиею, ни в чем не признавался. С Досифея сняли епископский сан; на соборе перед архиереями он сказал: «Посмотрите, и у всех что на сердцах? Извольте пустить уши в народ, что в народе говорят; а на имя не скажу». На пытках Досифей, теперь уже расстрига Демид, признался, что поминал Евдокию царицею, как и другие, пророчествовал царице и царевне Марье Алексеевне, желал смерти Петра и воцарения сына его. Певчий царевны Марьи Алексеевны Журавский показал, что Досифей приезжал к царевне и рассказывал о своих видениях, будто государь скоро умрет и будет смущение, пророчествовал, что государь возьмет бывшую царицу и будут у них два детища. Журавский, уведомляя Лопухина о возвращении царевича из-за границы, прибавил о царевне Марье: «Точию снедает ее милостивое сердце от воздыханий всенародных печаль». Журавский показал, что слышал, как царевна говорила Абраму Лопухину о великих податях, о продолжительной войне, о разорении народном; как говорила о царевиче: «Хорошо сделал, что ушел; там ему жить лучше». Журавский оговорил известную нам княгиню Настасью Голицыну, что она переносила вести из государева дома и тужила о возвращении царевича. Абрам Лопухин признался, что желал смерти Петра и воцарения Алексея.
   Глебов и Демид были приговорены к жестокой смертной казни (Глебов посажен на кол, Демид колесован); Пустынный и Журавский — к обыкновенной смертной казни; другие оговоренные наказаны телесно, не исключая и женщин, и сосланы; некоторые после наказания освобождены. Инокиня Елена отправлена в Ладогу в тамошний женский монастырь.
   Вместе с главными участниками в деле царевича и царицы был казнен в Москве никем из них не оговоренный подьячий Артиллерийского приказа Ларион Докукин. По фискальскому доношению Докукин в 1714 году был вызван из Москвы в Петербург с приходными и расходными книгами и вследствие такой беды пристал к толпе недовольных, стал жаловаться на гонение из града в град, на лишение домов, торгов, промыслов, на лишение благочестия от лестных учений, от изменения обычаев, платья и слов своего славянского языка, ругательного обесчещения персон своих брадобритием; стал жаловаться на смешение с иноверными языки, на отнятие древес самых нужных, рыбных ловель, торговых и заводских промыслов, на несносные подати, на то, как пришельцев иноверных всеми благами наградили, а христиан бедных голодом поморили, святые церкви опустошили. В 1715 году в Петербурге на паперти Симеоновской церкви нашли подметное письмо; письмо сожгли, и автора не отыскали: автор был Докукин. Недовольный подьячий сблизился с недовольным царевичем, получил от него богатую милостыню и возвратился в Москву. Сюда в 1718 году привезли царевича, отрешили его от наследства, заставили присягать другому царевичу — Петру. Докукин подписал под присягою: «За неповинное отлучение и изгнание от всероссийского престола царского богом хранимого государя царевича Алексея Петровича христианскою совестью и судом божиим и пресвятым евангелием не клянусь и на том животворящего креста Христова не целую и собственною своею рукою не подписуюсь; еще к тому и прилагаю малоизбранное от богословской книги Назианзина могущим вняти в свидетельство изрядное, хотя за то и царской гнев на мя произлиется, буди в том воля господа бога моего Иисуса Христа, по воле его святой за истину аз, раб Христов Иларион Докукин, страдати готов. Аминь, аминь, аминь». Этот присяжный лист и малоизбранное от книги Назианзина Докукин подал самому Петру в церкви 2 марта, в Сборное воскресенье. В «Бедности» (так называлась тюрьма Преображенского приказа) Докукин объяснил: «На присяге подписал своеручно он, Ларион, соболезнуя об нем, царевиче, что он природный и от истинной жены; а наследника царевича Петра Петровича за истинного не признает, потому что хотя нынешняя государыня царица и христианка, но когда государя не будет, а царевич Петр Петрович будет царствовать, и в то время она, царица, сообщится с иноземцами и будет от них христианам спона (вред), потому что она не здешней породы; а то все выписывал и на присяге подписал он один, а пришел с тем явиться, чтоб пострадать за слово Христово». После тройного розыска Докукин был колесован.
   Московский розыск кончился. Петр спешил в Петербург, потому что скоро должен был начаться поблизости Аландский конгресс. 11 марта царица Екатерина писала в Петербург Меншикову из Преображенского: «Прошу, прикажите очистить для царевича Алексея Петровича двор бывший Шелтингов, где стоял шведский шаутбейнахт, и, что испорчено, велите починить и полы вымыть и вычистить; также прикажите осмотреть двор и вычистить хоромы для царевны Марьи Алексеевны». Светлейший князь должен был сильно радоваться ходу дела в Москве: враги его — Кикин, Долгорукий — попались. Царь, раздраженный на врагов Меншикова, естественно, станет милостивее к нему. Одно беспокоило Меншикова: какое тяжкое впечатление произведет все это дело на царя, а известно было, как эти впечатления отражаются на расстроенном уже его здоровье. Меншиков писал Екатерине: «Хотя я твердо уповаю, что ваше величество его царское величество от приключившейся печали (которая по воле божией от злодеев, или от сынов дьявольских, наступила) отвлекать изволите, однакоже чрез сие всемилостивейшую нашу мать государыню слезно умоляю, дабы от оной его царское величество отвращать, и нималого сокрушения, отчего, как сами, ваше величество, довольно изволите рассудить, что нималой пользы, кроме непотребного его величества здравию и тяжкого вреда, допускать изволили, також и себя о том и ниже какому сумнению отдавать, по превысокомудрым своим рассуждениям все оное уничтожить. Слава богу, что оный крыющийся огнь по его, сотворшего нас, к вашему величеству человеколюбивой милости ясно открылся, которой уже ныне с помощию божиею весьма искоренить и оное злое запаление погашением истребить возможно, о чем паки всенижайший, ваше величество, прошу, дабы как его величество, так и себя не точию какому сокрушению, ниже мнению отдавать изволили, но положить оное в его святую волю».