В 1937 революционные представители национальной и мелкой буржуазии и коммунисты создали массовую патриотическую организацию Движение индонезийского народа (Геракан ракьят Индонесия; Гериндо). По её инициативе совместно с другими политическими партиями и организациями был образован Индонезийский политический союз (Габунган политик Индонесия, ГАПИ). В обстановке роста фашистской угрозы в Европе и Азии и угрозы японского вторжения в И. ГАПИ, отстаивая национальные интересы и требуя самоуправления и демократии, готов был сотрудничать с Нидерландами в борьбе против фашизма и в обороне И. от японской агрессии, но голландские империалисты не желали идти ни на малейшие уступки национальному движению. В марте 1942 голландские власти капитулировали перед японскими вооружёнными силами, оккупировавшими И. Распустив все партии, японские оккупационные власти, стремясь создать себе в И. определённую политическую опору, создали единую организацию Пусат тенага ракьят (ПУТЕРА; Концентрация народных сил) и Пембела танах аир (ПЕТА; Добровольческая армия защитников отечества), в которой индонезийцы были допущены к командным должностям. Неограниченный произвол японской военщины, вывоз продовольствия, неприкрытый грабёж жителей, введение трудовых повинностей, ликвидация ненужных Японии в условиях войны отраслей сельского хозяйства вызвали рост антияпонского движения. Уже в 1942 вспыхнуло восстание крестьян в Тапанули (Суматра), в дальнейшем сопротивление нарастало (восстания 1944 в Индрамаю, Тасикмалае, восстание батальона армии ПЕТА в Блитаре в 1945 и др.). Возникали тайные организации Сопротивления. Несмотря на малочисленность воссозданной в подполье КПИ, коммунисты были в первых рядах Движения Сопротивления. Работа патриотов в частях ПЕТА не раз приводила к их выступлениям против оккупантов.
Успехи Советской Армии в борьбе с германским фашизмом, предвещавшие скорый крах гитлеровской Германии, а также наступление союзников на Тихом океане вынуждали Японию идти на некоторые политические манёвры в И. (расширение участия индонезийцев в административном аппарате, создание в марте 1945 Комитета по изучению вопроса о независимости). Патриоты использовали сложившуюся обстановку для легальных выступлений с требованием немедленного предоставления И. независимости. На первом пленуме Комитета по изучению вопроса о независимости в июне 1945 Сукарно выступил с большой программной речью, впоследствии получившей название «Рождение Панча сила». Требование немедленной независимости сочеталось с изложением «пяти принципов» организации будущего независимого государства: создание единого национального государства на всей территории И. («принцип национализма»); мирные и дружественные отношения со всеми народами («принцип интернационализма»); демократическое решение вопросов государства представителями народа («принцип демократизма»); обеспечение материального благосостояния парода («принцип социального благосостояния»); веротерпимая религиозность («принцип религиозности»). Эти принципы стали платформой объединения всех патриотических сил И. Японские власти вынуждены были создать Комитет по подготовке независимости во главе с Сукарно. Через два дня после вступления Советского Союза в войну с Японией японское главное командование в Юго-Восточной Азии заявило, что 24 августа 1945 И. будет «дарована» независимость. Однако разгром советскими войсками Квантунской армии и принятие 14 августа Японией условий капитуляции дали возможность представителям индонезийских патриотических сил уже 17 августа провозгласить от имени народа независимость страны.
И. после провозглашения независимости.Провозглашение независимости встретило всенародную поддержку. 18 августа Комитет по подготовке независимости избрал президентом Сукарно и вице-президентом М. Хатта. Была принята конституция. Однако уже в сентябре 1945 возникла угроза военной интервенции империалистов. В Джакарте (Батавии) высадились англо-индийские войска, формально предназначавшиеся для разоружения японских сил, но на деле всемерно содействовавшие восстановлению голландской колониальной администрации и высадке голландских вооруженных отрядов. В ноябре 1945 английская агрессия в Сурабае вызвала героический отпор населения. В январе 1946 правительство республики вынуждено было переехать из Джакарты во временную столицу Джокьякарту. Борьба за независимость объединила основные социальные силы. Вместе с тем внутри этого единого фронта действовали различные классы и группы, стремившиеся обеспечить себе руководящую роль в республике. В ноябре 1945 образовалась основанная на принципах ислама партия Машуми, объединившая ряд мусульманских партий (Нахдатул Улама и др.) и организаций И. В её руководстве постепенно усиливались элементы, связанные с правым крылом буржуазии и помещиками. Значительное влияние завоевала Национальная партия (воссоздана в январе 1946). Руководство в ней принадлежало представителям национальной буржуазии и мелкобуржуазных слоев. Правый социалист Сутан Шарир в ноябре 1945 основал Народную социалистическую партию; в конце 1945 он стал премьером.
КПИ к моменту провозглашения республики была малочисленна. Под руководством КПИ действовали созданные в 1945 Социалистическая партия И., возглавлявшаяся А. Шарифуддином, Рабочая партия И. во главе с Сетиаджитом, молодёжные и др. организации. В декабре 1945 Социалистическая партия И. объединилась с Народной социалистической партией в Социалистическую партию.
Нидерланды не отказались от стремления восстановить своё господство в И. Но, не чувствуя себя ещё готовыми к колониальной войне и вынужденные считаться с мировым демократическим общественным мнением (СССР первым в январе 1946 выступил в ООН против действий колонизаторов в И.), пошли на переговоры. В ноябре 1946 было парафировано, а в марте 1947 подписано соглашение (Лингаджатское соглашение), по которому Нидерланды признали де-факто республику в пределах Явы, Мадуры и Суматры. Оккупированные районы этих островов подлежали возвращению республике. Республика вместе с созданными на других островах под империалистическим контролем автономными «государствами» должна была образовать федеративное государство Соединённые Штаты Индонезии (СШИ), входящее в Нидерландско-Индонезийский Союз.
Дальнейшие уступки Шарира Нидерландам встретили осуждение ряда партий как правых, так и левых; кабинет Шарира вынужден был уйти в отставку (июнь 1947). К власти пришло правительство во главе с Шарифуддином (в состав правительства входило пять коммунистов). В июле 1947 Нидерланды начали открытую войну против Республики И.
Справедливая борьба индонезийского народа получала растущую поддержку демократических сил мира. В ООН социалистические страны отстаивали радикальные решения, направленные на прекращение колониальной войны и признание независимости И. Колониальные державы, срывая принятие этих решений, добились создания в ООН «Комиссии добрых услуг» по И. Под нажимом этой комиссии (из представителей Австралии, Бельгии и США), в которой решающую роль играли США, 17 января 1948 правительство Шарифуддина вынуждено было подписать крайне тяжёлое Ренвильское соглашение . Реакционная партия Машуми и правые социалисты демагогически обвиняли Шарифуддина в «уступчивости» и добились падения его кабинета. К власти пришёл кабинет вице-президента Хатта, где преобладали правые силы. Антидемократический курс правительства Хатта вызвал недовольство трудящихся. В феврале 1948 Социалистическая партия раскололась на две социалистические партии: правосоциалистическую во главе с Шариром и революционную во главе с Шарифуддином. В августе 1948 конференция КПИ приняла программную резолюцию «Новый путь для Республики Индонезии» и постановление, согласно которому КПИ, Социалистическая партия, возглавляемая Шарифуддином, и Рабочая партия объединились в одну партию. Резолюция была не свободна от некоторых сектантских ошибок, что облегчило реакции осуществление провокаций и борьбу с коммунистами. В сентябре 1948 правые силы спровоцировали в районе Мадиуна вооружённые столкновения, в ходе которых погибли многие руководящие деятели КПИ (Муссо, Шарифуддин, Маруто, Дарусман, Сетиаджит, Харьоно и др.). Нидерланды воспользовались трудностями и ослаблением республики после Мадиунских событий для новых агрессивных акций. В декабре 1948 временная столица и важнейшие центры республики были захвачены, президент Сукарно и большая часть членов правительства арестованы и вывезены с Явы. Но это вызвало усиление сопротивления индонезийского народа, развернувшего партизанскую войну, возмущение демократической общественности во всех странах, активность прогрессивных сил в ООН. Нидерланды вынуждены были вернуть правительство в Джокьякарту и согласиться на созыв конференции «Круглого стола» в Гааге (август - ноябрь 1949) с представителями Республики И. и делегацией государственных образований, созданных под империалистическим контролем на части территории И. В соответствии с решением конференции И. становилась федеративным государством - Республикой Соединённых Штатов Индонезии (СШИ), в которую вошли Республика И. и 15 марионеточных государственных образований. Нидерланды вынуждены были объявить о передаче суверенитета независимому государству СШИ. Однако они добились включения в соглашения, принятые на конференции, ряда кабальных условий, ущемлявших суверенитет СШИ в области внешней политики и экономических связей, обороны и т. д. Вопрос о Западном Ириане , на воссоединение которого с И. Нидерланды не желали согласиться, остался открытым.
Расчёты империалистов на увековечение кабальных соглашений конференции «Круглого стола» не оправдались. Стремление индонезийского народа к созданию единого независимого государства привело к добровольному слиянию штатов с республикой. В августе 1950 СШИ превратились в унитарную Республику И. Была принята временная конституция. Первые кабинеты унитарной республики, в которых преобладало влияние Машуми и правых социалистов, в значительной мере ориентировались на империалистические державы. Установление дипломатических отношений с признавшими республику социалистическими странами задерживалось. Однако проимпериалистическая политика реакционных кабинетов вызывала всё больший отпор национальных демократических сил. Трудящиеся решительно выступили против иностранных монополий, стремившихся восстановить и расширить свои позиции в И. Борьба плантационных рабочих и крестьян против возвращения земли иностранным плантаторам охватила в 1950 на Яве и Суматре свыше 700 тыс. чел. Антирабочие законы 1951 правительства Сукимана (1951 -52) не смогли ликвидировать растущего рабочего движения. Не только трудящиеся выступали против проимпериалистической ориентации реакционных кабинетов, но и значительная часть буржуазии убеждалась в невозможности экономического развития и укрепления независимости в условиях сохранения господства иностранных монополий и кабальных политических и экономических соглашений, принятых на конференции «Круглого стола». В 1952 из состава Машуми вышла мусульманская партия Нахдатул Улама, отражавшая интересы национальной буржуазии. Реакционные руководители Машуми саботировали прогрессивные мероприятия правительства Вилопо (1952 -53), тайно связывались с бандитскими отрядами Даруль-ислама, группами вооружённых мусульманских экстремистов, которые с помощью террора и насилия стремились превратить И. в теократическое мусульманское государство. Такая позиция Машуми привела к падению влияния этой партии.
В июле 1953 было сформировано правительство во главе с левым националистом Али Састроамиджойо, впервые в нём не участвовали машумисты и правые социалисты. Внешняя и внутренняя политика кабинета Састроамиджойо (1953 -55) отражала тенденцию к объединению национальных демократических сил в борьбе с реакционными партиями. Правительство расширило непосредственные политические и экономические связи с различными странами (обмен посольствами с СССР в 1954, соглашение о кредитах и поставках с Францией и Италией, отказ от ранее проводившейся политики эмбарго в отношении социалистических стран, заключение первого торгового соглашения с КНР в 1953, и др.). Был приостановлен возврат иностранцам плантаций, занятых крестьянами. Делались попытки ограничить деятельность иностранного капитала (повышение налогов на прибыли, ограничение права перевода прибылей за границу). К 1954 70% электростанций перешло в руки государства.
Собравшийся после Бандунгской конференции 1955 Всеиндонезийский народный конгресс создал национальный фронт борьбы за Западный Ириан. Всё более заметную роль играла КПИ, особенно после её 5-го съезда (март 1954; на съезде было представлено 165 тыс. коммунистов). Реакции не удалось сорвать выборы в парламент в 1955. Около 70% голосов было подано за демократические партии. В марте 1956 открылся новый парламент; был образован 2-й кабинет Али Састроамиджойо (1956 -57). Поддержка КПИ и связанных с ней массовых организаций обеспечила Састроамиджойо возможность проведения ряда прогрессивных мероприятий, несмотря на сопротивление реакции и её представителей в правительстве. В мае 1956 вошёл в силу закон об одностороннем расторжении соглашений, принятых на конференции «Круглого стола». И. прекратила выплату Нидерландам колониального долга. Расширялись связи с социалистическими странами. В 1956 Сукарно посетил СССР и другие социалистические страны, был заключён ряд соглашений, в том числе первое Генеральное соглашение об экономическом и техническом сотрудничестве с СССР, а также торговое соглашение между И. и СССР.
Реакционные партии, особенно Машуми и правые социалисты, сочетали подрывную деятельность в правительстве с тайной поддержкой контрреволюционных заговоров и мятежей. После неудачной попытки полковника Лубиса совершить государственный переворот (ноябрь 1956) на Яве ряд военачальников на Суматре и Сулавеси поднял мятежи. Не выступая открыто в их поддержку, Машуми вышла из правительства, уведя за собой ряд мелких партий. В разгар правительственного и парламентского кризиса Сукарно в феврале 1957 официально выдвинул концепцию «направляемой демократии», в противовес буржуазной парламентской системе западного образца, неспособной, по заявлению Сукарно, обеспечить выполнение в И. задач, поставленных Революцией 1945, и создать справедливое общество. В «направляемой демократии» Сукарно видел средство обуздания правых партий, укрепления своей личной власти и осуществления идей мелкобуржуазного социализма. Президент предложил создать Национальный совет, в котором были бы представлены все слои - «функциональные группы» И., и правительство «готонг ройонг» (взаимного сотрудничества) из всех партий, пропорционально их представительству в парламенте. Национальные и демократические силы и КПИ поддержали концепцию, усматривая в ней прежде всего средство борьбы с реакцией и укрепления национальной независимости и экономики страны. КПИ рассчитывала, что, поддерживая Сукарно, она будет способствовать «подталкиванию» развития И. по пути к социализму и сумеет мирно прийти к власти. В то же время буржуазные партии и часть армии во главе с Насутионом видели в «направляемой демократии» средство предотвратить рост влияния КПИ. Противодействие реакционных партий сделало невозможным создание кабинета «готонг ройонг» с участием коммунистов. Сукарно в апреле 1957 сформировал «внепарламентский деловой кабинет» во главе с Джуанда, без Машуми и КПИ.
В ноябре 1957 была выдвинута задача создания «направляемой экономики» с преобладающей ролью государственного сектора. Крах надежд реакции на захват власти в Джакарте и ограничение власти президента привели к открытому переходу видных деятелей Машуми на сторону мятежников. Несмотря на поддержку, оказывавшуюся мятежникам империалистами, в течение нескольких лет сепаратистские мятежи были в основном ликвидированы. С середины 1957 правительство Джуанды резко активизировало борьбу за возвращение Западного Ириана. В декабре 1957 профсоюзы в рамках борьбы за освобождение Западного Ириана начали захват голландских предприятий. Правительство санкционировало взятие под государственный контроль голландских предприятий, управление которыми перешло к военной администрации.
Опираясь на поддержку демократических сил, и в первую очередь на КПИ, Сукарно декретом от 5 июля 1959 объявил о восстановлении конституции 1945. Новый кабинет возглавил сам президент (главный министр - Джуанда). Национальный совет был преобразован в Высший консультативный совет.
17 августа 1959 Сукарно в программной речи призывал к борьбе за идеалы Революции 1945. Под названием «Политический манифест» («Манипол») эта речь была принята Высшим консультативным советом как официальная государственная программа. «Манипол» включал пять основных принципов («конституция 1945», «индонезийский социализм», «направляемая демократия», «направляемая экономика», «индонезийская самобытность»).
Проходивший в сентябре 1959 6-й съезд КПИ также одобрил «Манипол». Основываясь на конституции 1945, Сукарно распустил 5 марта 1960 выборный парламент. Его заменил новый, назначенный президентом парламент «готонг ройонг». Наряду с тремя основными партиями (Национальная партия, Нахдатул Улама и КПИ) в нём были представлены рабочие, крестьянские и др. массовые организации и вооружённые силы. Реакция тормозила проведение правительственных мероприятий. В марте 1960 представители партий Машуми, Социалистической и ряда других правых организаций образовали так называемую Демократическую лигу, которая выступила против мероприятий президента, заявляя, что установление «направляемой демократии» благоприятствует усилению влияния коммунистов. 15 августа 1960 президент образовал Временный народный консультативный конгресс. 17 августа 1960 декретом Сукарно были распущены партии Машуми и Социалистическая. Был подготовлен устав Национального фронта на основе принципа «Насаком» (сотрудничество националистических, религиозных и коммунистических организаций).
Все мероприятия правительства проводились под знаком «Манипол», «Насаком» и возвращения Западного Ириана. К весне 1961 был завершен процесс национализации голландских предприятий. Ещё в августе 1960 дипломатические отношения с Нидерландами были разорваны. Угроза освободить Западный Ириан силой сопровождалась военной подготовкой и широкой пропагандой. Укрепление вооружённых сил И. при помощи СССР и подготовка И. к военным действиям заставила Нидерланды пойти на уступки. В 1962 было достигнуто соглашение с Нидерландами о постепенном переходе Западного Ириана под управление республики (перешёл в 1963; в соответствии с голландско-индонезийским соглашением вопрос о переходе Западного Ириана в И. был окончательно решен в августе 1969 в результате проведённого И. референдума).
Борьба за Западный Ириан отвечала национальным чаяниям индонезийского народа, но использовалась правящими кругами и для отвлечения внимания народных масс от тяжёлого экономического положения. После возвращения Западного Ириана в тех же целях использовалась начавшаяся в 1963 борьба против создания Малайзии . Техническая и организационная неподготовленность к использованию национализированных голландских предприятий приводила к резкому снижению их доходности. Росли коррупция, валютные махинации, взяточничество. Возникал слой своеобразных бюрократов-капиталистов, включавший в себя многих руководителей Национальной и других партий. Ближайшее окружение президента было втянуто в процесс коррупции. Осуществление многих прогрессивных мероприятий тормозилось (аграрная реформа 1960, реализация 8-летнего плана развития 1961 -69 и др.).
Сукарно был заинтересован в поддержке его КПИ и связанных с ней организаций, в удержании равновесия внутри Национального фронта. Президент стремился использовать этот фронт для сохранения и укрепления своей верховной власти в И. КПИ, со своей стороны, учитывая соотношение сил в стране, видела в укреплении авторитета Сукарно условие сохранения национально-демократического курса и расширения своего влияния. Однако безоговорочная поддержка компартией всех основных направлений правительственной политики затрудняла её работу по защите интересов трудящихся, руководству борьбой народных масс за улучшение своего тяжёлого положения.
Сукарно, стремясь получать помощь социалистических стран, с одной стороны, и проводя курс на использование противоречий между империалистическими державами в расчёте на сближение с некоторыми из них - с другой, в то же время всё больше в политическом плане склонялся к односторонней ориентации на Китай. Недопущение Советского Союза как «неазиатской страны» к участию в афро-азиатской конференции журналистов в 1963 в Джакарте, попытки И. и некоторых других стран воспрепятствовать участию Советского Союза в предполагавшейся 2-й афро-азиатской конференции в Алжире отражали усилившийся пропекинский курс. В связи с избранием Малайзии в Совет Безопасности ООН Сукарно объявил в январе 1965 о выходе И. из ООН (И. вновь вошла в ООН в 1966). Одновременно среди лидеров КПИ под влиянием руководства компартии Китая распространялись левооппортунистические авантюристические идеи.
Демонстрацией якобы имевшего место прочного сотрудничества между президентом и КПИ должно было явиться общенациональное празднование в мае 1965 по указанию Сукарно и при его участии 45-летия КПИ, призванное показать нерушимость «Насакома». Однако в стране нарастала глубокая поляризация сил в условиях всё ухудшавшегося экономического положения, разочарования масс в «направляемой демократии», активизации реакции и оппозиции верхушки армии. Военное руководство консолидировало свои силы против КПИ и Сукарно, готовя захват власти. Руководство КПИ опасалось использования реакцией армии для расправы с революционно-демократическими организациями, но не готовило партию и массы к отпору. Влияние КПИ в армии было невелико. В этой обстановке в сентябре 1965 командиром батальона охраны президента Сукарно подполковником Унтунгом был организован контрзаговор левых армейских офицеров («Движение 30 сентября»), направленный на устранение ряда высших должностных лиц сухопутных сил. Узкая группа из состава руководства КПИ решила поддержать действия Унтунга, не поставив в известность о своём решении ЦК партии. «Движение 30 сентября» вылилось в дворцовый путч, оно не получило поддержки народных масс и потерпело поражение. Хозяевами положения стали военные, возглавляемые командующим силами стратегического резерва генералом Сухарто. Реакция, разжигая мусульманский фанатизм, используя правые молодёжные организации, обвиняя коммунистов в организации заговора, бросила все силы на уничтожение КПИ. Сотни тысяч не подготовленных к отпору коммунистов и прогрессивных деятелей других демократических организаций были зверски убиты. При запоздалых попытках отпора в некоторых районах Явы, не получивших достаточной массовой поддержки, погибло большинство руководителей КПИ (Айдит, Ньото и др.). Формально оставив первое время Сукарно на посту президента, военное командование во главе с Сухарто взяло в свои руки всю полноту власти, подготовляя устранение Сукарно. Президентским декретом Сукарно в марте 1966 функции главы исполнительной власти были переданы Сухарто. В марте 1967 Временный народный консультативный конгресс лишил Сукарно президентского мандата и назначил Сухарто исполняющим обязанности президента И. В апреле 1968 Сухарто был назначен президентом И.
В марте 1966 Сухарто издал от имени президента указ об официальном запрещении КПИ. Сессия Временного народного консультативного конгресса (июнь 1966) утвердила этот указ и приняла постановление о запрещении в И. любой деятельности по распространению марксистско-ленинских идей. Влияние всех сохранившихся в стране партий и общественных организаций было заметно ограничено. Это, в частности, проявилось в результатах состоявшихся в 1971 выборов в законодательные органы страны, когда подавляющее большинство голосов получили кандидаты «функциональных групп» (армейской и др., созданных по профессиональному признаку в противовес партиям), связанные с режимом. В области внешней политики правительство Сухарто декларировало, что её основой является проведение «активной и независимой» политики неприсоединения. В таких вопросах, как борьба за мир и ослабление международной напряжённости, разоружение и запрещение ядерного оружия и других видов оружия массового уничтожения, разрешение ближневосточного кризиса, борьба против апартеида и расизма, И. заняла те же позиции, что и большинство неприсоединившихся стран. Вместе с тем в позиции И. по ряду других вопросов стала превалировать тенденция отхода от курса неприсоединения. И. постепенно начала расширять сотрудничество со странами - членами империалистических военных блоков, отказалась от поддержки национально-освободительных движений в Азии и Африке, не выступала против колониалистской политики империалистических держав. Курс правительства, направленный на развитие экономики страны с помощью иностранного капитала, привёл к усилению зависимости внешней политики И. от США и других империалистических держав и ослаблению связей с социалистическими странами.